# data[].attributes.headline
Voorbeeld: Voorbereiding labjournaal a.h.v. deze padlet

# data[].attributes.subject
Voorbeeld: Voorbereiding labjournaal a.h.v. deze padlet

# data[].attributes.body
Wanneer je de informatie uit deze padlet in het labjournaal zet dan ziet de voorbereiding er ongeveer zo uit.

# data[].attributes.body
Agarosegel runnen
60 minuten, 100 V
Stop runnen gel wanneer gele bandje loading dye onderaan de gel is

# data[].attributes.body
Bekijk dit filmpje, hier wordt uitgelegd hoe je je kunt voorbereiden vanuit een opdracht. Het labjournaal uit het filmpje of deze padlet kan je overnemen voor in je labjournaal

# data[].attributes.headline
Overzicht bepalen detectiegrens bij agarose gelelectroforese

# data[].attributes.subject
Overzicht bepalen detectiegrens bij agarose gelelectroforese

# data[].attributes.body
Deze periode ga je voor de voorbereiding veel doen. wanneer je niet samenwerkt kan het teveel zijn om alleen te doen in een reëele tijd.

Gebruik deze padlets om samen voor te bereiden. Als je met een groepje in een padlet werkt kan iedereen er tegelijkertijd aanvullingen in zetten.

# data[].attributes.attachment_caption
Voorbeeld van hoe je een planning kan noteren

# data[].attributes.body
Het kan handig zijn om een planning te bedenken om overzicht te houden over de labdag. Uiteindelijk op de praktijktoets word gekeken of je weet wat je moet doen, of dat in je hoofd zit of op papier mag je zelf bepalen.

Stappen die in je planning kunnen staan zijn bijvoorbeeld:

Materialen verzamelen

Gelplek inrichten

Epjes beschrijven

agarosegel oplossing maken

agarosegel gieten

agarosegel laten stollen

DNA verdunningsreeks maken

Loading dye toevoegen aan DNA monsters

DNA monsters in de gel doen

Gel runnen (stroom erop zetten)

Resultaten bekijken op safe imager (blauwe lichtbak) en fotograferen

Opruimen

# data[].attributes.body
Noteer hier welke monsters je gaat maken voor dit experiment

Het doel van dit experiment is het bepalen van de detetctiegrens. In het pipetteerschema voor DNA kan je al een aantal monsters zien, noteer die in je monsterlijst

Vaak hebben experimenten ook controles, beschrijf controles ook in de monsterlijst. Voor dit experiment is een negatieve controle (blanco) belangrijk, dan weet je hoe het er uit ziet als er geen DNA aanwezig is.

Een andere controle die je kan meenemen (hoeft voor dit experiment niet omdat de grootte van de DNA fragmenten al bekend is) is een DNA ladder

Monsterlijst (concentratie DNA):
1: 250 ng / 10 ul
2: 125 ng / 10 ul
3: 62,5 ng / 10 ul
4: 31,25 ng
5: 15,6 ng
6: 3,8 ng
7: 1,7 ng
8: 0 ng (blanco)

# data[].attributes.headline
Pipetteerschema toevoegen loading dye aan monster

# data[].attributes.subject
Pipetteerschema toevoegen loading dye aan monster

# data[].attributes.body
Wanneer DNA klaar is om op de agarosegel gezet te worden moet er nog loading dye bij. Dat gaat altijd in een verhouding van 1 loading dye : 6 DNA

Als je 10 ul monster hebt en daar 2 ul loading dye bij doet voldoet het aan die verhouding

Pipetteerschema loading dye toevoegen aan DNA
DNA                  10 ul
Loading dye       2 ul
eindvolume       12 ul

# data[].attributes.body
Vul hier het pipetteerschema voor agarosegel in

Bedenk eerst de concentratie en het eindvolume

Kijk in de voorschriften, daar staat dat 0,7% agarose (tenzij er anders aangegeven is) vaak een goede concentratie agarose is

Er staat ook dat er 50 ml agarosegel nodig is

Agarosegel
______________________0,7_____ % gel
agarose _____________________g
TAE _________________________ ml
eindvolume _________50_____ ml

Dan is de hoeveelheid agarose en TAE makkelijk te berekenen.
0,7% = 0,7 g per 100 ml gel
er is 50 ml nodig, dus 0,35 g agarose
TAE is een buffer (hint: er staat ml in het pipetteerschema), dus aanvullen met TAE tot 50 ml

Het pipettteerschema is dan:
Agarosegel                       ______0,7_____ % gel
agarose                          ______0,35____g
TAE                 aanvullen tot 50_____ ml
eindvolume             _________50_____ ml

Noteer nog hoeveel ul sybrsafe erbij moet, zonder sybrsafe blijft het DNA in de gel onzichtbaar. Waarschijnlijk is het sybrsafe op het lab 10x verdund i.v.m. veiligheid

Toevoegen aan gel voordat hij gegoten wordt:
puur sybrsafe:                     1 ul of
10x verdund sybrsafe:     10 ul

# data[].attributes.body
Vul de veiligheidsmap aan met informatie over chemicalien die er nog niet in staan.
Doe de paginas met informatie over alle stoffen voor dit experiment vooraan in de map.

