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COVID19-coronavirus : comprendre le risque bio

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Application au contexte: méthodes de diagnotic du sars-cov-2 responsable du covid 19

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Application au contexte: méthodes de diagnotic du sars-cov-2 responsable du covid 19

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Classification virale - Méthodes de diagnostic en virologie

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Dr. Anne Goffard Université Lille 2 Droit et Santé Faculté des Sciences Pharmaceutiques et Biologiques de Lille 

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Classification virale - Méthodes de diagnostic en virologie

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Dr. Anne Goffard Université Lille 2 Droit et Santé Faculté des Sciences Pharmaceutiques et Biologiques de Lille 

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direct et indirecte

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Classification virale - Méthodes de diagnostic en virologie

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Dr. Anne Goffard Université Lille 2 Droit et Santé Faculté des Sciences Pharmaceutiques et Biologiques de Lille 

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1. Les tests virologiques (PCR)

Depuis que l'OMS a diffusé les instructions de référence en janvier, les laboratoires du monde entier peuvent réaliser ces tests diagnostiques pour déceler le coronavirus SARS-CoV-2. Très fiables, ils sont fondés sur un procédé classique de la génétique, la réaction de polymérisation en chaîne (PCR).
Comment ça marche ?
On les pratique sur les frottis naso-pharyngés des patients, prélevés à l'aide d'écouvillons dans le nez ou la gorge, ou sur leurs crachats. Objectif : rechercher des gènes du virus cachés dans leurs cellules. Après des traitements biochimiques qui en extraient l'ADN puis recomposent le brin d'ARN correspondant (par rétro-transcription), les échantillons sont introduits dans des machines où les séquences génétiques propres au virus vont être décelées par des amorces spécifiques et recopiées par milliards afin d'atteindre une quantité détectable.
Ce qu'ils disent
Si une personne est infectée par le coronavirus au moment du prélèvement, le test le révèle même en l'absence de symptômes. Il mesure aussi la charge virale c'est-à-dire la concentration du virus, grâce aux machines de qRT-PCR (PCR quantitative en temps réel).
Combien de temps ça prend ?
"Selon les machines, la PCR donne des résultats après 30 minutes à 2 heures, affirme Bernard Binétruy, directeur de recherche Inserm. Les étapes en amont de la PCR elle-même peuvent être automatisées par des robots pour effectuer ces tests à grande échelle."

Cependant, les étapes d'acheminement des échantillons jusqu'au laboratoire peuvent allonger considérablement le processus, notamment pour les personnes qui ne sont pas hospitalisées.

2. Les tests sérologiques (ELISA)
Comment ça marche ?
Beaucoup plus raffinés que la PCR, leur but est de rechercher chez les patients des anticorps dirigés contre le virus, un signe de son passage sous les radars du système immunitaire. Le sang est mis en contact avec des plaques contenant une ou plusieurs protéines issues du coronavirus recherché, et on observe si des anticorps s'y lient.

Ces anticorps peuvent être de deux sortes : soit des IgM, qui persistent jusqu'à une semaine à 10 jours après une infection ; soit des IgG, produites un peu plus tard chez les malades, qui restent en circulation en permanence.
Combien de temps ça prend ?
Ils donnent des résultats en moins d'une heure, parfois en 20 minutes seulement.
Ce qu'ils disent
Ce ne sont pas des tests diagnostiques à proprement parler. D'abord, parce que les anticorps ne sont pas produits dès le début de l'infection, mais un peu plus tard et on peut ainsi passer à côté de cas infectés tout récemment. Ensuite, parce qu'ils ne permettent pas de savoir si une personne est encore contagieuse, contrairement aux tests PCR qui révèlent également la quantité de virus dans l'échantillon.

Un résultat positif au tests immuno prouve cependant qu'une personne a eu le virus, qu'elle ait eu des symptômes ou non.

"Un grand nombre de ces tests commencent à être disponibles, rapporte Etienne Simon-Lorière, spécialiste des virus à ARN à l'Institut Pasteur. Ils auront surtout une grande utilité plus tard, pour savoir qui a déjà été infecté par le virus, y compris sans symptômes importants, et ainsi estimer l'ampleur de l'épidémie." Alors que certains sites les proposent déjà à la vente, il ne faut surtout pas les acheter, prévient Bernard Binétruy : "aucun de ces tests n'a encore été agrée en France. Leur validation prendra du temps, elle nécessite des essais cliniques rigoureux. C'est une technique beaucoup plus sophistiquée que la PCR, difficile à mettre au point."

3.Les tests diagnostiques rapides

C'est le projet dans lequel se sont lancés de nombreux laboratoires publics et privés : ils tentent d'élaborer des tests ultra-rapides et aisés à pratiquer en dehors des labos, chez soi ou chez le médecin, comme le détaille cet article de la revue Nature Biotechnology.
Comment ça marche
"De nombreuses approches sont possibles, explique Etienne Simon-Lorière. Certains tests en projet sont basés sur CRISPR (des ciseaux moléculaires) et visent à détecter les séquences ARN du virus, et d'autres à plus long terme viseront à détecter des protéines du virus."

Un exemple ? Sur le principe du test de grossesse, les immuno-essais à flux latéral. Ils fonctionnent à l'inverse de la recherche d'anticorps : le laboratoire élabore un anticorps spécifique (dit monoclonal) capable de reconnaître une protéine du virus recherché, le produit en grande quantité et le dispose dans des plaquettes de nitrocellulose, à mettre en contact avec un prélèvement du patient. Dans le cas du coronavirus, ce ne sera sans doute pas l'urine, où le virus est absent ; peut-être deux gouttes de sang. Si le virus est présent, l'anticorps monoclonal est reconnu par un second anticorps marqué par une couleur, et une ligne s'affiche.

Quant à elle, la technique faisant appel à CRISPR, jamais appliquée à la diagnostique, promet d'être ultrasensible et ultrarapide, en découpant les séquences d'ARN viral voulues afin de les marquer par fluorescence. On s'affranchit ainsi de l'étape de l'amplification génétique propre à la PCR.
Combien de temps ça prend ?
Peuvent prendre moins de 15 minutes pour les immuno-essais à flux latéral. Les tests fondés sur CRISPR promettent aussi d'être ultrarapides.

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Les tests pour diagnostiquer le Covid-19 : on fait le point

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Depuis que l'OMS a diffusé les instructions de référence en janvier, les laboratoires du monde entier peuvent réaliser ces tests diagnostiques pour déceler le coronavirus SARS-CoV-2. Très fiables, ils sont fondés sur un procédé classique de la génétique, la réaction de polymérisation en chaîne (PCR). Comment ça marche ?

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Un test diagnostique du SARS-CoV-2 peut être effectué en cas de suspicion de maladie à coronavirus 2019 (Covid-19) à l' examen clinique et en complément à des examens approfondis ( tomodensitométrie, etc.). Il peut être effectué par des tests de réaction en chaîne par polymérase après transcriptase inverse pour la détection de l'ARN viral (RT-PCR, pour " Reverse Transcription - Polymerase Chain Reaction ") ou par des tests à base d'anticorps ELISA pour la détection des protéines du virion.

L'infrastructure de recherche européenne EVA (European Virus Archive) s'est rapidement organisée pour fournir aux laboratoires de diagnostic du monde entier des éléments viraux destinés à servir de contrôles pour les tests basés sur l'ARN ou sur la protéine.

L'un des premiers tests de Reverse Transcription - Polymerase Chain Reaction, en abrégé RT-PCR, a été développé à La Charité à Berlin en en utilisant la PCR quantitative et a formé la base de 250 000 kits que l' OMS distribue. Le , l'OMS diffuse un protocole-type établi par l' institut Pasteur de Paris. D'après une étude coréenne, ce dernier test aurait une sensibilité inférieure à la détection du gène N.

La sensibilité de ce type de test est évaluée entre 50 et 60 % et la spécificité est assez mauvaise à 75 % , contre 99 % et 98 % pour les tests PCR multiplex, qui ne sont pas encore utilisés au début du mois de mai 2020.

La société sud-coréenne Kogenebiotech a annoncé le que son kit de détection PowerChek 2019-nCoV Real-time PCR Kit, qui cible le gène " E " partagé par tous les Betacoronavirus et le gène RdRp spécifique du SARS-CoV-2, avait reçu une autorisation d'utilisation en urgence de la part des autorités coréennes et américaines.

D'autres sociétés comme Seegene et Solgent ont également développé en février 2020 leurs versions de kits de détection de qualité clinique appelés " DiaPlexQ " et " Allplex 2019-nCoV Assay " respectivement.

Aux États-Unis, les Centers for Disease Control distribuent le test de diagnostic CDC 2019-Novel Coronavirus (2019-nCoV) Real-Time RT-PCR aux laboratoires de santé publique. Dans les premières versions, un test génétique sur trois avait donné des résultats non concluants au CDC d'Atlanta ; les tests plus récents utilisant deux composants ont été jugés fiables le , permettant aux laboratoires nationaux et locaux d'accomplir rapidement les tests : ce test a été approuvé par la Food and Drug Administration (FDA) en vertu d'une autorisation d'utilisation en urgence.

L' université des sciences et technologies de Hong Kong a proposé début février un test RT-PCR microfluidique très rapide.

Le 7 avril 2020, l'OMS publie la liste des 2 premiers tests RT-PCR utilisables en cas d'urgence : il s'agit des tests genesig Real-Time PCR Coronavirus (COVID-19) de Primerdesign, division de Novacyt, Grande-Bretagne, et cobas SARS-CoV-2 utilisable sur cobas 6800/8800 Systems, de Roche, États-Unis. Cette liste est ensuite complétée pour atteindre 21 tests fin septembre 2020.

Production des kits de test RT-PCR

Dès le mois de janvier, tous les fabricants potentiels se sont lancés dans une bataille pour produire les kits de tests RT-PCR : lutte contre le temps pour juguler l'épidémie et lutte commerciale pour ne pas rester à l'écart d'une demande explosive.

Pour la France, le Ministère de la Santé publie la Liste des réactifs de diagnostic par RT-PCR du Sars-CoV-2. À la date du , cette liste recense 7 tests validés par le CNR (Centre national de référence) et 32 tests marqués CE.

La disponibilité effective des réactifs est un point critique dans la politique de dépistage mise en place dans chaque pays. En mars et avril, il y a peu d'informations sur les nombres de kits de test disponibles, soit du côté des fabricants - capacité de production ? quantité produite ? -, soit du côté des pays - quantité commandée ? quantité livrée ? quantité utilisée ? -.

En plus des kits de réactifs nécessaires, il faut aussi disposer de kits de prélèvement. Bien qu'ils soient beaucoup plus simples à fabriquer, les médias ont rapporté de pénuries de kits de prélèvement dans certains pays.

Fiabilité des tests RT-PCR

La fiabilité des tests RT-PCR a souvent été mise en doute. Cette mauvaise fiabilité apparente recouvre plusieurs sujets, les uns liés à l'analyse RT-PCR, d'autres liés à l'évolution de la maladie chez un patient, d'autres enfin liés aux procédures de mise en œuvre.

En ce qui concerne la méthode RT-PCR, c'est une méthode qui pour certains n'aurait pas intrinsèquement une excellente fiabilité. En effet il y a par exemple pour le Sars-Cov2 de nombreuses et constantes mutations du virus, qui peuvent le rendre moins détectable. Pour certains, a sensibilité serait mauvaise , (la plus faible en moyenne parmi tous les types de tests), la spécificité (la capacité à détecter le virus recherché et pas autre chose) assez bonne. Pour d'autres les tests remontraient beaucoup trop de faux positifs à cause d'un valeur utilisée du Ct (Cycle threshold) trop élevée, et ne donneraient pas d'indication sur la contagiosité contrairement aux tests quantitatif Rt-Pcr,,,,. On a par ailleurs constaté aussi des défaillances dans les procédures et les réactifs destinés au diagnostic du SAR-CoV-2. En , le CDC des États-Unis a décidé de ne pas utiliser les tests mis au point internationalement et de développer son propre test qui s'est révélé défectueux ; en mars et avril, des millions de kits livrés par la Chine se sont révélés défectueux en Espagne, République tchèque, Slovaquie, Turquie et Royaume-Uni.

En France, la validation de chaque kit de réactifs est réalisé par le Centre national de reference (CNR) en utilisant une souche virale unique et en utilisant la procédure et l'équipement d'analyse spécifié par le fabricant.

Sources de Faux positifs apparents ou réels :

Réactifs ou procédure incorrects ou mauvaise sélectivité : le test détecte autre chose que le SARS-Cov-2.

Contamination croisée durant le prélèvement ou durant l'analyse.

Erreur d'identification du patient, notamment lorsque la procédure n'assure pas une traçabilité automatique par code barre depuis le prélèvement jusqu'à la délivrance du résultat.

Source de Faux négatifs apparents ou réels :

Réactifs ou procédure incorrects ; le test ne détecte pas suffisamment le SARS-CoV-2.

Mutation du virus ; certains réactifs pourraient être mis en défaut ; c'est théoriquement possible mais pas encore signalé pour le SARS-CoV-2

Mauvais prélèvement ; le virus est présent mais le prélèvement a récolté trop peu de virus ; en particulier, on a vu des cas où le prélèvement est réalisé par le patient, ce qui risque d'être insuffisant car le prélèvement est très désagréable.

Début de l'infection ; la charge virale est encore faible.

Évolution de l'infection (le cas le plus fréquent) ; après quelques jours de symptômes, la charge virale dans les voies respiratoires supérieures a fortement diminué, bien que le virus soit présent dans l'organisme. Il faut faire des prélèvements dans les voies respiratoires basses, ou dans les selles. C'est la principale cause de "faux négatifs". Techniquement, il ne s'agit pas d'un faux négatif, car il n'y a plus de virus présent, mais médicalement, le test étant négatif et la maladie présente, on peut l'appeler faux négatif. Cette précision subtile permet de comprendre les discordances importantes sur les % de sensibilité rapportés.

Erreur d'identification du patient.

Erreur du système informatique ; par exemple, l'Irlande a rapporté la situation où des tests revenus avec le statut " invalide/indéterminé " ont été classés " négatifs " parce que le logiciel utilisé ne connaissait que " positif ou négatif ".

Pour la recherche : l'analyse RT-PCR est une méthode de référence pour les recherches sur le coronavirus, par exemple pour l'étude de la persistance. Dans ce contexte elle présente un défaut sérieux ; l'analyse RT-PCR permet de détecter des traces même très faibles de l'ARN du coronavirus, mais elle ne prouve pas que l'on est en présence de virions capables d'infecter une cellule. C'est une source de controverses sur certaines études publiées.

Organisation pratique des tests RT-PCR

Les tests PCR sont bien connus et couramment utilisés pour rechercher des virus humains, animaux ou végétaux. Toutefois la méthode est assez sophistiquée et n'est pas disponible dans les laboratoires de ville ou les hôpitaux simples. L'organisation actuelle pour la réalisation des tests PCR est basée sur des plateaux techniques disposants des installations et des machines d'analyse ; ces plateaux techniques existent dans des laboratoires publics associés aux CHU ou dans des laboratoires privés qui fédèrent quelques dizaines ou quelques centaines de laboratoires de ville. En France, il y a environ 120 plateaux techniques équipés face aux 3700 laboratoires de biologie médicale (source INSEE).

Le déroulement d'un test RT-PCR pour diagnostic du SAR-CoV-2 se fait en quatre phases :

1. Prélèvement - Identification du patient, prélèvement nasopharyngé avec un écouvillon, conditionnement de l'échantillon sous triple emballage. Ce prélèvement peut être fait par les laboratoires de ville, les services des hôpitaux, ou même les médecins de ville, à condition de disposer du kit de prélèvement. Certaines procédures prévoient de prendre deux échantillons pour chaque prélèvement. Durée : 5 à 15 minutes. A partir de la mi-février 2021, on autorise des prélèvements par la salive mais ceux-ci sont en 2021 limités à des contextes très précis: milieux-scolaires ou médicalisés et assez peu diffusés devant la réticence des laboratoires.

2. Collecte et transport - Chaque plateau technique possède une organisation de collecte et de transport pour les laboratoires affiliés ; les entreprises spécialisées dans cette activité font la tournée des points de prélèvement et assurent le transport avec les précautions sanitaires adéquates ; notamment pour le SARS-Cov-2, les échantillons doivent être conservés à 4 °C. Durée pour la collecte et le transport: typiquement un demi-jour à un jour, éventuellement plus rapide si le prélèvement est à proximité du plateau d'analyse.

3. Analyse - L'analyse PCR est faite au moyen d'un thermocycleur. Il existe de nombreux types d'appareils correspondant à des usages différents ; ces appareils étant plus ou moins automatisés ; pour l'analyse en masse, les thermocycleurs travaillent par lot de 64 échantillons et peuvent analyser jusqu'à 1 000 à 3 000 échantillons par 24 h (valeur théorique à condition que toute la chaîne suive le rythme). Durée : quel que soit l'appareil d'analyse RT-PCR, il faut compter 3 à 4 heures pour faire l'analyse (préparation, cyclage et lecture du résultat).

4. Résultats - La délivrance du résultat au demandeur est faite par voie électronique, donc assez rapide.

En pratique, un test RT-PCR prend 1/2 jour à 2 jours. Dans les médias, la durée du test complet est souvent confondue avec la durée du prélèvement qui en est la partie visible. Certains états (Irlande, Californie) rapportent des situations où il faut une à deux semaines pour obtenir le résultat car la quantité de prélèvements réalisés est largement supérieure aux capacités d'analyse.

