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En el distrito del Biavo, ubicado en el Departamento San Martín, las montañas van perdiendo su color verde característico, por  la expansión descontrolada de la agricultura y la falta de protección de las áreas naturales amenazan la biodiverisdad.

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La planta de cementos Selva en la región San Martín, viene contaminado el medio ambiente, con presencia de partículas contamiantes en la atmosfera,  no solo afecta efecta al medio ambiente sino también la salud de las personas que habitan alreder de la planta afectando su sistema respiratorio.

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El río Marañón es una fuente principal de abastecimiento de agua para los pobladores en la Amazonia. Sin embargo los constantes derrames de petroleo causado por las rupturas en las tuberias del oleoducto, operado por la empresa PetroPerú esta provocando la contaminación del agua por lo que los ciudadanos optan por recojer y almacenar agua de lluvias para su consumo.

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En el distrito Pachiza, provincia de Juanjuí, se presentan la destrucción de bosques, causados por la tala indriscriminada de árboles, quema, y tráfico de tierras en áreas de  conservación de Shitariyacu.

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Otro problema presente en la región San Martín es la  contaminación de los ríos debido al arrojo de desechos , al lavado de ropa y de vehículos, el vertimento de grasa y combustibles y la acumulación de otros desperdicios. En las celebraciones de la fiesta de San Juan, los tarapotinos llevan sus juanes y otras comidas típicas a la orilla del río, estas personas terminan arrojando sus residuos en las misma orilla provocando la contaminación del agua y sus alrededores.

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La caza de animales silvestres para tenerlos como mascotas o matarlos para aprovechar su carne va en aumento por la demanda de consumo del hombre y por siginificar ingresos para quienes lo venden, esto esta poniendo en riesgo la existencia de los animales en el los bosques de la misma manera provocan que cambien de hábitad no siendo las adecuados para su reproducción teniendo como resultado la extinsión de algunas especies.

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Las ladrilleras en San Martín se han convertido en una de las principales fuentes de contaminación ambiental en la región, debido a que emplean ramas de eucalipto, llantas, aserrín, plásticos, entre otros, lo cual provoca efectos negativos en el medio ambiente, pérdida de vegetación, contaminación atmosférica y daños en salud.

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Se deben tomar acciones para los botaderos de basura , estos contaminan el ambiente y ponen en riesgo la salud. Un botadero puede contaminar las aguas superficiales y subterráneas, el suelo y el aire; además, genera olores y es foco de proliferación de insectos y roedores que transmiten enfermedades.