Correct gebruik van de veiligheidsmap wordt beoordeeld bij professionele werkhouding en tijdens de praktijktoets.

Zoek in de veiligheidsregels op welke maatregelen van toepassing zijn op dit experiment.
Zoek op internet naar veiligheidsinformatie (SDS) van alle gebruikte chemicalien.

# data[].attributes.headline
Detectiegrens DNA bij agarose gelelectroforese

# data[].attributes.subject
Detectiegrens DNA bij agarose gelelectroforese

# data[].attributes.body
Bepaal de  detectiegrens van DNA bij agarose gelelectroforese

Voor experimenten waarin DNA geanalyseerd wordt met agarosegelelektroforese is het belangrijk om de detectiegrens (minimale aan te tonen hoeveelheid) van DNA te weten. Bij agarosegelelektroforese wordt DNA aangebracht in ‘laantjes’ (welletjes) in een agarosegel. Nadat er stroom op is gezet (geelectroforeeerd) is het DNA op grootte gescheiden en is DNA zichtbaar in streepjes, deze worden bandjes genoemd.

Er zijn nieuwe reagentia gekocht voor agarose gel elektroforese (SybrSAFE en TAE), de fabrikant claimt dat deze reagentia voor een betere detectie van DNA zorgen. Met de oude reagentia (ethidium bromide en TBE) ligt de detectiegrens rond de 30 ng DNA per bandje. Bepaal voor agarosegelelektroforese met de nieuwe reagentia de detectiegrens van DNA. Bespreek in je conclusie of de gevonden detectiegrens beter of slechter is dan de detectiegrens met de oude reagentia (30 ng).

Wanneer je dit nog niet gedaan hebt: bekijk het gel elektroforesesysteem dat op de laboratoria aanwezig is.

Voor veiligheid is het belangrijk te weten dat met DNA dye (sybrsafe in dit geval) met de 2-handschoenen methode wordt gewerkt, zoek dit op in de veiligheidsregels.

Alles wat je moet doen voor de uitvoering van deze opdracht kan je als 1 experiment in je labjournaal noteren, ook als er meerdere voorschriften nodig zijn.

Bekijk het filmpje en schrijf mee, de volledige voorbereiding van dit experiment wordt in dit filmpje behandeld. (het kan zijn dat je nog een keer moet inloggen met een knop 'authenticate' als je op de link klikt). Als je meeschrijft met het filmpje zal je zien dat onderstaande vragen beantwoord zijn, alleen het werkplan (stap 5) moet nog gemaakt worden, en dat lijkt verdacht veel op het voorbeeld werkplan...
https://web.microsoftstream.com/video/141810f3-d0a2-4442-9dc3-7ec04081e9b3

# data[].attributes.body
Deze periode gaan jullie via padlet samen voorbereiden voor op het lab. Het voordeel is vooral dat je samen meer weet dan alleen. Tijdens de voorbereidingslessen kan je vragen stellen aan de docent, maar je zal het meeste echt zelf (samen) moeten doen.

Er zijn deze week 2 experimenten uit te voeren op het lab, in deze padlet staat de voorbereiding voor het experiment 'detectiegrens van DNA bij agarose gelelectroforese'.

Deze week kan je onvoorbereid het lab op gaan, zeker studenten die op maandag les hebben zullen nog geen tijd gehad hebben om voor te bereiden. In deze padlet staat de voorbereiding voor de opdracht 'detectiegrens bij agaroe gelelectroforese' voorgedaan, alles wat je zelf zou moeten bedenken is al ingevuld. Hierdoor kan je zien wat de bedoeling is als je het in latere weken zelf gaat doen.

Zoek zelf nog veiligheidsinformatie voor dit experiment op.

Dat de voorbereiding al voorgedaan is betekent niet dat je deze week geen tijd in het lab  hoeft te steken, neem de voorbereiding desnoods achteraf goed door. Kijk ook goed naar de informatie over de achtergrond van de technieken, die kennis heb je de rest van de periode hard nodig.

# data[].attributes.body
Noteer hier het inzetschema voor de agarosegel

Het is vaak handig om van tevoren te plannen hoe je de agarosegel gaat indelen. Welk monster gaat in welk slotje? Noteer dat hier.