Cette organisation est en place en France et fonctionne correctement lorsqu'il s'agit de traiter quelques dizaines ou quelques centaines d'échantillons par jour. Pour augmenter massivement le nombre d'échantillons traités par jour, les difficultés viennent du nombre de kits de prélèvement et de réactif et du nombre de machines d'analyse disponibles, mais aussi du manque de personnel qualifié lorsque l'analyse est semi-automatique, du fait qu'un kit de réactif est validé pour un type de machine - ce qui complique l'approvisionnement - , et du fait que les laboratoires sont équipés de nombreux logiciels différents et que les formats de transferts de données ne sont pas unifiés - ce qui complique la réorganisation des réseaux de laboratoires. Depuis le 25 juillet 2020, les tests Pcr sont pris en charge à 100 % par la sécurité sociale, sans ordonnance.

Le test d'analyse métagénomique Explify Respiratory d' IDbyDNA identifie en moins d'une heure plus de 900 agents pathogènes respiratoires, dont le SARS-CoV-2. Le délai d'exécution, entre la réception de l'échantillon et le résultat du test est de 36 heures. Il est plus cher que les tests RT-PCR.

Tests dits " antigéniques ": recherche d'antigènes

Ces tests donnent un résultat en 15 minutes à 30 minutes, et sont basés sur la recherche d'antigènes du virus. Ils avaient en moyenne, en juin 2020, une sensibilité assez modeste (60,2 %) et une très bonne spécificité (99,2 %). Cependant les derniers tests mis au point, à l'automne 2020, offrent des sensibilités et spécificités supérieures à 95 % . Les capacités de production étaient cependant, au début de l'été, faibles, en comparaison des besoins pour opérer un déconfinement de la population dans les conditions les meilleures. Contrairement à ce qui est rapporté par de nombreux médias la sensibilité du test majoritairement disponible en France (Abbott), de 93 % pourrait sembler meilleure que celle des tests PCR. Toutefois, les évaluations de l'APHP du 7 octobre 2020 rendent compte de résultats très nettement inférieurs, y compris pour le test Abbott qui atteint difficilement 55 % de sensibilité (plus de 4 patients positifs sur 10 non détectés par les tests antigéniques), en comparaison avec la RT-PCR.

Un test sérologique détecte la présence d' anticorps de classe IgG ou IgM développés à la suite d'une infection par la virus Cov19 (entre 5jrs après et plusieurs mois), dans le sang. Comme pour les tests RT-PCR, l'intérêt du test dépend de l'antigène détecté. Des tests rapides (échantillon à l'unité en 15-30min) et en format microplate ELISA (pour les laboratoires, pour 50-100 échantillons en 2hr) ont été rendus disponibles tôt dans l'épidémie mais ont été peu utilisés, car s'ils ont une très bonne spécificité (100 %), la sensibilité maximale est de 70 % (après 10 jours d'incubation) et ils ne détectent pas les 5-7 premier jours d'incubation . La sensibilité est aussi possiblement un peu plus faible encore dans la population plus âgée, à cause du phénomène d' immunosénescence. Ils ne semblent pas pouvoir être utilisés seuls pour faire du dépistage, leur intérêt principal est pour le suivi épidémiologique:

Utilité : Les tests sérologiques permettent aux épidémiologistes et aux décideurs publics de connaitre la part de la population générale qui a été réellement été infectée depuis le début de la pandémie, d'évaluer le nombre de cas asymptomatiques et de préciser le coefficient de contamination de l'épidémie. Début , personne ne connait encore ce nombre réel d'asymptomatiques, ni le rôle exact des enfants infectés mais asymptomatiques (à éclaircir avant la réouverture les écoles). Finalement, ces tests confortent la compréhension épidémiologique de Covid-19 apportées par des études étrangères sur des bases cliniques, et sont surtout un élément clé pour statuer de la réponse à la pandémie d'une population donnée.

Lors d'essais cliniques d'un vaccin, ils permettent de vérifier que le vaccin fonctionne réellement (immunise).

Ils peuvent aussi aider à rechercher rétrospectivement après des semaines ou mois s'il y eut une infection chez un individu (infection suspectée, enquête de contact d'un infecté), et mesurer l'exposition rétrospective d'un groupe.

Historique : la conception de ces tests est facile techniquement, mais la valeur du test repose sur le choix de l'antigène détecté ce qui dépend de la compréhension croissante de la manière dont l'" enrobage viral " ( capside) déclenche la reconnaissance et la neutralisation du virus par un système immunitaire sain. Depuis avril 2020, de nombreux laboratoires et entreprises de diagnostic sont en compétition pour les produire en masse, car la plupart des gouvernements vont les acheter par millions, pour leurs contrôles, et pour les particuliers. Sous l'égide de l'OMS et " avec leurs régulateurs nationaux, les gouvernements doivent trouver un équilibre entre l'urgence et les préoccupations quotidiennes de sensibilité et de spécificité qui s'appliquent à tout nouveau diagnostic médical ".

Un malade ayant été infecté par la Covid-19 est probablement immunisé pour des mois ou années (ce qui reste à confirmer). Sur la base de cette forte probabilité, face à l'urgence de " ramener les gens au travail et de rouvrir les frontières - et ceux dont l'immunité peut être démontrée pourraient reprendre le travail sans risque " et face à une pénurie d'agents de santé un tel test peut montrer qu'un agent de santé pourrait à moindre risque ou sans risque retourner au travail ; certaines autorités ont décidé exceptionnellement d'alléger leurs critères d'évaluation, depuis mi-mars pour la FDA.

Nota :

1. un test immunologique analyse un échantillon de sérum sanguin ; il peut être positif bien après la guérison, alors que le virus n'est plus présent, mais lors de la période d'incubation ce test est beaucoup moins sensible qu'un test PCRn et négatif les premiers 6 jours en moyenne dans le cas du SARS-CoV-2; il n'évalue donc non pas l'infection virale présente, mais l'immunité au virus. S'il était utilisé dans le but de détection en sortie d'une période de confinement, il est susceptible de ne pas détecter tous les profils contaminés car sa sensibilité n'est que de 70 % pendant les 10 premiers jours de l'infection.

2. Il conviendra de faire attention en cas de thérapie par transfert de plasma de personnes infectées et gueries (immunisation passive): dans ce cas le test sera positif, c'est-à-dire indiquera que la personne a au moment du test les anticorps recherchés, sans préciser que l'infection a été (déjà) jugulée, et si l'immunité n'est que brièvement apportée par le traitement ou acquise .

Tests immunologiques disponibles :

Le , le premier test immunologique pour le SARS-CoV-2 a été décrit en Chine par une équipe du Wuhan Institute of Virology, ; Le premier test rapide a été créé par la société de biotechnologie franco-finlandaise Mobidiag (aidée à hauteur de 25 millions d'euros par la banque européenne d'investissement en 2019) mais il est fabriqué par le groupe chinois Autobio Diagnostics (leader pour le diagnostic clinique en Chine) puis distribué par Mobidiag et des distributeurs locaux (sauf au Portugal, aux Pays-Bas et en Ukraine). Ce premier immuno-test fonctionne via les deux plateformes Amplidiag et Novodiag de ; l'immunodosage de certains IgG et IgM dans le sérum, le sang total ou le plasma prend environ 15 minutes.

Mobidiag a ensuite créé deux tests moléculaires complémentaires ( Novodiag COVID-19 et Amplidiag COVID-19) ;

Le , une équipe de la École de médecine Duke - NUS de Singapour a annoncé un autre test d'anticorps pour le SARS-CoV-2, donnant un résultat en quelques jours,.

Le , une autre société sud-coréenne (PCL) a demandé l'homologation accélérée auprès du ministère de la Sécurité alimentaire et des médicaments de Corée du Sud d'un kit dit " COVID-19 Ag GICA Rapid ", bien plus rapide qu'un kit de détection basé sur la RT-PCR en temps réel ; PCL affirme que son kit pose un diagnostic en 10 minutes.

En Europe, le groupe Euroimmun a pu rapidement faire certifier un test " Anti-SARS-CoV-2 ", qui pourra donc être vendu au sein de l'UE.

D'autres sociétés, à travers le monde, ont mis au point des tests dont l'entreprise Bretonne NG Biotech qui a remporté le marché français. Cependant cette Pme indique avoir une capacité de production mensuelle de 500 000 tests à partir du début mai, ce qui ne couvrira qu'une très petite partie des besoins qu'implique un dépistage massif lors d'un déconfinement.

Un procédé basé sur l'enzyme cas12 permet en 40 minutes, uniquement avec les réactifs du test de visualiser ou non la contamination. L'étude a porté sur 83 patients et donnerait une valeur prédictive positive de 95 % et négative de 100 %.

La Reverse Transcription Loop-mediated Isothermal Amplification (amplification isotherme médiée par une boucle de transcription inverse), ou RT-LAMP, est une technique d'amplification d'acides nucléiques en une seule étape qui combine l' amplification isotherme médiée par les boucles (LAMP) et la transcription inverse. Les tests peuvent être effectués sans isolement de l'ARN, en détectant la présence du SARS-CoV-2 directement à partir d'écouvillons ou de salive,,.

Le scanner pulmonaire, un outil d'imagerie de routine pour le diagnostic de la pneumonie, est rapide et relativement facile à réaliser en complément à l'examen clinique, sans être un test de détection virale à proprement parler. Une recherche a révélé que la sensibilité de la méthode pour la détection de la Covid-19 était de 98 %, à comparer à une sensibilité de 71 % pour la RT-PCR. Pour cette étude, des chercheurs de l'hôpital Tongji de Wuhan, en Chine, ont entrepris d'étudier la valeur diagnostique et la cohérence de l'imagerie thoracique par rapport au test RT-PCR pour le diagnostic de Covid-19.

Une étude pilote menée avec des chiens a montré un taux de détection de 94 %.

L' impossibilité de reconnaître le goût sucré du salé peut être un signe indicatif d'une infection,,.

Il existe des détecteurs électroniques de Srars-Cov2 dans l'air intérieur mais leur coût reste encore élevé,, surtout s'ils utilisent un spectromètre de masse. Le coût d'utilisation serait toutefois plus faible que celui des tests PCr.

Visée des tests

Les tests peuvent être utilisés par différents intervenants: des médecins qui auront une optique de diagnostic ou de sa confirmation, des responsables sanitaires qui souhaitent mettre en œuvre une campagne de dépistage, des épidémiologistes qui souhaitent évaluer le niveau de dissémination de l'épidémie pour conseiller les décideurs sur les mesures collectives ou individuelles d'isolement à prescrire.

Dans l'optique diagnostique, un test a d'autant plus d'intérêt que sa valeur prédictive positive est importante. L'avis général du corps médical est que le test du coronavirus à visée diagnostique est peu utile, que l'on peut se contenter d'une évaluation par les symptômes [réf. nécessaire]. En effet, si le patient ne manifeste pas les symptômes caractéristiques de l'infection, il intéresse a priori peu le médecin dans la mesure où il ne requiert a priori pas d'action de sa part. De plus devant la pénurie de tests de détection, en proportion du niveau de l'épidémie, la détection n'est pas requise par les autorités publiques au titre d'un éventuel traitement préventif. Au début mai 2020 [réf. nécessaire], il n'y a d'ailleurs pas de traitement des cas avérés, en phase pré-symptomatique qui soit reconnu par l' académie de médecine.

La sensibilité assez mauvaise des tests PCR, proche de 60 % dans la population générale, a semble-t-il contribué à rejeter un doute sur l'efficacité et donc l'utilité des tests pour le diagnostic dans la population générale même si une majorité de contaminés est asymptomatique. En utilisant les valeurs des spécificités (99,2 %) et sensibilité (60,2 %) du test de recherche d'antigènes du virus, et une prévalence mi-avril de 2,38 %, on trouve une valeur prédictive positive par test vaut 0,65 et une valeur prédictive négative 0,99. En utilisant les valeurs de spécificité (75 %) et sensibilité (55 %) du test Rt-PCR, et une prévalence mi-avril de 2,38 %, on trouve une valeur prédictive positive de 0,49 et une valeur prédictive négative de 0,985.

La valeur de 0,49 de la valeur prédictive positive, en prenant en compte la prévalence estimée début avril, montre l'importance des critères d'inclusion si on veut comparer l'efficacité des traitements de deux études, pour éviter un biais de sélection. Il y avait en effet à cette date une proportion en moyenne d'au moins 1/2 de faux positif si le critère d'inclusion est uniquement basé sur un test Pcr. Si de plus 80 % des patients guérissent sans symptômes, la seule sélection des patients symptomatiques retient des profils spécifiques, avec des chances de guérison moins élevées, que si la sélection retient d'autres types de patients.

La similarité des symptômes de l'épidémie avec ceux de la grippe, fait par ailleurs qu'en pratique les tests ont été systématiquement utilisés, pour confirmer le diagnostic clinique afin semble-t-il d'éviter des hospitalisations inutiles, alors que l'intégration du nouveau Sars-Cov2 à un test MultiPlex Pcr se justifie peut-être davantage, en particulier en période hivernale. Compléter le test PCR par un scanner pulmonaire apporterait sans doute une valeur prédictive positive, plus élevée de 0,74,qu'un test Pcr seul qui n'est individuellement pas très performant en comparaison d'un diagnostic à partir d'un scanner pulmonaire associé à un traitement d'images (sensibilité 94 %, spécificité 98 %) ou d'un test Pcr multiplex (sensibilité 99 %, spécificité 98 %). Ainsi, pour éviter un faux négatif résultant, d'un test PCr en présence de symptômes, un scanner thoracique peut être envisagé.

Une étude rétrospective chinoise, publiée le dans le Journal of Clinical Virology, portant sur 301 malades hospitalisés présentant des formes moyennes ou sévères (mais dont aucun n'a nécessité un transfert en U.S.I.), 1 113 RT-PCR ont été effectués chez ces patients sur des prélèvements nasaux ou laryngés (nez et bouche). Cette étude permet d'établir la dynamique de la RT-PCR :

Une méta-analyse publiée le dans le Annals of Internal Medicine évoque aussi des faux négatifs évoluant de 38 % à J5 (jour moyen de début des symptômes) à 20 % à J8 pour remonter à 21 % à J9 puis 66 % à J21,.

L'autre utilisation d'un test est de permettre le tri des contaminés afin d'éviter le plus possible la dissémination de l'épidémie. Dans cette optique le test a d'autant plus d'intérêt qu'il a au moins une valeur prédictive positive ou négative importante. Ce sont davantage les décideurs: gestionnaires des politiques sanitaires ,, directeurs d'hôpitaux, gestionnaires de résidences pour personnes âgées, responsables d'entreprises qui sont concernés dans ce but. Si on utilise les tests sérologiques ou Rt-Pcr la fiabilité d'un tri repose en particulier sur la bonne valeur prédictive négative obtenue, en particulier si on renouvelle régulièrement les prescriptions.

Quel test utiliser ?

La valeur prédictive négative est assez complexe à évaluer car elle dépend en théorie des valeurs déclarées du test ( sensibilité, spécificité), de la prévalence. Mais en pratique la sensibilité affichée est une moyenne, qui varie beaucoup suivant la situation du patient au moment du test : incubation, séroconversion. La Fondation suisse Find recense les valeurs des spécificités et sensibilités des tests de détection du SARS-CoV-2. On voit à partir des données fournies que si la plupart des tests sérologiques offrent une spécificité supérieure à 90 %, peu ont une sensibilité supérieure à 90 % et aucun durant les 7 premiers jours de l'infection ; qu'il y a par ailleurs peu d'offres de tests antigéniques.

La valeur prédictive négative de 0,985 permet en théorie d'utiliser les tests Rt-Pcr pour effectuer un tri, mais en pratique on constaterait cependant une proportion importante allant de 30 % à 75 % de faux négatifs,, qui pourrait s'expliquer par les difficultés pratiques lors du prélèvement utilisé pour le test. Ils sont en France, fin avril, les seuls type de tests qui ont été utilisés pour le dépistage.

Les tests sérologiques présentent un taux de faux négatifs plus élevé que les tests antigéniques, qui semblent les plus simples et les plus fiables d'utilisation, même si mi-avril ils ne sont pas produits en France. En pratique, ils sont quasiment inutilisables pour faire du dépistage. En effet, le but d'un test de dépistage est de sélectionner la partie de la population qui est potentiellement contaminante et de la mettre à l'isolement lors de cette période. Or le résultat positif d'un test sérologique signifie avec une probabilité probablement supérieure à 50 % que le patient a été contaminant mais ne l'est plus, qu'il n'a le plus souvent plus de charge virale, et il a donc peu d'intérêt en moyenne de le mettre à l'isolement (même si on ne peut parler pour le test de faux positif). Ainsi, il n'aurait pas beaucoup de sens de mettre à l'isolement pendant trois semaines, les 5 % de la population qui sont immunisés contre le virus, et sont donc détectés positivement pour le test. À l'inverse ceux qui ont été détectés positivement il y a plus d'un mois, n'ont aucune raison objective d'être contraints par des mesures de confinement qui pourraient être décidées dans un territoire, car ils ont une très forte probabilité d'être immunisés et non contaminants. De plus, à cause de la période d'incubation qui peut durer 20 jours, un résultat négatif ne signifie pas non plus avec une probabilité importante (car la sensibilité est mauvaise pendant cette période) que le patient n'est plus contaminant à l'avenir: la proportion de faux négatifs est donc importante en particulier pendant cette période. La politique, décidée mi-mai, consistant à faire bénéficier sur prescription le personnel médical d'un test sérologique, ne peut s'apparenter à une politique de dépistage, mais plutôt à un suivi épidémiologique, même s'il aurait aussi pu être effectué par sondages. Cependant le résultat positif d'un test sérologique permet de s'assurer avec une très forte probabilité de l'immunité de la personne testée, et par exemple de l'inutilité de se soumettre à la vaccination ou à une période d'isolement après un test Pcr positif.

