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las principales causas fueron la: La inestabilidad política, la pelea entre los partidos, La mala gobernabilidad del presidente Manuel Antonio Sanclemente y el desorden económico

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El 17 de octubre de 1899, los liberales se alzaron en varias partes del país, empezando de inmediato a atacar pueblos y ciudades ante la falta de reacción del gobierno.

Las primeras derrotas militares para el bando liberal comenzaron días más tarde de haber iniciado la guerra en la batalla de los obispos en el rio magdalena el 24 de octubre cuando los rebeldes de Santander intentaron establecer contacto con la costa por dicho río Como resultado la flota rebelde fue destruida

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A finales de octubre de 1899, en el departamento del cauca también estallaron guerrillas liberales que se tomaron a Tumaco  y asaltaron a Palmira en noviembre pero fueron vencidas. La victoria rebelde en Peralonso les dio nuevos aires y empezaron a reclutar hombres en las comunidades indígenas del Cauca, y también volvieron muchos liberales exiliados en ecuador. Se produjo un ataque rebelde contra Popayán el 25 de diciembre

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El gobierno nacionalista fue depuesto del poder por los conservadores, que tomaron control del Estado y las instituciones militares.

Mientras, el general Uribe Uribe aprovechaba el caos producido para lanzar una nueva campaña militar, pero para esto necesitaba el apoyo de un gobierno externo para conseguir las armas, pertrechos, suministros, hombres y una base segura. Buscó la ayuda del gobierno del país donde estaba refugiado que era venezuela

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Los sucesos del istmo hicieron imperiosa la necesidad de bloquear la ruta del Magdalena para impedir el paso de refuerzos del gobierno central
Uribe Uribe intentó organizar una expedición al Magdalena, pero los liberales en el exilio le negaron apoyo. Volvieron a enviar instrucciones a los comandantes locales para que no lo reconocieran como comandante de la costa caribeña, pero estas fueron ignoradas y Uribe Uribe desembarcó cerca de Riohacha el 14 de agosto de ese año