1: 250 ng
2: 125 ng
3: 62,5 ng
4: 31,25 ng
5: 15,6 ng
6: 7,8 ng
7: 3,9 ng
8: 0 ng (blanc0)
9:
10:
11:
12:
13:
14:
15:

# data[].attributes.body
Noteer hier een tabel met de benodigde materialen

Zoek in de voorschriften en de opdracht op welke materialen nodig zijn, maak een tabel waarin je op het lab ook de fabrikant kan noteren

Materiaal, concentratie, Bewaarinstructie, fabrikant
Agarose, 0,7%, _____________________________________
TAE, 1x, ________________________________
DNA monster: Lambda/HinDIII DNA, ongeveer 500 ng/ul, op ijs bewaren, ________________________________
Sybrsafe, 10x verdund, donker bewaren, ___________________________________
Loading dye, 6x, ___________________________________
demiwater____________________________________
gelelectroforeseset________________________________________
gelviewer (blauwe lichtbak)_________________________________

# data[].attributes.body
Noteer hier het pipetteerschema voor de Verdunning van de  DNA monsters

d.m.v. serieel verdunnen
Bij seriele verdunningen maak je eerste het monster met de hoogste concentratie. Het volgende monster uit het schema bereid je uit het eerste monster

Als je naar de figuur kijkt kan je de monsters als volgt bereiden:
1e monster: 250 ng/ 10 ul-->  1 ul DNA + 19 ul demi
2e monster: 125 ng/ 10 ul-->  10 ul monster 1 + 10 ul demi
3e monster DNA: 62,5 ng/ 10ul--> 10 ul monster 2 + 10 ul demi
etc...

# data[].attributes.body
Noteer hier de verwachting van het experiment

De verwachting zal je zelf moeten bedenken, wel zijn er vaak hints te vinden in de opdracht of in de voorschriften. De vragen in de padlet staan er om je te helpen nadenken over de verwachting

Wat verwacht je dat er uit komt?

In de opdracht (en het doel als je dat correct bedacht hebt) word gehint naar een hoeveelheid DNA, je verwachting zal dus ook een hoeveelheid DNA zijn

Hoe verwacht je dat het resultaat er uit ziet

Omdat dit je eerste agarosegel is kan het moeilijk zijn om dit te bedenken. Als DNA zichtbaar is en je wil weten vanaf hoe weinig DNA dit nog zichtbaar is kan een verwachting zijn: Ik verwacht dat een hoge concentratie DNA beter zichtbaar is dan een lage concentratie

Verwacht je de detectiegrens te bepalen?

Het is het doel om dit te doen, ja dus

Wat is de detectiegrens met de oude methode?

Dit staat in de opdracht, 30 ng/ml

Verwacht je dat de detectiegrens beter is met de nieuwe methode?

Dat is een logische verwachting, waarom een nieuwe methode gebruiken als deze niet beter is.

Een logische verwachting kan dan dus zijn: De detectiegrens van DNA bij agarose gelelectroforese met nieuwe reagentia is lager dan 30 ng.

Onderbouw je verwachting altijd: Omdat de fabrikant aangeeft dat de detectiegrens met nieuwe reagentia beter zal zijn dan met de oude reagentia is de verwachting dat de gevonden detectiegrens lager is dan 30 ng.

# data[].attributes.body
Wat is het doel van het experiment?

Voor het doel staan vaak hints in de opdracht tekst

Het bepalen van de detectiegrens van DNA bij agarose gelelectroforese (oftewel: vanaf welke hoeveelheid is DNA zichtbaar op agarosegel) wanneer de nieuwe reagentia gebruikt worden

# data[].attributes.body
Noteer hier de benodigde voorschriften

In de opdracht tekst wordt vaak gehint naar de voorschriften. Kijk naar de opdrachttekst en kijk naar de index van de voorschriften. Als je dezelfde woorden tegenkomt zijn dat vast de benodigde voorschriften

Agarose gelelectroforese

Detectiegrens bepaling van DNA bij agarose gelelektroforese

# data[].attributes.body
Wat is het principe? Waarom werkt deze techniek?

Principes hoeven niet in je labjournaal, maar het is belangrijke kennis over technieken. Op de praktijktoets wordt naar principes gevraagd

Informatie over principes kan je vaak vinden in de voorschriften. Ook de informatie op moodle over achtergrond van de technieken en google en youtube kunnen je informatie hierover geven.

DNA fragmenten kunnen met agarosegel geanalyseerd worden op grootte. Agarosegel werkt als een moleculaire zeef, grote dingen bewegen daar langzamer doorheen dan kleinere dingen. Wanneer je DNA in een agarosegel brengt en met electriciteit het DNA daar doorheen laat migreren zullen kleine DNA fragmenten sneller migreren. DNA is negatief geladen dus, wanneer er stroom op de gel staat het zal het naar de positieve pool migreren. Het is dus een scheiding van moleculen op basis van de chemische eigenschappen van die moleculen (grootte en lading).

Sybrsafe is een fluorescente DNA dye die het DNA kleurt, zonder sybrsafe is DNA niet zichtbaar. Wanneer er met blauw licht op de gel geschenen wordt licht de subrsafe (en dus het DNA) groen op.