Un tri de population est d'autant plus efficace que celui-ci est fait plus tôt dans l'évolution de l'épidémie, car la valeur prédictive négative diminue quand la prévalence augmente. En calculant la valeur prédictive d'un test sérologique sur la base d'une prévalence de 0,10 (valeur à retenir mi-avril selon le ministre de la santé), on trouve une valeur prédictive négative de 0.97, ce qui montre qu'un tri devient moins efficace qu'au début de l'épidémie (3 % des testés étant des faux négatifs). Ainsi, au contraire, la prévalence restant par exemple plus faible dans la population cible du personnel médical que dans la population générale (3,6 %, versus 5 %), la valeur diagnostique négative dans cette population, pour le test de détection d'antigènes du virus, est meilleure que dans la population générale. Il semble donc prioritaire de faire les tests de dépistage dans les régions où la prévalence est la plus importante, ou en expansion, car le tri risque d'être d'autant moins efficace avec la diffusion naturelle de l'épidémie dans ces régions ou parmi les publics ayant le plus d'interactions sociales. De plus, l'étude de prévalence publiée par l'institut Pasteur mi-avril laisse penser que la circulation la plus active du virus est en Île-de-France, compte-tenu en particulier d'une forte utilisation des transports en commun,,,associée à une prévalence élevée. Les enfants de moins de 10 ans seraient des porteurs asymptomatiques aussi susceptibles d'être contaminés que les adultes, et pas significativement moins que ceux dont l'âge est compris entre 10 et 19 ans,,,,. Devant la pénurie des tests de détection il serait possible de réserver les tests PCr en deuxième intention, dans la mesure où une simple analyse sanguine des paramètres biologiques peut déjà détecter 70 % des infections à Sars-Cov2.

Les tests de dépistage rapide (TROD) peuvent être faits en cabinet médical, en pharmacie ou en entreprise par un professionnel de santé. Un auto-test quasiment similaire au TROD existe. Le test s'effectue en prélevant une goutte de sang, le plus souvent au bout d'un doigt, et en la mettant en contact avec un réactif.

Les tests par prélèvement nasal tel que le test PCR et le test antigénique, doivent être réalisés avec précaution par un professionnel de santé préalablement formé à ce test. Aux Etats-Unis, un test nasal a percé la paroi du cerveau d'une patiente, il s'agit d'un risque très faible. La patiente avait un problème non diagnostiqué et le test a pu être mal administré au regard de sa condition. Les personnes ayant été opérées des sinus devraient envisager de demander des tests oraux si possible.

Il est également possible de faire des tests par poolage par zone ou groupe de poolage, afin d'économiser le nombre de tests à réaliser,. Les tests Pcr sont assez longs à réaliser et il semblerait y avoir des difficultés pratiques pour fusionner leurs prélèvements au-delà de quelques unités. Des tests basés sur des groupes allant jusqu'à 30 prélèvements ont cependant été déjà mis en œuvre, in vitro et in vivo,. Certaines stratégies de groupage permettent aussi de faire des groupes se recouvrant,. Pour réaliser des tests Pcr en grand nombre, on est cependant confronté au problème de la pénurie de réactifs. Les tests sérologiques ne sont pas recommandés pour faire du dépistage, car ils ne mesurent pas la présence du virus et donc pas la contagiosité. La technique serait particulièrement bien adaptée aux tests rapides antigéniques sanguins.

Le poolage pourrait être généralisé pour s'assurer de façon rapide la non contagion d'un groupe d'individus amenés à une certaine coexistence: patients de résidences pour personnes âgées (où 50 % des décès enregistrés ont eu lieu), passagers embarquant sur un navire, détenus après avoir fait une estimation de la prévalence En effet, le dépistage de clusters en remontant les chaînes de contacts de ceux qui sont détectés positifs se révèle en pratique inopérant dans de nombreux cas, tandis que le traçage numérique sur la base du volontariat reste en partie du domaine de l'expérimentation,. En comparaison d'autres pays le traçage des contacts semble peu efficace en France, , tandis que le niveau global de détection était insuffisant fin Juin 2020. Le traçage des contacts est en effet difficile à mettre en œuvre en phase 3 de l'épidémie, quand la prévalence a dépassé un certain seuil. La surveillance des clusters serait par ailleurs une méthode globalement insuffisante, 80 % des contaminations étant en réalité le fait de 10 % des malades ( superinfecteur), rendant probablement nécessaire l'utilisation de nouvelles méthodes de détection comme les détecteurs ou les tests rapides. La détection des superinfecteurs est cependant difficile, surtout si l'on s'interdit l'utilisation du groupage, ou si l'on utilise pas plus systématiquement dans une moindre mesure la Pcr quantitative,,, ou mieux encore une analyse du taux d' Interleukine 6 ou celle de l' Immunoglobuline G, qui permettent de renseigner sur le niveau de contagiosité d'un individu. À défaut, la limitation des situations. où les super-infecteurs sont susceptibles d'être les plus contaminants parait alors opportune. À l'inverse compte tenu d'un âge médian des décès de 84 ans, il serait légitime d'imposer à tous les contacts identifiés des plus âgés la réalisation de tests prouvant leur non contagion, en imposant par exemple une surveillance hebdomadaire du personnel médical, qui leur est affecté. La réalisation de tests Pcr en nombre a déjà été mise en œuvre dans des techniques comme la PCr numérique . La Pcr digitale, pratiquée sur un seul prélèvement, a une sensibilité meilleure pour la détection du virus que la PCR,,.On pourrait envisager de faire des tests groupés de prélèvements par la Pcr Digitale, avec une très bonne détection de la contamination ou non d'un groupe. Une approche basée sur la métagénomique permettrait de tester 19200 prélèvements simultanément . Il existe plus généralement un support théorique pouvant donner lieu à de nombreuses techniques pratiques de groupage de tests . Le 17 mai 2020, le Haut conseil de la santé publique a cependant rendu un avis négatif pour l'utilisation du poolage dans l'optique du dépistage, contrairement à la pratique de nombreux autres pays ( Liste des pays pratiquant le groupage pour la détection du COVID-19 ). Tout en reconnaissant que la pratique pourrait diminuer significativement le nombre de tests à réaliser, l'autorité l'a écarté principalement parce que les outils d'amplification à la disposition des laboratoires n'étant pas directement adaptés pour ce type de pratique (fractionnement et groupage des échantillons) ceux-ci nécessiteraient donc des adaptations, et parce que cela rendrait difficile la facturation des tests Pcr par les laboratoires à la sécurité sociale. La méthode sera à l'opposé étendue en Israël à partir du début octobre 2020. tandis qu'au même moment, 9 millions de Chinois ont été testés en cinq jours par le groupage,, par application d'une méthode déjà validée dans d'autres agglomérations Chinoises. L'utilisation du groupage parait pourtant d'autant plus justifié que mi-mai en moyenne moins de 4 % des tests Pcr réalisés à l'hôpital sont positifs et parfois beaucoup moins. La pratique permettrait de diminuer sensiblement le délai d'analyse des tests non groupés, qui fin septembre 2020 était en France très fréquemment supérieur à 24h et en zone de grande circulation du virus (rouge) voisin d'une semaine,,. Le risque de diffusion de l'épidémie augmente en effet avec le délai moyen de réalisation des tests,.

L'emploi des tests reste le meilleur outil à disposition de cibler quelle population qui doit être mise à l'isolement: celle qui a un test positif. Ceci, même si les tests à disposition détecteront probablement une proportion assez importante de faux positifs, cela ne diminuera pas pour autant sa capacité à identifier efficacement la population réellement non contaminante. Par contre si la positivité vis-à-vis d'un test n'est pas par exemple assortie de mesures d'isolement (par exemple doit de retrait au niveau professionnel) le dépistage manquera ses objectifs. En France, compte tenu début juin d'un nombre de décès journalier de 60, la maîtrise de l'épidémie se fait par la surveillance des clusters, et le maintien des mesures barrières. Il semble en effet il avoir des divergences entre les avis du conseil scientifique qui préconise " un dépistage massif au moindre symptôme " , et les conditions affichées par le ministère de la santé, qui se limitent, hors prescription médicale , à un dépistage sur la base d'un traçage des contacts présumés des porteurs symptomatiques, détectés comme tels (hormis les cas de faux négatifs), et sur la base du volontariat de ces contacts. Il n'y avait donc pas, jusqu'à fin juin et au niveau national, de modification des conditions requises pour bénéficier d'un test de dépistage,. Cependant à partir de la fin juin le ministère de la Santé modifie sa politique pour autoriser le dépistage de toute personne le souhaitant dans les zones de clusters ou périphériques, puis le 25 juillet à toute personne le souhaitant.

Si un dépistage systématique est le plus souhaitable, la pénurie des tests de détection oblige à se contenter d'objectifs moins ambitieux comme des dépistages ciblés (sur la base de critères probabilistes de présence) ou le suivi épidémiologique. Utiliser un test dont la sensibilité est au mieux de 70 %, en vue d' estimer la dissémination (ou prévalence) de l'épidémie comportera une marge d'incertitude. On pourra par contre évaluer avec plus de précision, du fait de la spécificité élevée, la part de la population qui n'a pas été contaminée. Les tests sérologiques ont été employés avec succès pour ce type de dépistage, car ils mesurent très efficacement les individus ayant fait une séroconversion (immunisés).

L'évaluation de la prévalence est importante car elle intervient dans le calcul des valeurs prédictives des tests. Des estimations géographiques réactualisées de la prévalence à défautde celles du taux de reproduction de base (ie ) pourraient sans doute permettre de mettre en place une politique géographique de stop-and-go de confinement, comme cela a dans un premier temps été pratiqué dans l' Oise. C'est en effet davantage la dynamique de la contamination que son niveau qu'il est intéressant de surveiller. La surveillance éventuellement mise en place, n'est cependant qu'un moyen d'évaluer la nécessité de mesures de confinement, le niveau d'exigence des mesures barrières à mettre en place, mais peut difficilement aller à l'encontre de facteurs préexistants comme la densité de population, les dispositifs médicaux à disposition, la propension à respecter des mesures de confinement, le niveau sanitaire, la promiscuité..

Le Canada a approuvé un test d'ADN portatif, nommé le " cube Spartan " par l'entreprise de biotechnologie basée à Ottawa qui l'a développé, Spartan Bioscience. Le gouvernement de Québec a déjà commandé 200 000 de ces tests.

L' Algérie est le deuxième pays africain à produire les tests, après l' Afrique du Sud. Les tests sont fabriqués par l'entreprise pharmaceutique Vital Care, basée à Alger avec une capacité de production de 200 000 tests par semaine.

Collecte d'échantillons

Le test de RT-PCR en temps réel peut être effectué sur des échantillons respiratoires obtenus par diverses méthodes, y compris un écouvillonnage nasopharyngé ou un échantillon d' expectoration,. Les résultats sont généralement disponibles en quelques heures à 2 jours.

Hong Kong a mis en place un système permettant aux patients suspects de rester à la maison : le service des urgences fournit un tube d'échantillon au patient, celui-ci crache dedans, le renvoie et obtient un résultat de test quelque temps après.

Le NHS britannique a annoncé lui aussi qu'il commencerait à tester les cas suspects à la maison, ce qui évite le risque d'infecter d'autres personnes à l'hôpital et de devoir désinfecter l'ambulance en cas d'utilisation.

En France, par exemple, la détection se faisait, en mars 2020, dans les hôpitaux. Le délai était relativement long car il fallait acheminer les prélèvements dans l'un des 120 centres de détection et réaliser le test PCR qui prend une demi-journée. D'après l' Imperial College London, il faudrait en effet bloquer " plus de 60 % des contaminations par des mesures de contrôle pour maîtriser l'épidémie ". Les conditions climatiques ne joueraient pas en faveur d'une atténuation de la diffusion, contrairement à ce qui se produit pour la grippe dite saisonnière, au moins jusqu'en 2022. Ceci semble par ailleurs confirmé par la diffusion observée dans des pays comme l'Iran ou l'Australie, qui connaissent en début d'année des températures printanières pour l' hémisphère nord.

Le taux de patients infectés mais asymptomatiques serait compris entre 1 et 50 %, selon les sources,,. La population juvénile serait pour certains un vecteur de transmission car infectée autant que la population adulte, pour d'autres le serait peu, en particulier pour les enfants de moins de 14 ans.

Un protocole de détection systématique ciblé par foyer ou micro-foyer d'infection, comme il a été utilisé dans les pays asiatiques (méthode de type " Surveillance-containment " ,), n'est pas privilégié par le ministère de la santé, en France,, faute de disposer d'assez de tests et de centres de détection et de parvenir à maîtriser complètement les questions connexes de pénuries de masques de protection,,,,,, de réactifs, (comme de respirateurs en réanimation) due en particulier à l'insuffisance de la production nationale,. Les exemples de la contamination de l' EHPAD de Vill'alizé,,, ou encore de la direction de l' AP-HP qui a reconnu qu'il était encore possible pour les soignants de travailler " quand les symptômes sont extrêmement modestes " montrent le danger de reporter la mise en œuvre d'un test de dépistage à la phase symptomatique de la maladie alors que la période moyenne d'incubation avant symptômes est de 6 jours. Ces défauts de dépistage de mise à disposition du matériel de protection du personnel soignant,, subis ou résultants de négligence, seraient juridiquement de nature à engager la responsabilité de l'État, et de la direction de certaines maisons de retraite, dans le cadre du principe de précaution, de la non application du droit de retrait ou de mise en danger de la vie d'autrui. Ainsi si le ministre de la santé a déclaré dans sa conférence de presse du 28/3/20: " Je demanderai que nous puissions tester en priorité le personnel des Ehpad ", sa demande parait difficilement réalisable. En effet compte tenu d'un effectif de personnel des maisons de retraite de 430 000 personnes, d'une production de tests, fin mars, par jour au niveau national de 12000 , d'une durée d'incubation du virus de 7 jours, cela impliquerait de réaliser 430 000 tests hebdomadaires, c'est-à-dire largement au-dessus de la capacité disponible (en comparaison de l'Allemagne où 500 000 tests sont réalisés par semaine). Ceci alors que par ailleurs des instructions sont données pour ne pas hospitaliser les résidents de maisons de retraite en cas d'infection et que le chiffre de 100 000 morts à venir y est jugé probable.

Le nombre journalier de tests de dépistage en France est en effet faible comparé aux autres pays: le pays ne serait qu'en position dans le classement des pays par nombre de tests pratiqués, rapportés à la population (8 fois moins de tests qu'en Corée dont la population avoisine les 52 millions),. Ainsi, d'après leNew England Journal of Medicine, dans une étude portant sur plus de 1 000 patients porteurs du coronavirus et hospitalisés en Chine, seulement 43,8 % des patients avaient de la fièvre lors de leur admission et qu'une autre étude indique que les cas asymptomatiques seraient à l'origine de la contamination de 79 % des cas détectés.

L'évaluation de la mortalité apportée par le virus (de 0,6 % à 5 % suivant les pays, et probablement de 1 % en moyenne) semble liée au taux de prescription de tests par habitant effectués, et dans une moindre mesure à la qualité des traitements apportés. En effet, si les chiffres des décès sont connus avec une bonne précision, ceux des personnes contaminées sont très approximatifs du fait de la proportion importante d'asymptomatiques, en particulier si les prescriptions de tests sont réservées aux patients symptomatiques en état de détresse respiratoire. La comparaison des courbes de contamination de la Corée et d'autres pays permet de supposer une sous-estimation du nombre de cas réels de contamination en France. En particulier, la mortalité apparente dix fois plus élevée en France qu'en Allemagne (dont les capacités de dépistage sont 6 fois, plus élevées qu'en France) est probablement liée en grande partie à une sous estimation du nombre de cas réels en France,. Les capacités de détection en France sont essentiellement limitées par l'équipement en appareils thermocycleurs du domaine public, disponibles seulement dans les 120 centres de détection. Par ailleurs, malgré l'arrêté du autorisant l'ouverture de nouveaux centres de dépistage, en pratique il a eu assez peu,, d'ouvertures de centres, qui étaient au premier semestre 2020 au nombre d'environ 150 en France, presque uniquement en milieu hospitalier, ce qui accroît les risques de maladies nosocomiales,,, (contre par exemple 540,, pour la Corée). Le , l' OMS appelle à tester chaque cas suspect. La France en particulier, d'après le journal le Point,, à cause de contraintes réglementaires, serait privée, début , d'une capacité hebdomadaire d'au moins 150 000 tests. Cependant la politique de dépistage reste, à la mi-, suivant les pays très disparate, alors que la réponse à l'épidémie planétaire ne peut se faire efficacement sans action coordonnée des États, et sans s'inspirer de la politique de dépistage des pays, ayant réussi à donner une inflexion à la courbe des cas détectés. Il y a au niveau européen une pénurie de production, des masques de protection qui risque de faire perdurer les contaminations, alors que l'Europe est déjà le premier foyer mondial de l'épidémie. Le , le président du conseil scientifique estime qu'un dépistage généralisé sera nécessaire à la sortie de la période de confinement. Les capacités Françaises de production de tests paraissent cependant insuffisantes mi-avril, pour cet objectif et les commandes de tests faites à l'étranger soumises aux alea résultants d'une demande mondiale importante. Ceci alors que les données disponibles mi-mars 2020 laissent penser que la progression de l'épidémie en France suivrait, à peu de différence près, celle de l'Italie avec un décalage de 6 à 9 jours de retard,, et que l'effet des mesures de confinement décidées dans ce dernier pays tarde à se faire sentir,. La courbe des décès laisse cependant espérer une stabilisation début mai.

