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Los indicadores microbiológicos de calidad del agua son organismos que tienen un comportamiento similar a microorganismos patógenos cuya procedencia, concentración, hábitat y reacción a factores externos es la de la mayoría. Su presencia determina la existencia de patógenos y permite
comparar sus reacciones a cambios de pH y temperatura o aplicación de medios físicos o químicos de desinfección, con la ventaja de ser más fácilmente cultivables o identificables, y económicamente factibles (Rios. S, 2017)

https://www.youtube.com/watch?v=aS89Fz94UXE
en el link adjuntado con anterioridad trata sobre un análisis de agua potable en el laboratorio para la detección de bacterias o eses fecales y a su vez nos indica como llevar a cabo una practica microbiológica para la calidad del agua.

Bacterias coliformes fecales. En agua de pozo, la cantidad de NMP de coliformes fecales varió según los distintos puntos de muestreo y entre las diferentes fechas de toma de muestra. El mayor valor registrado fue en primavera, en todos los puntos de muestreos. En relación al agua de perforación, se observó que en algunos muestreos, no hubo registro de presencia de bacterias coliformes fecales. De acuerdo al resultado de los análisis de las muestras de agua de laguna, se advirtió gran variabilidad de la presencia de coliformes en todo el periodo de estudio, incrementándose notoriamente en el tercer y cuarto muestreo.
Bacteria P. aeruginosa. En relación a las distintas fuentes, la presencia de P. aeruginosa registró comportamientos similares en agua subterránea (pozo y perforación), sin embargo esta presencia fue superior en agua superficial, de laguna. Esta diferencia se podría atribuir al arrastre de agua de lluvia hacia la fuente de agua (Rodriguez. S, 2018)

para produndizar un poco más sobre le tema, adjunto un enlace relacionado con el tema:
https://pesquisa.bvsalud.org/portal/resource/pt/lil-474723

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Ríos Tobón, S., Agudelo Cadavid, R. M., & Gutiérrez Builes, L. A. (2017). Patógenos e indicadores microbiológicos de calidad del agua para consumo humano.

Arcos Pulido, M. D. P., Ávila de Navia, S. L., Estupiñán Torres, S. M., & Gómez Prieto, A. C. (2005). Indicadores microbiológicos de contaminación de las fuentes de agua. NOVA publ. cient, 69-79.

Tobón, S. R., Cadavid, R. M. A., & Gutiérrez, L. A. (2017). Patógenos Microbianos e Indicadores Microbiológicos de calidad del agua para consumo humano. Facultad Nacional de Salud Pública: El escenario para la salud pública desde la ciencia, 35(2), 2.

UTEC contenido, (2020),

Análisis Microbiológico - Microorganismo indicadores de la calidad de agua. Toma de muestra de agua.

https://www.youtube.com/watch?v=aS89Fz94UXE

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La calidad microbiológica y la vida útil de los alimentos se puede estimar determinando el número de bacterias aerobias y anaerobias, el recuento de bacterias lácticas y esporuladas (que resisten algunos tratamientos térmicos y condiciones de acidez), la presencia de indicadores de contaminación fecal e higiene (coliformes fecales y totales) y de patógenos reconocidos, entre los que podemos citar a Listeria monocytogenes, Salmonella sp., Bacillus cereu, Clostridium perfringens y C. botulinum (Rodriguez. E, 2010)

https://www.youtube.com/watch?v=pUsakHSnBDU
en el link  adjuntado anteriormente trata sobre el análisis microbiológico en alimentes, en donde pueden apreciar algunas bacterias que se pueden encontrar en los alimentos y cuales fases debemos seguir para su análisis (Zapata, J. 2017)

Los microorganismos que se estudiaron en las muestras recogidas se pueden agrupar en tres tipos en función de la causa que origina la contaminación:

Mesófilos, cuya presencia es un indicador de incorrecta manipulación de los alimentos relacionado con la temperatura de conservación de los mismos.

Enterobacterias, E. coli, S.aureus y Cl. perfringens, cuya presencia es indicadora de higiene deficiente en la manipulación de los alimentos.

Psicrótrofos, cuya presencia en los alimentos indica que éstos han sido conservados, aunque en frío, demasiado tiempo.

Entre los microorganismos indicadores de higiene deficiente en la manipulación, podemos distinguir aquellos que indican contaminación de origen fecal, como son las enterobacterias y E. coli ⁷, y los que tienen otros orígenes, como S. aureus, procedente del tracto respiratorio, o de la piel y mucosas ⁸, o Cl. perfringens, cuyo habitat es el suelo y el polvo (Perez, M. 1998).

para un mayor conocimiento acerca del tema, adjunto un enlace relacionado:
http://ve.scielo.org/scielo.php?pid=S0004-06222000000200011&script=sci_arttext

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Pérez-Silva García, M., Belmonte Cortés, S., & Martínez Corral, J. (1998). Estudio microbiológico de los alimentos elaborados en comedores colectivos de alto riesgo. Revista española de salud pública, 72(1), 67-75.

Rodríguez-Cavallini, E., Rodríguez, C., Gamboa, M. D. M., & Arias, M. L. (2010). Evaluación microbiológica de alimentos listos para consumo procesados por pequeñas industrias costarricenses. Archivos latinoamericanos de Nutrición, 60(2), 179-183.

Zapata Juan, (2017),

Análisis microbiologico en alimentos.

https://www.youtube.com/watch?v=pUsakHSnBDU

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Prácticas de Microbiología. Detección de contaminación fecal en aguas. Vídeo 9