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Su fundación fue el 15 de septiembre de 1905 cuando se trabajaba en la construcción de un entronque entre el ferrocarril de Sonora, proveniente de Cananea, y el ferrocarril Sudpacífico, que conectaba a Guaymas con Guadalajara. El asentamiento se fundó en ese lugar de entronque entre ambas vías.⁷​⁸​ En sus primeros años como asentamiento tenía la categoría de congregación y también el cargo de comisaría del municipio de Guaymas, al cual pertenecía.

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Su nombre se da después de haber sido llamado en sus primeros años "Junction", unión en español, interpretándolo también como Empalme, gracias al empalme de las dos vías férreas antes mencionadas.

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Fue fundada el 15 de septiembre de 1905 cuando se construía un entronque entre las dos días del ferrocarril de Sonora y el del Pacífico, formando el antiguo Ferrocarril Cananea-Río Yaqui-Pacífico.

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Empalme es una ciudad mexicana ubicada en el suroeste del estado de Sonora, en la zona del desierto homónimo al estado y la región del valle de Guaymas, limitando también con la costa del golfo de California. La ciudad es la localidad más habitada del municipio homónimo