Selon le journal , au on procédait en Allemagne à " 160 000 tests par semaine " (= 22 857 /jour), alors qu'en France on en faisait moins de 2 000 /jour jusqu'au , et 4 000 /jour à partir du .

En Angleterre, selon The Guardian, au on procédait à 4 000 tests/jour et le gouvernement annonçait vouloir parvenir rapidement à 20 000 tests/jour.

Aux États-Unis, selon The New York Times, LabCorp annonçait pouvoir effectuer 10 000 tests/jour dès le , puis 20 000 tests/jour à la fin du mois de mars ; le secteur public n'ayant effectué que 30 000 tests durant les cinq semaines précédentes, selon les données de l' université Johns-Hopkins. Le , la coordinatrice du groupe de travail de la Maison-Blanche sur le coronavirus annonçait que 50 000 à 70 000 tests quotidiens étaient pratiqués.

Au , la France a réalisé 101 046 tests contre 500 000 tests par semaine en Allemagne, la Corée du Sud, ayant elle réalisé près de 400 000 tests depuis le début de l'épidémie. En rapportant le nombre de tests à la taille de la population nationale, soit le nombre de tests réalisés pour 10 000 habitants dans chaque pays, la France en réalise pour l'instant 15. Cinq fois moins que l'Allemagne (80) ou la Corée du Sud (77).

On peut souligner la difficulté d'avoir des chiffres fiables et comparables sur le nombre de tests pratiqués dans chaque pays. Début , le site Worldometer commence à publier le nombre de tests total par pays: à la date du , les chiffres sont de 918 460 pour l'Allemagne (ce qui n'est pas cohérent avec le nombre 500 000 par semaine largement publié dans les médias) et de 224 254 pour la France. Rapporté à la population, cela donne environ 3 fois plus de tests en Allemagne qu'en France et cette proportion reste stable dans les semaines. Au même moment, le site OurWorldInData commence lui aussi à présenter des graphiques du nombre de tests par pays ; dans ses explications, ce site explique que les données sont très partielles et notamment que l'on ignore souvent si le décompte officiel concerne le nombre de personnes testées ou le nombre d'échantillons testés.

Dans les décomptes publiés pour chaque pays, il y a une incertitude sur la nature des tests: test virologique RT-PCR ou test d'anticorps ?

Le nombre de tests pratiqués (en) rapporté à la population (par million d'habitant), peut être un indicateur quantitatif de la capacité d'un état à repérer les malades contaminés, mais ne l'est pas systématiquement. Cette capacité est aussi liée à la façon dont les tests sont pratiqués. Il y avait par exemple mi-avril cinq fois moins de tests par million d'habitant pratiqués au Japon qu'en France, mais le Japon s'est plus orienté plus systématiquement vers l'identification des clusters, le port du masque,, que vers un dépistage systématique. En effet, dans le cadre d'une politique de dépistage qui doit aussi intégrer une pénurie de tests, il est important d'essayer de maximiser, à un niveau de contagion donné, le rapport en définissant des critères probabilistes (mode de vie, professions, contacts, régions ..) susceptibles de cibler le plus possible la population probablement infectée, afin d'économiser au maximum les tests disponibles.

Notes et références

" (en) Parham Habibzadeh, Mohammad Mofatteh, Mohammad Silawi, Saeid Ghavami et Mohammad Faghihi, Molecular diagnostic assays for COVID-19: an overview ", Critical Reviews in Clinical Laboratory Sciences ,‎ (lire en ligne) .

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Test diagnostique du SARS-CoV-2 - Wikipédia

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Un test diagnostique du SARS-CoV-2 peut être effectué en cas de suspicion de maladie à coronavirus 2019 (Covid-19) à l' examen clinique et en complément à des examens approfondis ( tomodensitométrie, etc.).

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Comment fonctionnent les tests de dépistage du Covid19 ?

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Les phages sont des virus qui infestent les bactéries, car ils sont très spécifiques à l'hôte. Ils détectent donc avec précision et ne tuent efficacement que certains types de bactéries ou même des sous-espèce

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Lytic v. Lysogenic Cycles of Bacteriophages

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Ces étranges virus sont prêts à se sacrifier dans le combat contre les bactéries

Les bactériophages, ou phages, semblent tout droit sortis d'un livre pour enfants. Ces étranges créatures géométriques dévoreuses de bactéries se révèlent être particulièrement habiles dans l'art du combat.

Ils ressemblent à d'étranges bestioles au corps géométriques montés sur de longues pattes. Des dévoreurs de bactéries ressemblant à de minuscules insectes créés par un illustrateur pour enfant ou un auteur de science-fiction. Les bactériophages, ou phages, sont particulièrement versés dans l'art du combat, et les chercheurs viennent de découvrir comment ces virus parviennent à s'unir pour désengager les défenses de leurs victimes.
CRISPR, un outil de défense
Ce sont pas moins de deux études qui sont parues simultanément sur le sujet dans le journal Cell le 19 juillet. Dans leurs articles, les deux groupes de chercheurs indépendants arrivent aux mêmes résultats. Ils y observent une coopération entre phages, œuvrant conjointement à désactiver le meilleur outil de défense de la bactérie : le mécanisme CRISPR.

CRISPR, cette région spécialisée de l'ADN, sert en quelque sorte de " bibliothèque " aux bactéries. Les chercheurs ont en effet découvert en 2007 que les CRISPR des lactobacilles Streptococcus thermophilus créaient de nouvelles séquences (baptisées spacers) après une attaque de virus. La séquence ADN de ces spacers s'est révélée être identique à certaines parties du génome du virus à l'origine de l'attaque. Une bonne façon pour la bactérie de conserver des informations sur son agresseur pour se défendre en cas de récidive.
Une course contre la montre
Afin d'être utile, le mécanisme CRISPR doit agir efficacement au sein de la bactérie avant que le phage n'ait eu le temps d'en venir à bout. " La protéine CRISPR doit trouver l'ADN viral très rapidement ; si elle échoue, le virus terminera son attaque et tuera la bactérie ", explique Joseph Bondy-Denomy, co-auteur de l' article publié par les chercheurs de l'université de San Francisco (UCSF). C'est donc une course contre la montre qui s'engage entre les deux microbes.

Son équipe et lui ont étudié la bactérie Pseudomonas aeruginosa : celle-ci est connue pour pré-exprimer une centaines de molécules CRISPR avant une infection, lui permettant de réagir immédiatement en cas d'intrusion d'un génome viral. Pour venir à bout de l'agresseur, le mécanisme CRISPR doit être capable de sélectionner le bon ARN guide parmi une trentaine de ceux-ci et s'en servir pour se lier à l'ADN du phage et l'annihiler, le tout en un temps record.

" Le défi pour le phage est de produire des protéines anti-CRISPR (Acr) très rapidement pour empêcher que [son ADN ne soit coupé par les défenses CRISPR de la bactérie]. " Or, l'équipe a pu observer qu'il était impossible pour un phage de produire ces protéines anti-CRISPR suffisamment vite face à une bactérie déjà armée jusqu'aux dents telle que P. aeruginosa.
Une forme d'" altruisme " chez les virus
Toutefois, le combat ne s'arrête pas là pour les phages. Les chercheurs ont en effet découvert que ces virus n'étaient pas étrangers à la notion de " sacrifice " lorsqu'il s'agissait de gagner du terrain. " Nous pensons que le premier phage agit comme un kamikaze. Il est détruit, mais durant son attaque, il a le temps de produire quelques uns des composés anti-CRISPR qui neutraliseront les CRISPR [de la bactérie], aidant ainsi ses pairs à accomplir la prochaine vague d'infection. "

Les chercheurs de l'université d'Exeter, menés par Edze Westra et Stineke Van Houte, sont arrivés au même constat. Un premier phage attaque la bactérie et annihile ses défenses, permettant au second d'investir l'hôte immunosupprimé. Plus le nombre de bactéries sans défense augmente, plus les chances de réussite d'infection des bactériophages sont importantes. Le quantité initiale de phages présents sur le champ de bataille laisserait présumer de l'issue du combat.

" Nous avons été très surpris de découvrir que les phages coopèrent pour désengager les systèmes immunitaires des bactéries. Ces résultats pourront aider à améliorer les stratégies visant à utiliser les phages dans le traitement d'infections bactériennes chez les humains, car la dose de phages utilisée durant la thérapie permettra de déterminer si ceux-ci seront capables d'éliminer efficacement l'infection ", s'enthousiasme Stineken Van Houte.

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Ces étranges virus sont prêts à se sacrifier dans le combat contre les bactéries

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Les bactériophages, ou phages, semblent tout droit sortis d'un livre pour enfants. Ces étranges créatures géométriques dévoreuses de bactéries se révèlent être particulièrement habiles dans l'art du combat. Ils ressemblent à d'étranges bestioles au corps géométriques montés sur de longues pattes.

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Il s'agit de virus bien particuliers : les bactériophages, littéralement "mangeurs de bactéries". Leur mode d'action est redoutable : après que le "phage" a introduit son ADN viral dans la bactérie, il s'y multiplie par millions. Envahie, la bactérie explose. Sachant que ces virus sont inoffensifs pour l'homme, les médecins ont donc eu l'idée d'en faire une thérapeutique.

Idée qui ne date pas d'hier. Découverts en 1915, les bactériophages ont connu leur heure de gloire dans les années 1920, certaines firmes pharmaceutiques commercialisant des préparations pour soigner la dysenterie ou le choléra. Mais l'avènement des antibiotiques a relégué cette stratégie. Sauf dans certains pays de l'ex-URSS, comme en Géorgie, où les phages sont utilisés pour traiter conjonctivite, otite ou blessure infectée par un staphylocoque. Avec quels résultats ?

Les phages : une piste prometteuse mais pas encore fiable

Certains sont parfois spectaculaires, oui, mais faute de protocoles scientifiquement validés, des doutes subsistent. Et justement, la résistance des bactéries aux antibiotiques a relancé l'étude des bactériophages. À partir des années 2010, de nombreux essais ont été menés dans divers pays, avec des résultats prometteurs, notamment dans le traitement de l'otite ou de la mucoviscidose.

Dans l'agroalimentaire, des sprays à base de phages à vaporiser sur les fromages pour neutraliser la listeria ont même été commercialisés. Sauf que, ces derniers temps, l'euphorie semble être retombée.

La raison ? La difficulté à produire des phages de façon fiable et standardisée. Du coup, les autorités sanitaires n'accordent plus d'autorisation, même temporaire (lorsque l'antibiothérapie échoue sur un patient dans un état critique), de recourir à la phagothérapie. Pour autant, la piste n'est pas abandonnée, loin de là.
D'après Science & Vie Questions-Réponses n°32 A lire aussi : * Cette vidéo montre comment les bactéries deviennent résistantes à un antibiotique * Quel est le virus le plus dangereux du monde ?

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Peut-on se servir des virus comme antibiotiques ?

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Il s'agit de virus bien particuliers : les bactériophages, littéralement "mangeurs de bactéries". Leur mode d'action est redoutable : après que le "phage" a introduit son ADN viral dans la bactérie, il s'y multiplie par millions. Envahie, la bactérie explose. Sachant que ces virus sont inoffensifs pour l'homme, les médecins ont donc eu l'idée d'en faire une thérapeutique.

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Dans la nature, les principaux ennemis des bactéries ne sont pas les antibiotiques, mais les bactériophages (ou phages). Dix fois plus nombreux que les bactéries, ils ne s'en prennent qu'à elles. Comme on peut le voir sur les photographies ci-dessus prises à l'aide d'un microscope, les phages ont la plupart du temps une forme de champignon : la tête contient le matériel génétique du virus, qui est injecté dans la bactérie par le pied. Ainsi que l'expliquait récemment un dossier du supplément Science & Techno du Monde ( accessible ici), lorsqu'ils rencontrent leurs proies, "les phages les infectent et se multiplient en utilisant le matériel de leur hôte. Puis ils détruisent la paroi de la bactérie pour se libérer, prêts à attaquer de nouvelles bactéries. Un cycle complet se déroule très rapidement, de quelques minutes à une heure."

Sous la pression constante des phages, les bactéries ont développé de nombreuses stratégies de défense. Certaines ont ainsi procédé à des modifications de leur surface pour barrer l'entrée aux virus. D'autres bactéries s'en prennent au matériel génétique des virus et l'empêchent d'exécuter le programme de réplication. Mais la stratégie probablement la plus fascinante est celle du hara-kiri. Chez certaines espèces, la bactérie infectée va se suicider en s'empoisonnant. Concrètement, elle a à sa disposition un système toxine-antitoxine : elle fabrique à la fois un poison ainsi qu'un antidote qui le neutralise. Quand elle est attaquée par un virus, la bactérie "relâche" la toxine et meurt. Ce geste est considéré comme "altruiste" par les biologistes car s'il mène au décès de l'individu, il protège la collectivité bactérienne dans la mesure où le virus ne pourra se dupliquer dans la cellule morte.

Mais les bactéries ne sont pas les seules à évoluer. Dans ce qui s'apparente à une course aux armements, les virus ne restent pas inactifs. Ainsi, une équipe de chercheurs britanniques et néo-zélandais vient-elle de publier en octobre, dans la revue PLoS Genetics, une étude montrant l'incroyable parade à la technique du hara-kiri qu'a trouvée un virus nommé ΦTE. La bactérie qu'il infecte s'appelle Pectobacterium atrosepticum. C'est un agent pathogène pour de nombreuses plantes et elle provoque notamment la jambe noire, une maladie de la pomme de terre. Ayant remarqué que certains spécimens de ΦTE parvenaient à sortir de Pectobacterium atrosepticum après l'avoir infecté, les auteurs de l'article sont allés y voir de plus près. Et ils se sont aperçus que ces phages mutants synthétisaient une imitation très réussie de l'antidote, ce qui empêchait la toxine d'agir. La bactérie était sauvée du suicide mais, bien évidemment, ce sauvetage n'arrangeait pas ses affaires puisqu'il n'était que provisoire : le but de la manœuvre était de maintenir la bactérie en vie le temps que ΦTE se multiplie et parte ensuite à l'assaut de la colonie.

Comme l'explique un des auteurs de l'étude, George Salmond (université de Cambridge), "ce travail met en lumière le monde incroyablement dynamique de la co-évolution entre les bactéries et leurs virus". Au cours de leurs recherches, les biologistes se sont également aperçus que, non contents de contrecarrer la stratégie "suicidaire" des bactéries, les phages étaient capables de mieux encore. Les chercheurs ont en effet constaté que certains virus pouvaient prélever, dans le matériel génétique de leurs proies, l'ADN encodant le système de défense toxine-antitoxine et le transplanter chez d'autres hôtes. Histoire de leur apprendre à se défendre contre... des virus concurrents de ΦTE, ce que les biologistes ont appelé une "infection altruiste". Ce ne sera pas la première fois dans l'histoire qu'un protagoniste arme son meilleur adversaire contre un autre ennemi...

Pierre Barthélémy (@PasseurSciences sur Twitter)

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Quand un virus sauve une bactérie du suicide

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Dans la nature, les principaux ennemis des bactéries ne sont pas les antibiotiques, mais les bactériophages (ou phages). Dix fois plus nombreux que les bactéries, ils ne s'en prennent qu'à elles.

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(cf. plus haut pour structure)

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ZOOM sur la Multiplication d'un virus à ARN à polarité positive

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ZOOM sur la Multiplication d'un virus à ARN à polarité positive

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avec synthèse tardive de l'ARN polymérase ARN dépendante

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6. Libérés, Délivrés... je n'infecterais plus jamais! Mais non, je suis prêt pour attaquer les voisines !!!

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6. Libérés, Délivrés... je n'infecterais plus jamais! Mais non, je suis prêt pour attaquer les voisines !!!

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virus nus = accumulation des virions néoformés jusqu'à éclatement de la cellule hôte
virus enveloppés = bourgeonnement de la membrane, donc peut se faire en continu si le processus est lent

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auto-assemblage ou assisté par protéines chaperonnes virales ou cellulaires: mais surtout, on oublie rien!

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4. Réplication et Expression du génome viral

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4. Réplication et Expression du génome viral

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phase d'Eclipse!
Ces étapes dépendent de la nature du génome viral

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Les virus sont incapables de se multiplier comme le font les bactéries. Une fois entrée dans une de leurs cellules-cible, ils se répliquent selon un schéma dont les grandes étapes sont communes à tous les virus. Nous allons donc détailler chacune de ces étapes.

Le schéma suivant décrit les grandes étapes de la réplication virale.

