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En esta época (localizada principalmente durante los siglos XVII Y XVIII) el interés de los científicos y médicos centró en el estudio de los órganos como origen de las enfermedades; gracias al estudio de la anatomía y a las disecciones, es cuando se entiende que los síntomas podían relacionarse con lesiones en órganos en particular, surgiendo un nuevo enfoque conocido ahora como el enfoque anatomo-clínico.

También aquí es cuando se elimina la teoría humoral, al buscar causas mas especificas y localizadas, fue un puente para la medicina moderna y claro, la patología.

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La enfermedad se atribuía a causas mágicas, sobrenaturales; tratamiento con rituales y plantas medicinales.