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El general Porfirio Díaz, después de triunfar en las elecciones procuró apegarse a las normas legales y al principio de no reelección que lo había llevado al poder. Cuando Díaz llegó al poder, la situación del país no era estable, existían  rivalidades políticas que habían perturbado la paz. Había una rivalidad entre los liberales de la etapa anterior y los jóvenes de ideas nuevas que deseaban desplazarlos. Además de las rivalidades políticas, el país padecía continuos ataques de bandoleros que asolaban caminos, pronunciamientos contra gobiernos locales; rebeliones campesinas y levantamientos indígenas. Ante esa situación, Díaz adoptó medidas represivas y tomó la decisión de crear el sello de La Paz Porfiriana, el cual usaba violencia para pacificar cualquier levantamiento. La pacificación se fue logrando aunque en muchos casos las medidas fueron extremas, como testifica la famosa frase "mátenlos en caliente". Como primer problema surgido en el gobierno de Díaz, el peso mexicano dejó de ser de plata perdiendo su valor, trayendo problemas económicos y afectando las deudas externas.

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Díaz consolidó su poder y realizó su reelección con base a los éxitos alcanzados en el segundo periodo: la conservación de la paz  y la conquista de prosperidad. Hubo quienes resistieron la represión, como El Hijo del Ahuizote que era una revista de Sátira porfiriana la cual se burlaba de Díaz por medio de caricaturas. La popularidad del presidente se vio amenazada por una crisis financiera que puso en peligro la prosperidad, provocada por la pérdida de cosechas y la depreciación de la plata en mercados mundiales, factor que generó la devaluación del peso mexicano. Se sumó la perturbación de la paz en el norte; los indios yaquis se sublevaron contra  el régimen debido a los abusos de que eran víctimas. Estos problemas amenazaron con sacudir la estructura porfirista, cimentada en la prosperidad y en la paz interna; por ello, al acercarse las elecciones de 1892, la oposición recobró parte de la fuerza que había perdido, y se lanzó contra la posibilidad de la nueva reelección de Díaz. Con el fin de contrarrestar a la oposición, en 1892 se creó el grupo porfirista Unión Liberal, formado por políticos, intelectuales y empresarios. Este grupo empezó a ser conocido como los científicos, debido a que aseguraban apoyar sus argumentos en principios de la ciencia positivista.

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El nuevo periodo se inició en condiciones de aguda crisis económica. Muchas empresas extranjeras se retiraron, mientras los banqueros esperaban que mejorara la situación. José Ives Limantour se hizo cargo de la Secretaría de Hacienda y logro superar la crisis, circunstancias que favoreció la reelección de Porfirio Díaz para su quinto periodo presidencial. Limantour organizaría también el sistema bancario mediante la Ley General de Instituciones de Crédito 1897.

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La nueva reelección de Díaz inició conservando el mismo gabinete. Hacia esta época los científicos habían adquirido predominio en el gobierno de Díaz. José Ives Limantour se convirtió en el elemento más influyente del régimen después de la persona del dictador. Lo más importante de este periodo fue: La conversión de la deuda pública mexicana, pagadera en oro, sustituyendo por otra que vino que representó mayor cantidad nominal, aunque devengando interés inferior al 6% para la conversión de esta deuda, Limantour contrató un nuevo empréstito que importó 113.5 millones de pesos. Díaz trato de introducir en el ejercito reformas de organización técnica que lo elevaran a la categoría de los más adelantados del mundo; hizo desaparecer los ejércitos de los estados y robusteció el ejército federal, y los elementos sobrantes integraron la guardias rurales que desempeñaron el papel de policía rural, encargada de reprimir a los bandoleros. El comercio mundial fue una gran oportunidad para que potencias extranjeras invirtieran en el ferrocarril, y de esta forma poder transportar la mercancía.

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El panorama político en ese año no ofrecía perspectivas satisfactorias, el aspirante presidencial viable era Porfirio Díaz, considerado por muchos como el indicado; por lo tanto, fue el único candidato. El 25 de septiembre, la Cámara de Diputados declaró que Díaz había superado la mayoría exigida por la Constitución al alcanzar 85% de los votos. Dicha elección no violaba la Constitución. El 1 de diciembre de 1884 Porfirio Díaz iniciaba su segundo mandato presidencial.

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Al acercarse el final presidencial de Porfirio Díaz, declaró que jamás admitiría ser reelecto, pues iría en contra de su espíritu. La negativa de Díaz dejó camino abierto para los aspirantes a la presidencia, Manuel González, amigo del presidente encontraría apoyo de este a su candidatura. Díaz comunicó de forma discreta que su gobierno “protegía” la candidatura de González. La declaración ocasionó que se multiplicaran las adhesiones a favor de éste. Por primera vez en un cuarto de siglo, la transmisión del mando ocurría sin que se perturbara el orden. Al comienzo de su gobierno, González declaró públicamente que actuaría bajo la supervisión de Díaz. Desde los primeros meses, el gobierno de González continuó la política dictatorial que anulaba la democracia y los gobernadores siguieron respaldando aquel centralismo con apariencia de federalismo que Díaz había inaugurado. En este periodo, el país logró mayor estabilidad y tuvo menos problemas que Díaz, ya fuera porque González sabía manejar los problemas que se presentaron, o porque se había empezado a saborear la paz y no se deseaba renunciar a ella, pues abría el camino hacia el progreso material. Algunas medidas del gobierno de Manuel González provocaron el descontento de la opinión pública, principalmente. El primero se refiere a la circulación forzosa de la moneda de níquel, en sustitución de la de plata, con serias consecuencias para todos los niveles socioeconómicos. El segundo fue la firma de un contrato con Inglaterra, en condiciones desventajosas para México, sobre el reconocimiento y la conversión de la deuda con ese país.

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En el segundo periodo Díaz aplicó la política de conciliación, que concedía cargos ministeriales a miembros destacados de los grupos de oposición, con intención de comprometerlos a colaborar en su poder. Para la preservación de la paz porfiriana, Díaz continuó recurriendo a la violencia, particularmente en contra de la prensa. Díaz proclamó la ley marcial para los asaltantes de caminos y decretó la suspensión de las garantías individuales. Posteriormente, se le aplicó la ley fuga. En 1887, la situación económica del país comenzó a cambiar favorablemente, también se dio la recuperación de la seguridad interna, la que permitió revocar la ley contra el bandolerismo y restituir las garantías individuales.

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Surge otro grupo de consulta para el gobierno de Díaz llamado Positivistas y con ello el afrancesamiento, que era una influencia francesa en cuando a vestimentas, moral, industria, etc. Se volvió la arquitectura más construida durante esta época, siendo el arte nouvo.
También se crearon instituciones que marcaron al Porfiriato.
I. Peonismos
II. Hacendismo
III. Caciquismo
IV. Fabriquismo
V. Extranjerismo
Así mismo surgieron las tiendas de raya, las cuales eran un establecimiento de crédito para el abasto básico. Pertenecían al Hacendismo y estas estafaban a los campesinos analfabetas cambiando y robando sus salarios.