Principes de la réplication virale

Attachement entre le virus et son récepteur cellulaire

L'attachement se définit comme la fixation du virus à sa cellule-cible. Le virus " reconnaît " une ou plusieurs structures cellulaires grâce soit aux protéines de capsides virales pour les virus nus soit aux protéines ou glycoprotéines de l'enveloppe virale pour les virus enveloppés.

La/les structure/s cellulaire/s reconnue/s définit/issent le tropisme cellulaire du virus qui permet de répondre à la question : quelles sont les cellules qui vont être infectées par le virus ?

Entrée virale

Une fois attaché à son récepteur, le virus pénètre dans la cellule

Décapsidation

Cette étape permet la libération du génome viral dans la cellule. Pour les virus qui entrent dans la cellule par endocytose, le pH acide qui règne dans la vésicule d'endocytose entraîne la dégradation des protéines de la capside virale. La membrane virale fusionne avec celle de la vésicule d'endocytose.

Pour les entérovirus qui entrent dans la cellule par injection de leur génome dans la cellule, ce génome est libre dans le cytoplasme et disponible pour la suite de la réplication virale.

Réplication du génome viral

Cette étape se déroule en parallèle de l'étape de synthèse des protéines virales. Comme la finalité de la multiplication virale est la synthèse de nouveaux virions et que chaque nouveau virion doit contenir une copie du génome viral, le génome viral doit être répliqué.

C'est grâce à la collaboration entre les enzymes virales et les enzymes cellulaires de la cellule infectée que se fait la réplication du génome viral.

Les mécanisme de la réplication des génomes viraux sont assez compliqués et nous n'entrerons pas dans les détails de cette étape ici.

Synthèse des protéines virales

Chronologiquement, la synthèse des protéines virales à lieu en même temps que la réplication du génome viral. A ce stade, la cellule infectée est parasitée par le virus : les différentes structures cellulaires permettant la synthèse des protéines (ribosomes, ARNt, reticulum endoplasmique, golgi...) servent à synthétiser les protéines virales.

Nous verrons les détails de cette étapes lorsque nous traiterons les différents virus du programme.

Assemblage des particules virales

Le génome viral s'est répiqué, donnant naissance à plusieurs copies de génomes qui sont disponibles pour constituer de nouvelles particules virales. Les protéines virales ont été synthétisées. le tout va s'assembler avec l'encapsidation des génomes viraux et la formation des néo-virions.

Éventuellement des étapes de maturation vont se poursuivre avant la libération des génomes viraux.

Libération des génomes viraux

Différents mécanismes de libération des particules virales sont possibles : la lyse de la cellule infectée par éclatement, l'exocytose, le bourgeonnement des virus enveloppés à travers la membrane plasmique ou nucléaire...

A partir du moment où les virions sortent de la cellule infectée, la maturation des particules virales est terminée, les virions restent en l'état.

Conclusion

Les grandes étapes de la réplication virale

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Dr. Anne Goffard Université Lille 2 Droit et Santé Faculté des Sciences Pharmaceutiques et Biologiques de Lille 

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Principes généraux de la réplication virale

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Les virus sont incapables de se multiplier comme le font les bactéries. Une fois entrée dans une de leurs cellules-cible, ils se répliquent selon un schéma dont les grandes étapes sont communes à tous les virus. Nous allons donc détailler chacune de ces étapes. Le schéma suivant décrit les grandes étapes de la réplication virale.

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Les structures virales vont ensuite être dégradées, à l'exception du génome qui, débarrassé de la capside, se trouve libéré et peut ainsi livrer son information génétique à la machinerie cellulaire.
cette étape se fait à l’aide de décapsidases cellulaires ou de la propre décapsidase du virus (rare).

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l'interaction virus-hôte

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ZOOM sur la Multiplication des virus à ADN: 

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ZOOM sur la Multiplication des virus à ADN: 

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exemple de l’herpès virus

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Le coronavirus

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Mutation. Un mot qui fait peur et enflamme les imaginations. Popularisés par les X-Men, cette équipe de super-héros de l'écurie Marvel, les vrais mutants n'ont pourtant rien à voir avec leurs homologues de fiction. Mais qu'entend-on exactement par mutation ? Tous les organismes vivants portent leur patrimoine génétique sur une longue chaine moléculaire nommée ADN. Dans le cas de certains microbes, comme le coronavirus SARS-Cov2 qui défraie l'actualité, l'information peut d'ailleurs être contenue sur une autre chaîne analogue nommée ARN. Lorsqu'ils se reproduisent, que ce soit par reproduction sexuée (2 parents) ou parthénogénétique (un seul parent, comme chez certains insectes, reptiles, poissons, microbes ou végétaux), les individus transmettent ce patrimoine génétique.

Lorsque sont produits les gamètes, les cellules sexuelles qui vont transmettre à la génération suivante cet héritage génétique, ce dernier va être copié, et copié, et copié encore des milliers de fois. Or, on parle d'ouvrages génétiques comportant plusieurs centaines de millions de caractères (ou nucléotides, le génome humain en comporte par exemple 3,3 milliards. Le record est détenu par une amibe microscopique Amoeba dubia qui en dénombre deux fois plus...). Il se trouve que la nature n'est pas totalement parfaite : devant l'ampleur colossale de la tâche, quelques erreurs de copie vont être commises. Elles sont très rares. On parle d'une erreur par million, voire milliard, de lettres. Mais quoi qu'il en soit, ces copies sont considérées comme des versions mutées de l'original.

Le virus s'adapte à des hôtes légèrement différents les uns des autres

L'une des particularités de ce nouveau virus est qu'il semble avoir une bonne affinité pour les cellules humaines. C'est d'ailleurs pour cette raison qu'un individu peut en être porteur sans développer pour autant de symptômes alarmants et que le virus peut demeurer indétecté et passer inaperçu durant plusieurs jours. Lorsque le virus débarque dans une nouvelle région du monde peuplée par des humains aux caractéristiques physiologiques et immunitaires légèrement différentes de celles d'où il vient, des mutations légères s'opèrent afin de s'adapter à ces nouveaux hôtes. Bien évidemment, rien de conscient dans ce processus. Quand un pathogène envahit un organisme, il s'y multiplie en plusieurs exemplaires, légèrement différents en raison des petites erreurs qu'occasionnera la copie du matériel génétique. Selon la théorie darwinienne de l'évolution, ne survivront et ne se dissémineront que les avatars les plus aptes et les mieux adaptés. Rien d'étonnant donc à ce que, comme on l'a lu de la part de chercheurs italiens, comparée au coronavirus venu de Chine, " la version italienne est certainement le résultat d'une mutation, d'autant que ce virus se modifie de personne à personne". Ceci ne dit rien d'autre que : le virus s'est adapté à des hôtes légèrement différents les uns des autres, à des populations différentes dans divers pays.

Un élément important : l'ampleur de la mutation

Mais, dans le cadre de la mise au point d'un traitement et notamment d'un vaccin contre cette menace virale, l'important n'est pas que ce virus mute - ils le font tous - mais l'ampleur de cette mutation. Pour verser dans l'analogie humaine, un virus change constamment de tee-shirt. D'autant plus, lorsqu'il arrive dans un nouveau pays. Rien d'étonnant à cela, il s'adapte aux mœurs en vigueur. Ce sont des mutations mineures qui n'empêchent pas l'identification du virus par des tests médicaux ou un futur vaccin. En revanche, qu'il puisse changer de visage, d'identité, et donc qu'il devienne invisible aux traitements, réclame beaucoup plus de mutations. Cela ne peut se faire en une fois car cela demande des changements de grande ampleur, de plusieurs centaines ou milliers de lettres.

A l'heure actuelle, comme l'estime l'équipe de Jian Lu (Université de Pékin) dans l'édition du 3 mars 2020 de National Science Review, le coronavirus se partage en deux types, L et S. Ces deux populations se distinguent par leurs récepteurs de surface, soit les ancres grâce auxquelles les virus s'arriment aux cellules humaines. Si la souche S est la plus ancienne, elle a généré dans les premiers temps de l'infection dans le Wuhan, la souche L, plus agressive et qui s'est développée plus rapidement, précisément à cause de cette compétition darwinienne qui veut que ce soit le virus le plus adapté à l'hôte qui devienne prédominant. Résultat : à l'heure actuelle, la souche L est majoritaire et présente à 70% tandis que la souche S plafonne à 30%.

L'étude précise également que, confrontée aux services de santé mondiaux, la souche L a été soumise à une pression sélective plus importante et n'a pu totalement évincer sa concurrente S. Là encore, rien d'étonnant : comme la souche L génère plus rapidement des patients plus gravement malades, elle a été repérée et contenue plus largement. Revers de la médaille : pendant ce temps, la souche S a été en mesure de reprendre du poil de la bête et de se répandre incognito.

Maintenant, que peut-il advenir ? De nouvelles mutations majeures peuvent-elles survenir chez SARS-Cov2 pour produire d'autres souches, soit plus agressives encore, soit plus infectieuses ? Personne ne saurait le dire car le monde des virus reste imprévisible. Une chose est certaine : plus le virus se propage à l'intérieur de la population humaine et se multiplie, plus des mutations surviennent dans son patrimoine et plus les risques de surgissement d'une nouvelle souche augmentent. D'où les efforts mis par les services de santé pour limiter au maximum l'expansion de cette menace.

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"Le coronavirus mute". Qu'est-ce que cela signifie?

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Que le coronavirus SARS-Cov2, responsable de la maladie Covid-19, mute n'a rien d'étonnant.

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- protomère / capsomère
- symétrie hélicoïdale
- symétrie icosaédrique

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Qu'est-ce qu'un virus ?

Le virus est un micro-organisme infectieux possédant un seul type d'acide nucléique (ADN ou ARN). Il ne peut se répliquer qu'en pénétrant dans une cellule et en utilisant sa machinerie cellulaire. D'une très grande diversité, les virus sont de dimension très faible, en général inférieure à 250 nanomètres

Les virus peuvent se trouver partout où il y a des cellules : chez les bactéries, les végétaux, les animaux (dont les humains). Ceux qui se trouvent chez l'homme seraient de l'ordre d'une centaine et ne sont pas tous susceptibles de déclencher une maladie..
Exemple de maladies virales
Parmi les maladies humaines relativement courantes, on trouve le rhume, la grippe, la varicelle, la rougeole, la mononucléose infectieuse. Les virus sont aussi à l'origine de maladies plus sévères comme le SIDA, le SRAS, Ebola, la grippe aviaire, la variole, la polio, l'hépatite C.

Qu'est-ce qu'une bactérie ?

La bactérie est un micro-organisme unicellulaire sans noyau dont le génome est constitué d'ADN. A la différence du virus, la bactérie n'a pas nécessairement besoin d'une cellule pour survivre ou se multiplier. D'une grande diversité de tailles et de formes, certaines espèces peuvent mesurer jusqu'à 0,5 mm de long.

Les bactéries se trouvent dans tous les types de biotopes rencontrés sur Terre - eau, sol, air - et dans les organismes vivants - homme, animaux, plantes. La plupart des bactéries présentes dans l'organisme humain sont bénéfiques ou inoffensives.

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Virus et bactéries : quelles différences ?

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Classification virale - Méthodes de diagnostic en virologie

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Dr. Anne Goffard Université Lille 2 Droit et Santé Faculté des Sciences Pharmaceutiques et Biologiques de Lille 

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QCMs sur le chapitre structure et classification virale

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Les génomes viraux contiennent l'ensemble des informations génétiques nécessaires à la réplication virale :

Les génomes viraux peuvent être constitué soit d'ADN soit d'ARN. Les génomes viraux peuvent être monocaténaires (simple brin) ou bicaténaires (double brin).

Parmi les virus à ARN, on distingue les virus à génome linéaire et les virus à génome segmenté.

En pathologie humaine, il n'existe pas pour le moment de virus à ARN double brin linéaire.

Principales caractéristiques des génomes viraux de type ADN

C'est dans cette famille virale qu'on trouve les plus gros virus : les Poxviridae sont les plus gros virus humains connus pour le moment. Dans cette famille, on trouve un virus aujourd'hui disparu, le virus de la variole.

Les Herpesviridae (ou v. herpétiques) sont de gros virus à ADN double brin.

Sur le schéma suivant le virus herpes simplex est présenté. Le schéma du génome viral montre qu'il est formé de 2 régions codantes (une longue et une courte) bornées de régions non codantes (TR et IR).

Principales caractéristiques des virus à ARN.

Les virus à ARN ont un génome qui est très variable. Cette caractéristique s'appuie sur l'infidélité des ARN polymérases en général. En effet , ces enzymes n'ont pas d'activité "correctrice d'erreurs "(proofreading en anglais). A chaque cycle de réplication, des mutations sont introduite dans le génome viral. Certaines mutations sont délétères et le génome muté n'est pas fonctionnel (si un codon stop est introduit par exemple). D'autres mutations restent fonctionnelles et persistent donc dans le génome viral. Cette caractéristique a de nombreuses conséquences que nous verrons en détail avec chaque virus concerné (le virus de l'hépatite C ou celui de l'immunodéficience humaine par exemple).

Le virus de l'hépatite C appartient à la famille des Flaviviridae, c'est un virus à ARN simple brin linéaire. Sur le schéma suivant, on note que le génome viral est constitué d'une seule région codante, flanquée de 2 régions non-codantes à ses extrémités. L'infidélité de l'ARN polymérase virale est à l'origine des génotypes viraux. En effet, on distingue 6 génotypes de VHC numérotés de 1 à 6 et de nombreux sous-types (a, b, c). On a donc des VHC de type 1a, 1b, 2a, 2b... Ces génotypes sont définis par des critères d'homologies entre les séquences génomiques.

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Dr. Anne Goffard Université Lille 2 Droit et Santé Faculté des Sciences Pharmaceutiques et Biologiques de Lille 

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Les génomes viraux contiennent l'ensemble des informations génétiques nécessaires à la réplication virale : Les génomes viraux peuvent être constitué soit d'ADN soit d'ARN. Les génomes viraux peuvent être monocaténaires (simple brin) ou bicaténaires (double brin). Parmi les virus à ARN, on distingue les virus à génome linéaire et les virus à génome segmenté.

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Les cycles de multiplication des virus eucaryotes

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Les cycles de multiplication des virus eucaryotes

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l'enveloppe + protéines associées

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La capside  + acide nucléique  =
nucléocapside

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de l'ADN ou de l'ARN? simple ou double brin?
polarité + ou -?
segmenté ou non?

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La présence d'une enveloppe virale est un critère important pour la distinction entre virus, la taxonomie des virus. On y distingue les virus enveloppés des virus nus. Alors que les virus nus ne peuvent quitter leur cellule hôte qu'à la destruction de celle-ci (lyse), les virus enveloppés peuvent être libérés sans une telle destruction.

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Il s'agit d'un virus à ARN monocaténaire de polarité positive (groupe IV de la classification Baltimore) appartenant au genre des Betacoronavirus. Ce virus enveloppé présente un génome long d'environ 29,7 kilobases, ce qui est l'un des plus grands génomes parmi les virus à ARN. On y a identifié 13 gènes codant 14 protéines. La région 5'-UTR compte 265 nucléotides tandis que la région 3'-UTR en compte 342. Comme pour d'autres coronavirus, l'expression de ce génome commence par la transcription de deux grands cadres de lecture ouverts (ORF), notés 1a et 1b, qui sont tous les deux traduits en polyprotéines.
On connaît la fonction de plusieurs de ces protéines³. Les cadres de lecture ouverts 1a et 1b codent l'ARN polymérase ARN-dépendante et quatre protéines structurelles importantes : la protéine N de nucléocapside, la protéine S de spicule, la protéine M de membrane et la protéine E d'enveloppe.

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Coronavirus du syndrome respiratoire aigu sévère

Le " coronavirus lié à un coronavirus du syndrome respiratoire aigu sévère ou (acronyme anglais de severe acute respiratory syndrome coronavirus) (parfois pour bien le différencier du SARS-CoV-2 apparu en 2019) est le coronavirus responsable de l'épidémie de syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS) qui a sévi de 2002 à 2004. C'est une souche de l'espèce de coronavirus SARSr-CoV (pour SARS-related coronavirus, soit SRAS "). Cet agent infectieux serait apparu en novembre 2002 dans la province du Guangdong, en Chine. Entre le et le 31 août 2003, le virus aurait infecté 8 096 personnes dans une trentaine de pays, causant 774 décès, essentiellement en Chine, à Hong Kong, à Taïwan, et en Asie du Sud-Est.

Il s'agit d'un virus à ARN monocaténaire de polarité positive (groupe de la classification Baltimore) appartenant au genre des Betacoronavirus. Ce virus enveloppé présente un génome long d'environ 29,7 , ce qui est l'un des plus grands génomes parmi les virus à ARN. On y a identifié 13 codant 14 . La région 5'-UTR compte 265 nucléotides tandis que la région 3'-UTR en compte 342. Comme pour d'autres coronavirus, l' expression de ce génome commence par la transcription de deux grands cadres de lecture ouverts ( ORF), notés 1a et 1b, qui sont tous les deux traduits en polyprotéines.

On connaît la fonction de plusieurs de ces protéines. Les cadres de lecture ouverts 1a et 1b codent l' ARN polymérase ARN-dépendante et quatre protéines structurelles importantes : la protéine N de nucléocapside, la protéine S de spicule, la protéine M de membrane et la protéine E d' enveloppe. Il existe également huit protéines dites accessoires dont aucune n'a d' homologue connu. La fonction de ces protéines accessoires demeure obscure.

Les coronavirus expriment généralement les polyprotéines pp1a et pp1ab avec les cadres de lecture ouverts 1a et 1b. Ces polyprotéines sont ensuite traitées par des enzymes codées dans l'ORF 1a. Parmi les protéines issues du traitement des polyprotéines par ces enzymes, on compte plusieurs enzymes de réplication telles qu'une ARN polymérase ARN-dépendante, une hélicase et une peptidase. Le complexe de réplication des coronavirus est également responsable de la synthèse de divers ARN messagers en aval du cadre de lecture ouvert 1b, qui donnent des protéines structurelles et accessoires. Deux protéines distinctes, 3CLpro et PL2pro, clivent les grandes polyprotéines en 16 sous-unités plus petites. Ce génome ne contient pas de gène codant l' hémagglutinine estérase, présente chez les coronavirus de classe .

Le SARS-CoV est composé d'une nucléocapside de forme hélicoïdale formée de son génome ARN interagissant avec des protéines nommées N. Cette nucléocapside est entourée d'une capside et d'une enveloppe, formées par les protéines structurales E, M, S et de lipides provenant du bourgeonnement du virion.

Gène de la réplicase

Occupant près des deux tiers du génome, le gène de la réplicase contient deux cadres de lecture ouverts, ORF 1a et 1b, encodant deux polyprotéines nommées pp1a et pp1b. L'expression de pp1b est dépendante d'un décalage -1 du cadre de lecture effectué par le ribosome un peu en amont du codon stop de pp1a. Ces deux polyprotéines sont ensuite clivées par deux protéases virales (3CLpro et PL2pro) pour donner différents produits, dont l' hélicase et la polymérase virales, ainsi qu'une certaine quantité de protéines non-structurales qui auraient, pour plusieurs, un rôle dans la réplication du génome.

Protéines structurales

La protéine N, pour nucléocapside, est une protéine qui est retrouvée à la fois dans le noyau et le cytoplasme et que l'on a associée à de multiples fonctions chez le SARS-CoV. Tout d'abord, elle s'associe à l'ARN viral lors de l'assemblage du virion et permet, ce faisant, l'empaquetage du génome à l'intérieur de celui-ci. Ces fonctions sont rendues possibles grâce à un domaine de liaison de l'ARN dans la partie N-terminale et un domaine permettant l'association de N en dimères et autres formes d'auto-association. N se lie aussi à différentes protéines hôtes, notamment la cyclophiline A(Cyp A) et la ribonucléoprotéine A1, suggérant un rôle plus important que la simple structure virale. De plus, la protéine de nucléocapside serait impliquée au niveau de la modulation de différentes voies de signalisation cellulaires en régulant l'expression de certain acteurs de ces voies tels ERK, MAPK ou JNK. Ces modifications incluent l'induction de l' apoptose ainsi que la réorganisation du cytosquelette.

La protéine E (enveloppe) est, comme son nom l'indique, la composante principale de l'enveloppe virale. Pour ce faire, elle présente une structure hautement hydrophobe et cette caractéristique pourrait lui permettre de modifier la perméabilité de la cellule infectée en formant des pores sur la membrane plasmique. Longue de 76 acides aminés, E est principalement localisée dans le réticulum endoplasmique, l' appareil de Golgi et la membrane dans les cellules de mammifères infectés.

La protéine de matrice est semblable à celle retrouvée dans les autres coronavirus, comportant un domaine transmembranaire à trois passages ainsi qu'une longue partie carboxy-terminale qui peut interagir avec la protéine de nucléocapside. La protéine M joue un rôle dans l'assemblage du virus, qu'il soit enveloppé ou non lors du processus. Il s'agit de la protéine la plus abondamment retrouvée à la surface des virions. Conséquemment, des anticorps contre cette protéine sont retrouvés dans le sérum des patients.

La protéine S (spicule) est une protéine de fusion virale de classe I. Comme les autres membres de cette classe, celle-ci comporte deux sous-unités (nommées S1 et S2) et s'auto-associe en trimères à la surface du virus. La sous-unité S1 reconnaît, comme récepteur de fusion, l'enzyme de conversion de l'angiotensine-2(ACE-2) mais pourrait reconnaître d'autres récepteurs tels que la lectine de type C CD209L(L-SIGN), ce qui pourrait expliquer son tropisme pour des types cellulaires ACE-2 négatifs. Cette association avec le récepteur cellulaire permet l'insertion du peptide de fusion présent sur S2 et mène à l'entrée du virus dans la cellule via fusion entre la membrane et l'enveloppe virale. Des interactions avec différentes voies de signalisation dans la cellule hôte, notamment l'induction de celles de l'apoptose, de la production de cytokines inflammatoires et de l'expression de la cyclo-oxygénase-2, sont aussi associées à la protéine de S. Elle semble aussi être responsable de la régulation négative de la ACE-2 après l'infection virale. Il s'agit aussi de la principale protéine inductrice d'anticorps in-vivo.

Autres protéines

Les autres protéines non structurales, ou nsp (pour Non-Structural Protein) sont des protéines coronavirales non requises pour la réplication in vitro mais leur conservation au niveau de l'espèce laisse deviner un rôle lors de la réplication virale in vivo ainsi que la pathogenèse chez l'humain. Le SARS-CoV possède plusieurs nsp mais peu d'entre elles ont une fonction bien définie.

L'infection d'un nouvel hôte par le virus se fait premièrement via le système respiratoire, le plus souvent par contact avec des sécrétions ou des aérosols infectés. Des cas sporadiques de contamination aérienne et fécale ont été rapportés. Le tropisme de la protéine S pour ACE-2 permet l'entrée du virus dans les cellules épithéliales bronchiques. Cependant, cette seule infection ne peut expliquer les données pathologiques recueillies lors de l'épidémie de 2003. En effet, des atteintes des tissus lymphoïdes digestifs, des organes lymphoïdes secondaires et des cellules immunitaires du sang ( rate, ganglions lymphatiques) ont été repertoriées chez la majorité des patients. L'atteinte immunitaire semble jouer un rôle non négligeable dans la pathogenèse du virus et un des signes les plus précoces de l'infection au SRAS est une lymphopénie, qu'il aurait été possible d'utiliser comme marqueur de diagnostic et de pronostic lors de l'éclosion de 2003, les dégâts subis par le système immunitaire étant à même d'aggraver les symptômes respiratoires.

Des atteintes de l'épithélium digestif, du foie et des reins pourraient aussi expliquer la prévalence de symptômes autres que respiratoires (diarrhées, hématurie) chez les personnes atteintes du virus ainsi que la présence de virus dans l'urine et les matières fécales.

La réponse hôte contre le virus implique à la fois les branches innées et acquises de l'immunité. La branche acquise permet la production d'anticorps via les lymphocytes B et la destruction des cellules infectées via les lymphocytes T CD8+. Les anticorps neutralisant l'entrée du virus sont principalement dirigés contre la protéine S. La réponse innée, médiée notamment par les macrophages, le complément et les interférons, serait surtout impliquée dans la phase précoce de l'infection. Plusieurs coronavirus sont capables de moduler cette réponse et le SARS-CoV ne semble pas faire exception.

Les tests diagnostics s'effectuent par détection des différentes composantes virales. Il est possible de détecter l'ARN viral dans un spécimen en ayant recours à la RT-PCR. Les gènes le plus souvent amplifiés par cette méthode sont le gène du complexe réplicase ou celui de la nucléocapside. La détection d'antigènes viraux dans les sécrétions des patients peut se faire par ELISA. L'antigène viral le plus abondant étant la nucléocapside, une combinaison de trois anticorps dirigés contre cette protéine a été utilisée. Finalement, la détection d'anticorps reconnaissant le virus est possible bien que cette méthode présente quelques désavantages : les anticorps apparaissent relativement tard dans la maladie et ils peuvent persister un certain temps dans le sang des patients convalescent, ce qui en fait une méthode moins spécifique et moins rapide que les autres.

Traitement

Le SARS-CoV étant un virus, les antibiotiques et les bactériophagiques sont inadaptés : ils ne traitent en effet que les pathologies bactériennes.

Les professionnels de la santé n'ayant jamais rencontré le SARS-CoV au moment de son apparition, divers traitements ont été utilisés pour tenter d'enrayer l'épidémie de SRAS. Parmi eux, les plus fréquents ont été : la ribavirine, un analogue de nucléotides, des anti-inflammatoires stéroïdiens et, après identification formelle du pathogène et des criblages de sensibilité, l'interféron-alpha et des inhibiteurs de protéases. L'efficacité de ces traitements est cependant discutable, puisqu'aucune étude clinique adéquate n'a été effectuée sur eux. L'analyse des études disponibles a montré qu'une grande proportion d'entre elles reste inconclusive, ayant été réalisées sur de petits nombres de sujets ou bien sans protocole et doses fixes, certaines indiquant même que des traitements pourraient avoir nui à l'éradication du virus. Pour ce qui est des vaccins, l'éradication rapide de l'épidémie n'a pas laissé place à beaucoup d'essais cliniques. Un vaccin inactivé, de même que d'autres basés sur les protéines S et N sont à l'étude depuis plusieurs années.

1. " (en) Susanna K. P. Lau, Patrick C. Y. Woo, Kenneth S. M. Li, Yi Huang, Hoi-Wah Tsoi, Beatrice H. L. Wong, Samson S. Y. Wong, Suet-Yi Leung, Kwok-Hung Chan et Kwok-Yung Yuen, Severe acute respiratory syndrome coronavirus-like virus in Chinese horseshoe bats ", Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America , vol. 102, 39,‎ , p. 14040-14045

2. " (en) Conrad L. Schoch, Stacy Ciufo, Mikhail Domrachev, Carol L. Hotton, Sivakumar Kannan, Rogneda Khovanskaya, Detlef Leipe, Richard Mcveigh, Kathleen O'Neill, Barbara Robbertse, Shobha Sharma, Vladimir Soussov, John P Sullivan, Lu Sun, Seán Turner et Ilene Karsch-Mizrachi, NCBI Taxonomy: a comprehensive update on curation, resources and tools ", , vol. 2020,‎ , article baaa062

3. " (en) Maciej F. Boni, Philippe Lemey, Xiaowei Jiang, Tommy Tsan-Yuk Lam, Blair W. Perry, Todd A. Castoe, Andrew Rambaut et David L. Robertson, Evolutionary origins of the SARS-CoV-2 sarbecovirus lineage responsible for the COVID-19 pandemic ", Nature Microbiology , vol. 5, 11,‎ , p. 1408-1417

4. Thiel, Volker, et al Mechanisms and enzymes involved in SARS coronavirus genome expression J Gen Virol 2003 84: 2305-2315

5. Kumar Singh Saikatendu, Jeremiah S. Joseph et al, Ribonucleocapsid Formation of Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus through Molecular Action of the N-Terminal Domain of N Protein , Journal of Virology, April 2007, p. 3913-3921, Vol. 81, No. 8

6. Matthew F and Ralph B, Mechanisms of Severe Acute Respiratory Syndrome Pathogenesis and Innate Immunomodulation, MICROBIOLOGY AND MOLECULAR BIOLOGY REVIEWS, Dec. 2008, Vol. 72, No. 41092-2172/08/$08.000 doi:10.1128/MMBR.00015-08

7. Herrewegh, A.A., Vennema, H., Horzinek, M.C., Rottier, P.J., de Groot, R.J., 1995. The molecular genetics of feline coronaviruses: comparative sequence analysis of the ORF 7a/7b transcription unit of different biotypes. Virology 212, 622-631.

8. Jiang Gu and Christine Korteweg, Pathology and Pathogenesis of Severe Acute Respiratory Syndrome, The American Journal of Pathology, Vol. 170, No. 4, April 2007

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Coronavirus du syndrome respiratoire aigu sévère Le " coronavirus lié à un coronavirus du syndrome respiratoire aigu sévère ou (acronyme anglais de severe acute respiratory syndrome coronavirus) (parfois pour bien le différencier du SARS-CoV-2 apparu en 2019) est le coronavirus responsable de l'épidémie de syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS) qui a sévi de 2002 à 2004.

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ZOOM sur la Multiplication d'un virus à ARN à polarité négative

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ZOOM sur la Multiplication d'un virus à ARN à polarité négative

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2 possibilités:

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Le coronavirus du syndrome respiratoire aigu sévère 2 (SARS-CoV-2 note 1), découvert en 2019 dans la ville de Wuhan (province de Hubei, en Chine), est une souche de l'espèce SARSr-CoV de coronavirus [...].
Le virus SARS-CoV-2 appartient au genre Betacoronavirus et la famille Coronaviridae. La morphologie des virions est typique de celle des coronavirus, avec notamment le halo de protubérances protéiques (« Spike ») qui leur a donné leur nom (« virus à couronne »).
Son génome [...] est constitué d'un ARN simple-brin de 29 903 nucléotides.  Le nombre de génomes isolés et séquencés croît rapidement ainsi que leurs origines géographiques : ils sont 1 535 au 27 mars 2020.

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Coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère

Le SARS-CoV-2 ( acronyme anglais de severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 ), soit coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère, est le virus responsable de la Covid-19. Son acronyme est parfois partiellement francisé en SRAS-CoV-2,. Ce coronavirus hautement pathogène a été découvert en dans la ville de Wuhan ( province de Hubei, en Chine).

Le SARS-CoV-2 est un virus à ARN monocaténaire de polarité positive du groupe de la classification Baltimore. C'est une souche nouvelle de l'espèce SARSr-CoV, dans le genre betacoronavirus qui regroupe entre autres les SARS-CoV-1 et MERS-CoV.

Vue au microscope électronique à balayage de particules virales de SARS-CoV-2 (en jaune), le virus qui cause la maladie Covid-19 - ici isolé d'un patient aux États-Unis, émergeant de la surface de cellules (bleues / roses) cultivées en laboratoire.

SARS-CoV-2 isolé d'un patient aux États-Unis (en jaune, vue au microscope électronique à balayage, émergeant de la surface des cellules infectées cultivées en laboratoire).

Dans un contexte de faible immunité collective, le SARS-CoV-2 circule presque toute l'année. Avec le temps, il est possible que le SARS-CoV-2 circule sur un mode épidémique plus saisonnier, entre janvier et mai dans les zones à climat tempéré, tout comme le HCoV-NL63, le HCoV-229E et le HCoV-OC43, des coronavirus responsables de simples rhumes.

Le SARS-CoV-2 est principalement transmis par les microgouttelettes et aérosols et a un tropisme particulier pour le système respiratoire supérieur ( nez, trachée) et inférieur ( bronches, poumons). Un site complémentaire de réplication primaire est le système digestif, en particulier l' estomac et les intestins. Le SARS-CoV-2 peut se disséminer dans l'organisme via les neurones. Lorsque le SARS-CoV-2 atteint le système nerveux central, il peut se produire une perte totale ou partielle d'odorat ( anosmie). Le SARS-CoV-2 a de nombreux sites secondaires de réplication : le système cardiovasculaire, le système immunitaire, le système endocrinien, le système urinaire, le système reproducteur et les glandes sudoripares de la peau.

Le principal récepteur cellulaire utilisé par le SARS-CoV-2 pour infecter des cellules est l'enzyme ACE2. Ce récepteur est reconnu par la protéine S du SARS-CoV-2 qui opère l'essentiel du processus d'entrée du virus dans une cellule. Le SARS-CoV-2 possède au total environ 29 protéines virales. Certaines d'entre elles sont spécialisées dans le détournement de la machinerie de la cellule infectée. D'autres participent activement à la réplication du génome viral. Le SARS-CoV-2 peut infecter des cellules par fusion directe ou en étant absorbé par une cellule via un processus d' endocytose. Le SARS-CoV-2 a aussi la faculté de fusionner des cellules infectées avec les cellules non infectées avoisinantes, formant des " syncytia ", c'est-à-dire des cellules géantes englobant des dizaines de cellules productrices de virus.

Présentant en une vitesse de mutation de l'ordre de 5,2 à 8,1 × 10 −3 substitutions par site et par an, le SARS-CoV-2 est l'un des virus qui mutent le plus vite au monde.

La réponse immunitaire face au SARS-CoV-2 diffère d'un patient à l'autre : 40 % sont asymptomatiques, 40 % développent une Covid légère, 15 % une forme modérée pouvant conduire à un Covid long, et 5 % une Covid sévère pouvant nécessiter des soins de réanimation. La réponse immunitaire innée et adaptative des formes sévères de Covid-19 est globalement contre-productive et génère autant de dégâts dans l'organisme que le virus.

L' origine du SARS-CoV-2 n'est pas résolue. Le réservoir animal des sarbecovirus se trouve chez les chauve-souris asiatiques du genre Rhinolophus (les rhinolophes). Son adaptation à l'humain pourrait résulter d'un passage direct des chauves-souris aux humains, mais il est également possible qu'elle se soit faite par une transmission impliquant un hôte intermédiaire encore indéterminé, ou soit le fruit d'un gain de fonction en laboratoire.

Modèle scientifique du SARS-Cov-2. Chaque pic (protéine Spike) est ici mobile, car à triple articulation (ce qui n'est pas le cas pour les protéines Spikes du virus grippal).

Le virus SARS-CoV-2 forme une souche virale génétiquement distincte des autres coronavirus humains comme le MERS-CoV ou d'autres plus bénins, mais il appartenant à la même espèce biologique que le SARS-CoV-1, le virus du SRAS: comme celui-ci il appartient à l'espèce SARSr-CoV ( severe acute respiratory syndrom-related coronavirus ), dans le sous-genre Sarbecovirus,,, le genre Betacoronavirus et la famille Coronaviridae.

La morphologie des virions est typique de celle des coronavirus, notamment par son halo de protubérances constituées de polymères de protéines virales spiculées (" spikes " en anglais), qui leur a donné leur nom de " virus à couronne ". Le diamètre du virion de SARS-CoV-2 est compris entre 60 et 140 nm, contre 50 à 80 nm pour celui du SARS-CoV-1,,.

Le génome du SARS-CoV-2 est constitué d'un ARN simple-brin de 29 903 nucléotides,,. En ce qui concerne l'homologie des nucléotides, le SARS-CoV-2 est à 79,5 % identique à celui du SARS-CoV et à 50 % identique à celui du MERS-CoV.

Les sarbecovirus ont pour réservoir animal les chauves-souris du genre Rhinolophus, les rhinolophes.

Le SARS-CoV-2 présente des similitudes avec les Betacoronavirus trouvés chez des chauves-souris et des pangolins,.

L' arbre phylogénétique de la branche des coronavirus apparentés au SARS-CoV-2, tel qu'obtenu sur la base du gène RdRp, est le suivant,, :

En matière d'homologie, le SARS-CoV-2 est :

Le SARS-CoV-2 est très proche de la souche RaTG13 (un sarbecovirus qui pourrait s'être adapté aux rongeurs,). Mais sa protéine S en est très différente. Le domaine de liaison au récepteur (RBD) du SARS-CoV-2 est en revanche très proche de celui de BANAL-52.

Mais le SARS-CoV-2 présente aussi deux innovations déterminantes pour son adaptation à l'humain :

1. La mutation T372A dans le RBD facilite la liaison au récepteur ACE2 humain , on la trouve dans tous les SARS-CoV-2 et seulement chez eux. Ce qui pourrait en partie expliquer pourquoi la protéine S du SARS-CoV-2 a une affinité pour le récepteur ACE2 humain 10 à 20 fois plus élevée que celle du virus du SARS-CoV-1,.

2. L'insertion d'une séquence de 4 acides aminés -S[PRRA]RSV- au site de clivage (-RS-) affichant une séquence -RRAR- qui permet chez l'humain l'activation du clivage par la furine. De telles séquences se retrouvent dans d'autres coronavirus humains mais pas chez les sarbecovirus, SARS-CoV-1 inclus (Le MERS-CoV, un merbecovirus humain, a pour sa part une séquence différente -PRSVRSV-).

Comme d'autres coronavirus, le SARS-CoV-2 possède quatre protéines structurales :

1. Protéine S (dite protéine spike, spicule ou protéine spiculaire) : elle forme les péplomères, protubérances de la " couronne " caractéristique des coronavirus. Ces péplomères jouent un rôle clé dans la liaison du virus à un ou plusieurs récepteurs en surface d'une cellule. La protéine S semble être l'un des principaux déterminants du tropisme du SARS-CoV-2.
La publication du génome viral a permis de modéliser sa structure tridimensionnelle (voir ci-contre). Elle a aussi été décrite au niveau atomique par la microscopie électronique cryogénique, ;

2. Protéine E (enveloppe) ;

3. Protéine M (membrane) ;

4. Protéine N (nucléocapside) ; c'est elle qui enveloppe et protège l'ARN viral (le code génétique du virus).

Les protéines S, E et M constituent, ensemble, l'enveloppe virale.

Organisation du génome du SARS-CoV-2 qui se décompose en 11 gènes, 15 ORF et 33 protéines virales ?

Le génome du SARS-CoV-2 contient 11 gènes reconnaissant 15 Open Reading Frame (ORF) permettant de produire entre 29 et 33 protéines virales après protéolyse. Initialement 29 protéines virales avaient été identifiées. Fin 2020 au moins 4 autres protéines virales supplémentaires ont été proposées (ORF2b, ORF3c, ORF3d et ORF3d-2).

Le génome du SARS-CoV-2 a une coiffe à son extrémité 5' et une queue polyadénylée à son extrémité 3' :

à son extrémité 5', sont placés les gènes ORF1a et ORF1b codant des protéines non structurales (NSP). ORF1a et ORF1b représentent deux tiers du génome et se chevauchent légèrement et sont donc parfois confondus et appelés ORF1ab. ORF1ab est considéré comme un gène unique codant 16 protéines dont plusieurs sont des enzymes qui ont un rôle essentiel dans la réplication et l'expression du génome ;

à son extrémité 3', sont placés les dix gènes qui codent les protéines structurales et accessoires. Le SARS-CoV-2 a quatre gènes spécifiques à des protéines structurales : S, M, E et N. Le gène de la protéine N intègre également les ORF permettant de produire deux protéines accessoires : 9b et 9c. En plus, le SARS-CoV-2 a six gènes associés à des protéines accessoires : 3a, 6, 7a, 7b, 8, et 10. Le gène de l'ORF3a code également l'essentiel de la protéine ORF3b, et de 3 autres protéines virales (ORF3c, ORF3d et ORF3d-2). Il est également suggéré que l'ORF codant la protéine S produit une seconde protéine baptisée ORF2b.

Les protéines accessoires du SARS-CoV-2 divergent en partie de celles du SARS-CoV-1 :

les SARS-CoV-2 et SARS-CoV-1 ont en commun les protéines 3a, 6, 7a, 7b, 9b et 9c ;

les protéines 3b et 8 du SARS-CoV-2 sont différentes des protéines 3b, 8a et 8b du SARS-CoV-1. Les protéines ORF3b et ORF8 seraient avec la protéine N, les premières cibles des anticorps produits par les lymphocytes B après une infection au SARS-CoV-2. Et ce bien avant que des anticorps ne soient produits contre des fragments de la protéine S. Ce qui laisse à penser que les protéines ORF3b et ORF8 sont d'une grande importance dans la pathogénèse ;

le SARS-CoV-2 aurait 5 protéines accessoires inédites : 10, 2b, 3c, 3d et 3d-2.

ORF3b

25 814

26 281

156

ORF3b est à cheval sur ORF3a et ORF4. ORF3b est initialement tronquée et a 4 paliers d'évolution (4 codons STOP). Stade 1 initial : ORF3b1 de 22 codons (localisée aux codons 141-163 d'ORF3a). Stade 2 : ORF3b1+2 de 56 codons (localisée aux codons 141-197 d'ORF3a). Stade 3 : ORF3b1+2+3 de 78 codons (localisée aux codons 141-219 d'ORF3a). Stade 4 : ORF3b1+2+3+4 de 156 codons (localisée au codon 141 d'ORF3a jusqu'au codon 13 d'ORF4)

ORF9

28 274

29 533

419

Phosphoprotéine de capside (protéine N) + Protéine ORF9b + Protéine ORF9c

Cycle viral de réplication : (1) entrée du virus à l'intérieur de la cellule, (2) détournement de la cellule par le virus, (3) réplication en série du virus par la cellule

Comme c'est généralement le cas des virus, le cycle de réplication du SARS-CoV-2 se traduit par (1) l'entrée du virus à l'intérieur de la cellule, (2) le détournement de la machinerie cellulaire par le virus, (3) la réplication du virus par la cellule et/ou la réalisation de taches bien précises par la cellule répondant aux besoins du virus.

La protéine S du SARS-CoV-2 est le principal acteur dans l'infection des cellules. La protéine S est constituée de deux sous-unités fonctionnelles : la sous-unité S1 permet la liaison du virus au récepteur de la cellule hôte et la sous-unité S2 assure la fusion de l'enveloppe virale avec la membrane cellulaire. La sous-unité S1 contient deux domaines (le RBD et le NTD) qui chacun reconnaît des récepteurs cellulaires différents. Le principal domaine utilisé jusqu'à présent par le SARS-CoV-2 est le RBD. Le RBD permet la liaison au récepteur ACE2,,. Le NTD est un domaine secondaire. Le NTD permet au SARS-CoV-2 de s'attacher aux récepteurs L-SIGN s'exprimant fortement dans les poumons, le foie, les reins et les ganglions lymphatiques, ou aux récepteurs DC-SIGN , répandus dans les cellules dendritiques, matures ou non,.

Une fois que la sous-unité S1 est liée à un récepteur (le plus souvent ACE2), deux clivages protéolytiques successifs sont nécessaires. Le premier clivage coupe la protéine S en S1 et S2. Le second appelé S2' libère l'extrémité du peptide de fusion (FP) qui comme son nom l'indique amorce la fusion du virion avec la cellule. Une des originalités de la protéine S du SARS-CoV-2 est qu'elle intègre une séquence d'activation atypique pour un coronavirus au site de clivage S1 / S2, similaire aux séquences observées dans les virus de grippe. Ainsi, à l'instar du virus de la grippe, la protéine S du SARS-CoV-2 peut être clivée à l'aide d'une protéase qui se trouve en abondance dans le plasma humain : la furine. Les scientifiques suggèrent que cette capacité à pouvoir effectuer le clivage S1 / S2 par la furine est la raison pour laquelle le SARS-CoV-2 a causé une épidémie humaine.

Concrètement la fusion avec une cellule consiste en l'introduction du génome viral avec la protéine N du SARS-CoV-2 dans la cellule. Une fois dans la cellule, la protéine N bloque la production d'interféron,. Les interférons sont des molécules de signalisation qui permettent d'alerter les cellules voisines qu'une infection est en cours. Dans le même temps, l'ARN viral est traduit par les ribosomes de la cellule hôte qui se mettent à produire des protéines virales,.

Une fois synthétisées par les ribosomes, une grande partie des 16 protéines non structurales du SARS-CoV-2 s'assemblent pour former le Complexe Réplicase-Transcriptase (CRT) indispensable à la réplication en série du génome viral. D'autres protéines non structurales sont en charge de prendre le contrôle de la machinerie traductionnelle de la cellule et d'éteindre la traduction " normale " qui jusque là fonctionne, empêchant ainsi la synthèse de protéines interférons par les ribosomes. Nsp1 se fixe ainsi au ribosome de la cellule hôte et bloque tous les ARN messagers de la cellule, sauf ceux liés au génome du virus. D'autres protéines virales sont plus ou moins spécialisées dans l'inhibition des interférons : nsp3, ORF3b, ORF6,,, ORF9b, et ORF9c,,. La protéine du SARS-CoV-2 ayant la plus forte activité anti-interféron semble être ORF3b. Et il est suggéré qu'au gré des mutations à venir, la protéine ORF3b pourrait progressivement exercer une activité anti-interféron de plus en plus forte.

Des protéines virales vont aussi exercer une activité empêchant la synthèse d'un antigène. Un antigène est une molécule permettant aux globules blancs de reconnaître un pathogène et de lutter contre en mobilisant la mémoire immunitaire. Les protéines virales ORF8, et ORF3a empêchent la synthèse d'un antigène par la cellule infectée. Tandis que la protéine S active des récepteurs sur la cellule infectée (récepteurs HLA-E) qui protègent la cellule infectée contre une destruction par les lymphocytes NK,.

Après avoir pris le contrôle de la cellule infectée, et alors que le Complexe Réplicase-Transcriptase (CRT) réplique en série le génome viral, les ribosomes sont mobilisés pour produire en série des protéines virales structurales. Ces protéines s'assemblent entre elles dans le lumen (l'intérieur) d'un compartiment dérivé du réticulum endoplasmique. Cette étape est appelée le bourgeonnement. D'abord, une protéine N (nucléocapside) se fixe à une copie d'ARN et l'empaquette dans une protéine M (membrane) qui donne sa forme au virion. Ensuite des protéines S sont incorporées. La protéine M dirige la plupart des interactions protéine-protéine nécessaires à l'assemblage des virus après sa liaison à la nucléocapside. La protéine E contribue à l'assemblage et à la libération du virion hors de la cellule infectée, en suivant la voie de sécrétion ( appareil de Golgi, puis vésicules sécrétoires). Le virion quitte le milieu intracellulaire par exocytose, et est prêt à infecter une autre cellule.

Dans des organes tels que les poumons, les reins ou le foie, les cellules épithéliales sont étroitement compactées, l'espace extracellulaire est très limité. Le SARS-CoV-2 y tire un avantage. Les cellules infectées peuvent fusionner avec les cellules non infectées avoisinantes, formant des " syncytia ", c'est-à-dire des cellules géantes englobant des dizaines de cellules productrices de virus. Ce processus est médié par la protéine S nouvellement synthétisée qui s'accumule à la surface de la cellule infectée. Mais la formation de syncytia peut se faire aussi par " fusion from without (FFWO) ", c'est-à-dire par des cellules infectées qui n'ont pas encore répliqué la protéine S.

Ce mode d'infection permet au SARS-CoV-2 d'infecter vite un grand nombre de cellules avec une faible quantité de protéines S. Lorsque le SARS-CoV-2 infecte de nouvelles cellules au sein d'un syncytium, les anticorps se révèlent d'une faible efficacité. En revanche, IFITM , (interferon-inducible transmembrane protein), une protéine transmembranaire produite en présence d'interférons, peut bloquer cette fusion. Mais son effet peut être contrecarré par TMPRSS2 qui facilite la formation de syncytia.

Les voies respiratoires supérieures ( nez, pharynx) et inférieures ( bronches, poumons) sont le principal site de réplication primaire. Un site complémentaire de réplication primaire est le système digestif, en particulier l' estomac et les intestins. Des particules du SARS-CoV-2 sont facilement détectées dans les selles, ce qui a permis de suivre le développement de l'épidémie via des analyses d'eaux d'égouts. Le SARS-CoV-2 se réplique néanmoins moins bien dans le système digestif que dans le système respiratoire. L'infection du système digestif se fait probablement par auto-infection, c'est-à-dire par absorption de mucus nasal infecté.

Les sites de réplication secondaires du SARS-CoV-1 dans les formes sévères sont le cœur, les glandes sudoripares de la peau, les reins et le système endocrinien qui régule les hormones ( glandes surrénales, la parathyroïde et l' hypophyse),. Pour le SARS-CoV-2, les formes sévères (et modérées ?), sont susceptibles d'infecter ces mêmes organes, mais également :

le système immunitaire : le SARS-CoV-2 peut se répliquer dans le système lymphatique au niveau de la bouche (tonsille palatine), du cou (cervical lymph nodes ), des poumons (hilar lymph nodes ) et des artères (paraaort. lymph nodes). Le SARS-CoV-2 peut infecter la rate qui est un organe de stockage de globules rouges et de lymphocytes,,. Le SARS-CoV-2 est également capable de se répliquer dans l'appendice qui fabrique des lymphocytes pour les intestins, ;

le système nerveux central : le SARS-CoV-2 peut se répliquer dans la moëlle osseuse (colonne vertébrale) qui est le lieu de production des globules blancs. Le SARS-CoV-2 peut également se reproduire dans le cerveau. Il a été détecté dans le lobe frontal, l'hippocampe, le cervelet et le pont de Varole,. Du fait de leur neurotropisme, les coronavirus humains peuvent sur des sujets ayant une prédisposition génétique, contribuer au développement ou à l'aggravation de maladies neurologiques comme la sclérose en plaques, la maladie d'Alzheimer, ou encore des encéphalites récurrentes ;

le système génital : le SARS-CoV-2 peut migrer et se reproduire dans les testicules et l'utérus, alors que le SARS-CoV-1 en était incapable,.

Certaines séquences de la protéine S des coronavirus ont été identifiées comme activant les anticorps facilitants. Dans le cas du SARS-CoV-1, il s'agissait de la séquence d'acides aminés LYQDVNC située aux codons 597-603.

Le SARS-CoV-2 est capable de se répliquer dans certains globules blancs. In vitro, face à des globules blancs, le SARS-CoV-2 infecte en priorité les monocytes (44,3 %), les lymphocytes T CD4+ (14,2 %), les lymphocytes T CD8 (13,5 %) et les lymphocytes B (7,58 %). In vivo, l'infection des globules blancs par le SARS-CoV-2 est différente. Dans le cas de Covid sévère, des monocytes et lymphocytes B peuvent être infectés et, dans une moindre mesure, des lymphocytes T,.

Des virus tels que les coronavirus peuvent infecter les globules blancs, par un mécanisme connu sous le nom de facilitation dépendante des anticorps (ADE), comme cela a été mis en évidence avec le SARS-CoV-1 et le MERS-CoV. Même si aucun cas d'une telle ADE n'a pu être constaté pour l'instant avec le SARS-CoV-2, ce risque incite à la prudence tant dans la recherche vaccinale que pour les traitements expérimentaux à base de sérums de patients infectés ou d'anticorps monoclonaux.

Dans le cas du SARS-CoV-1, la séquence activant les anticorps facilitants est l' épitope peptidique " LYQDVNC " localisé sur le fragment " SD2 " de la protéine S. Cette séquence est présente dans la souche originelle du SARS-CoV-2 (celle de Wuhan) et correspond aux codons de la protéine S : L611, Y612, Q613, D614, V615, N616, C617. La mutation D614G sur la protéine S, qui est devenue dominante parmi les variants du SARS-CoV-2, a transformé la séquence " LYQDVNC " en " LYQGVNC ", et semblerait empêcher le phénomène d'anticorps facilitants.

D'autres mécanismes pouvant générer des anticorps facilitants ont été proposés pour le SARS-CoV-2. Certains anticorps ciblant le RBD de la protéine S du SARS-CoV-2 seraient susceptibles d'activer le récepteur FcγRIIB, reconnu par les lymphocytes B. Tandis que certains anticorps ciblant le NTD,,, pourraient activer :

Chez le coronavirus du chat, un des rares coronavirus capable de se reproduire activement dans un globule blanc (les macrophages), le phénomène des anticorps facilitants induit une péritonite infectieuse (PIF). À noter que pour soigner la PIF, le GS-441524, autre nom du remdesivir, s'est montré efficace.

Après s'être répliqué localement au niveau des voies respiratoires et éventuellement dans le système digestif, le SARS-CoV-2 peut se disséminer dans l'organisme via 3 voies :

via le transport axonal c'est-à-dire les neurones. Le SARS-CoV-2 peut infecter le nerf phrénique qui est le nerf du diaphragme, le muscle principal de la ventilation pulmonaire, permettant l'inspiration. Et dans un modèle animal hamster, des antigènes du SARS-CoV-2 ont été détectés à la jonction entre le bulbe olfactif et le nerf olfactif. Autrement dit, l'infection des neurones sensoriels olfactifs se ferait via le transport axonal et serait à l'origine de la perte totale ou partielle d'odorat (anosmie) chez les patients Covid-19. Il est suggéré que la neuropiline 1 pourrait faciliter le transport axonal du SARS-CoV-2 ;

via un cheval de Troie : par sa capacité à reconnaître les récepteurs DC-SIGN et L-SIGN , le SARS-CoV-2 peut infecter ou s'agripper à des globules blancs comme les monocytes, les macrophages ou les cellules dendritiques. Il est très probable que le SARS-CoV-2 les utilise comme un cheval de Troie pour migrer vers d'autres organes en empruntant soit la circulation sanguine, soit le système lymphatique,. Le SARS-CoV-2 peut circuler dans le système lymphatique et l'infecter, même dans des formes modérées de Covid-19 ;

via une virémie : dans les formes les plus sévères du Covid-19, si le SARS-CoV-2 se réplique très activement dans les cellules endothéliales des vaisseaux sanguins (artères, veines), en particulier dans les vaisseaux des poumons et du cœur, il peut se produire une virémie. Autrement dit, le virus circule dans le sang et se répand dans d'autres organes sans utiliser spécifiquement de cheval de Troie.

La période d'incubation est le délai entre la contamination et l'apparition des premiers symptômes de la maladie. Dans le cas d'une infection au SARS-CoV-2, la période d'incubation varie entre deux et quatorze jours. La période d'incubation médiane est de 5 jours, et 97,5 % de ceux qui développent des symptômes le font en moins de 11,5 jours.

Symptômes de la maladie à coronavirus 2019, causée par le SARS-CoV-2.

Bien que des études aient suggéré que le pic de charge virale dans les voies respiratoires supérieures (nez, pharynx) soit atteint avant l'apparition des premiers symptômes de la maladie, il semble que le pic se produise en fait peu de temps après, voire 3 à 5 jours après. Ce pic est suivi d'une clairance continue du SARS-CoV-2 dans l'organisme. Dans les voies respiratoires supérieures, l'ordre de grandeur du pic viral est similaire entre les individus asymptomatiques et symptomatiques infectés, autour de 70 millions de copies d'ARN/mL par test PCR. Néanmoins, de manière assez similaire à la grippe, la clairance virale est plus rapide chez les individus asymptomatiques que chez ceux qui sont symptomatiques. Plus de la moitié des contaminations serait le fait de porteurs asymptomatiques.

Les asymptomatiques peuvent tolérer un certain degré d'infection des voies respiratoires inférieures sans développer de symptômes. Indépendamment de l'âge, environ 40 à 50 % des Covid-19 asymptomatiques pourraient présenter des anomalies radiographiques des poumons, le plus souvent des nodules en verre dépoli,. Le verre dépoli aigu exprime un œdème, une hémorragie ou simplement une inflammation pulmonaire. Généralement il faut moins de 3 mois pour que ces nodules disparaissent.

Il est suggéré que le taux de létalité apparente (décès/cas confirmés) du SARS-CoV-2 serait autour de 2 %, tandis que le taux de létalité réelle (décès/cas réels) est autour de 0,8 %, ce qui est élevé au regard de la contagiosité du SARS-CoV-2. Les personnes développant des formes sévères sont généralement âgées ou en surpoids, ou présentent des comorbidités ( hypertension, diabète, cancers, etc.). En France, en 2020, l'âge médian des décès est de 84 ans, et 75 % des patients décédés ont plus de 75 ans. Le taux de mortalité des malades admis en réanimation est compris suivant les hôpitaux entre 10 % et 40 %.

Une typologie à affiner pour distinguer les différentes réponses immunitaires face au SARS-CoV-2 est :

40 % d'asymptomatiques ;

40 % de symptomatiques légers, type grippe ;

15 % de formes modérées pouvant conduire à une Covid long ;

5 % de formes sévères pouvant nécessiter des soins de réanimation.

De manière probablement assez similaire à la grippe, l'ARN viral du SARS-CoV-2 finit par être détecté par des globules blancs " sentinelles " comme les cellules dendritiques ou les macrophages. La détection du virus conduit à la sécrétion d' interférons de type I (IFN), de chimiokines et de cytokines pro-inflammatoires, induisant un état antiviral généralisé. Sur le site de l'infection des globules blancs spécifiques à la réponse innée sont recrutés. Les plus importants sont les lymphocytes NK qui pilotent la clairance virale. Les monocytes et les neutrophiles vont aider à éliminer les cellules mortes infectées.

Chez les Covid-19 asymptomatiques, ces mécanismes de défense du système immunitaire inné pourraient être suffisants pour venir à bout du SARS-CoV-2. Chez les Covid-19 légèrement symptomatiques, la clairance ultime vient avec l'immunité adaptative où interviennent les lymphocytes T et les lymphocytes B. L'immunité adaptative ou la mémoire immunitaire est activée dès qu'un globule blanc " sentinelle " présente un antigène, c'est-à-dire un fragment du SARS-CoV-2, aux lymphocytes T dans un ganglion lymphatique. Les lymphocytes sont les seuls globules blancs à avoir une mémoire. L'immunité adaptative s'appuie sur :

La très grande majorité de la population mondiale a déjà contracté un rhume à cause d'un coronavirus bénin comme le HCoV-NL63, le HCoV-229E ou encore le HCoV-OC43. À la suite de cette infection, des lymphocytes T à mémoire ont conservé une immunité cellulaire de combat et sont capables de la mobiliser contre le SARS-CoV-2, une fois que l'antigène leur a été présenté. Il s'agit donc d'une immunité cellulaire croisée,,. En revanche il est suggéré qu'il n'existe pas d' immunité croisée pour les lymphocytes B qui produisent des anticorps. Dans le cas d'une infection par le SARS-CoV-2, seuls les anticorps ciblant la protéine S du SARS-CoV-2 se révéleraient neutralisants. Les anti-S commencent à être détectés en sérologie, environ deux semaines après l'infection. Les anticorps contre la protéine S ciblent seulement quelques fragments spécifiques : le RBD représente entre 65 et 77 % des anti-S, et le NTD représente entre 6 et 20 % des anti-S.

Les résultats de plusieurs équipes mettent en évidence que tous les patients infectés ne développent pas de réponse anticorps. Le taux d'anticorps était significativement plus élevé chez les patients plus âgés. L'ensemble évoque que l'on peut guérir de l'infection en l'absence d'anticorps et que ceci est particulièrement vrai pour les plus jeunes et les patients asymptomatiques, faisant évoquer l'importance de l'immunité innée et de l'immunité cellulaire dans la clairance virale.

Dans les formes modérées de Covid-19 et particulièrement dans celles sévères, la réponse innée est inefficiente. Elle se caractérise par un taux d'interférons de type I et III relativement bas. Et surtout dans la semaine consécutive à l'infection, il est observé chez ces patients une chute des lymphocytes T, avec une lymphopénie en forme de V. Toutes les situations de stress aigu peuvent se compliquer de lymphopénie via l'augmentation des taux circulants de cortisol par le système endocrinien et spécifiquement par les glandes corticosurrénales. Alors que chez un individu en bonne santé, le taux de cortisol est généralement autour de 375 nmol/L, chez les patients Covid-19 en état de stress, ce taux atteint rapidement 620 nmol/L,.

La raréfaction des lymphocytes est rapidement compensée par une synthèse massive de neutrophiles ( neutrophilie),. Les neutrophiles qui se substituent aux lymphocytes pour lutter contre le SARS-CoV-2 libèrent dans les tissus infectés des " NEToses ", c'est-à-dire des fibres composées d'ADN et de protéines, dont la fonction est de piéger des micro-organismes pathogènes (bactéries ou autres). Un excès de neutrophiles contribue à la thrombogénèse, c'est-à-dire à la formation de caillots sanguins.

La réponse immunitaire innée et adaptative des formes sévères de Covid-19 est globalement contre-productive et génère autant de dégâts dans l'organisme que le virus. Du fait de la lymphopénie, les lymphocytes T sont recrutés en nombre réduit. Ces lymphocytes T sur-expriment le récepteur CD69, la protéine Tim-3 et le facteur de transcription aiolos , ce qui a pour effet une production massive d' interférons gamma (IFN-γ),,. En réponse à l'élévation du taux d'IFN-γ, les monocytes et macrophages sécrètent massivement de l' IP-10 , une chimiokine appelée également CXCL10. L'élévation du taux de CXCL10 annonce le syndrome de détresse respiratoire aiguë de la Covid-19.

La concomitance de l'apparition des anticorps, deux semaines après l'infection, avec l' orage cytokinique, ainsi que la corrélation positive entre le taux d'anticorps et la sévérité de l'infection a fait envisager l'hypothèse que les anticorps puissent être impliqués dans les mécanismes physiopathologiques. Dans une étude auprès de 15 patients Covid-19 brésiliens admis en soins intensifs, la moitié des patients présentaient une infection des globules blancs,. Très peu, sinon aucun des lymphocytes T était infecté. En revanche les lymphocytes B étaient particulièrement ciblés par le SARS-CoV-2,.

Peut-être en lien avec des anticorps non neutralisants et facilitants, il est observé une prolifération de monocytes / macrophages qui sécrètent des niveaux élevés de cytokines et chimiokines notamment des IL-6, IL-8 et IL-10. Les formes sévères nécessitant une hospitalisation en unité de soins intensifs se démarquent en particulier par des concentrations plus élevées de IP-10/CXCL10 , MCP-1/CCL2 et TNFα.

Les taux de cytokines de la Covid-19 sévère ne sont pas spécialement élevés, en comparaison d'un choc septique ou d'une infection respiratoire aiguë sévère classique. Pourtant il se produit bien un orage cytokinique avec la Covid-19, ce qui concrètement se traduit par un processus incontrôlé de mort cellulaire par pyroptose , apoptose et nécroptose des tissus infectés. La mort cellulaire est mesurable par le taux sérique de lactate déshydrogénase (LDH). Chez plus de 95 % des patients décédés de la Covid, le taux de LDH est au-dessus du seuil de tolérance qui est fixé à 250 U/L. Et ce processus de destruction cellulaire est induit par le cocktail de cytokines de la Covid-19. Il est suggéré que la production concomitante de TNFα et d'IFNγ induit une production délétère d' oxyde nitrique, à l'origine d'une mort cellulaire incontrôlable et in fine du syndrome de détresse respiratoire aiguë. L'utilisation à forte dose de corticoïdes pour soigner des Covid sévères inhibe les IFNγ et par conséquent pourrait empêcher la production mortelle d'oxyde nitrique.

D'abord réputé stable, le SARS-CoV-2 s'avère en fait un virus extrêmement instable,.

Les mutations de la protéine S sont celles qui ont été le plus médiatisées. La première mutation d'importance est D614G qui a favorisé l'infectivité du SARS-CoV-2. À partir de décembre 2020, le variant anglais se distingue par au moins 17 modifications (mutations ou délétions), toutes protéines virales confondues, un record. La plus connue des mutations est N501Y qui a amélioré la liaison du RBD avec le récepteur ACE2. Le variant anglais multiplie par deux l'infectivité du virus. En parallèle apparaissent les variants sud-africain et brésilien qui ont la particularité de partager avec le variant anglais la mutation N501Y. Mais ces deux variants contiennent surtout des mutations comme E484K qui affaiblissent l'efficacité des anticorps des vaccins de première génération et facilitent les réinfections au SARS-CoV-2.

Au total, fin mars 2021, sur les 1 273 codons de la protéine S, il est recensé 28 mutations (2 %) qui se propagent :

11 d'entre elles (40 %) concernent le NTD : mutations aux codons 18, 69, 70, 80, 138, 144, 215, 222, 241, 242 et 243 ;

6 d'entre elles (20 %) concernent le RBD : mutations aux codons 417, 439, 452, 477, 484 et 501 ;

4 concernent les SD1 et SD2 : mutations aux codons 570, 614, 677 et 681.

Le NTD est le fragment le plus instable de la protéine S, autrement dit celui qui mute le plus rapidement. Il est anticipé que la prochaine mutation majeure sur le NTD se produise sur le codon 248. Cette mutation pourrait encore affaiblir davantage les anticorps des vaccins de première génération ( AstraZeneca, Pfizer, Moderna...),.

En dehors de la protéine S, fin mars 2021, le SARS-CoV-2 concentre de fortes mutations sur :

ORF9c : sur les 73 codons de cette protéine, sept (10 %) sont en pleine évolution : 194, 199, 202, 203, 204, 205 et 220. La protéine ORF9c est essentielle au SARS-CoV-2 pour déréguler à son profit les gènes des cellules infectées,, ;

ORF9b : sur ses 97 codons, quatre (4 %) mutent assez fortement : 10, 16, 32 et 70. Outre son activité anti-interférons, la protéine ORF9b bloque l'apoptose (autodestruction de la cellule), ;

ORF8 : sur ses 121 codons, sept (6 %) ont déjà des mutations bien avancées : 27, 52, 68, 73, 84 et 92. La protéine ORF8 permet au SARS-CoV-2 de bloquer la présentation d'un antigène par le CMH-I des cellules infectées, ce qui retarde la réponse immunitaire adaptative, ;

ORF3b : sur les 156 codons de cette protéine, seulement quatre connaissent une forte évolution : 171, 172, 174 et 223. Mais ORF3b est la protéine du SARS-CoV-2 exerçant la plus forte activité anti-interférons. Et surtout ORF3b est tronquée. L'ORF3b qui la code contient quatre codons-stop qui devraient sauter au fur et à mesure des mutations et permettre progressivement à cette protéine d'exercer une activité anti-interférons de plus en plus forte[réf. à confirmer].

Finalement, il existe des milliers de variants du SARS-CoV-2, certains influencent négativement la santé des humains, les diagnostics et les vaccins. Globalement, les variants du SARS-CoV-2 qui s'imposent sont ceux qui sont les plus contagieux ou qui échappent aux vaccins de première génération.

D'abord dénommé " coronavirus de Wuhan " puis " nouveau coronavirus 2019 " (2019-nCoV), son nom officiel SARS-CoV-2 (pour " severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 ", en anglais) a été défini le par l' International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV). La forme longue en français de l'acronyme SARS-CoV-2 est désignée par l' OMS " coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère ", tandis que l' Office québécois de la langue française le désigne " coronavirus du syndrome respiratoire aigu sévère 2 " et francise partiellement l'acronyme en SRAS-CoV-2,,.

Le groupe d'étude Nidovirales de l'ICTV a proposé le nom SARS-CoV-2 au terme d'une analyse taxonomique poussée. Ce travail montre notamment que le nouveau coronavirus appartient à la même espèce biologique ( SARSr-CoV) que SARS-CoV-1 qui avait causé l'épidémie de SRAS en 2003, même si le syndrome observé en 2019, lui-même très polymorphe, diffère du SRAS à proprement parler.

Simultanément, l'OMS donne à la maladie liée au virus le nom officiel de " maladie à coronavirus 2019 " ( COVID-19,, de l'anglais coronavirus disease 2019 ) qui était jusque là informellement dénommée " pneumonie de Wuhan ". À noter que Covid-19 désigne la maladie et non le coronavirus, d'où des recommandations de l'employer au féminin,.

Même si nommer différemment la maladie et l'agent qui la cause est habituel (exemple : le VIH cause le sida), et si la définition des espèces biologiques dépend d'autres éléments que ceux purement conjoncturels (exemple : Botrytis cinerea cause la pourriture grise mais aussi la pourriture noble recherchée pour la vinification des sauternes), l'apparition des deux noms le même jour a d'abord suscité quelques incompréhensions tant dans le public peu averti mais sensibilisé par une situation de crise, que dans la communauté scientifique,.

Selon l'historien Frédéric Vagneron, " c'est sans doute la première fois dans l'histoire que l'on a détecté un virus avant même de donner un nom à la maladie qu'il provoque ".

L'émergence de SARS-CoV-2, jusque là inconnu de la communauté scientifique, a donné lieu en quelques semaines à une explosion sans précédent de production scientifique, à son partage à l'échelle planétaire et à son application pour la mise au point de tests de dépistage, de vaccins et de traitements, pour le bénéfice public mais soulevant parfois des questions de fiabilité,.

Les archives de prépublications, notamment bioRxiv et medRxiv, et divers forums de chercheurs, permettent une diffusion rapide - mais non formellement approuvée par les pairs - de l'information scientifique concernant SARS-CoV-2. BioRxiv a publié le premier preprint sur SARS-CoV-2 (alors nommé 2019-nCoV) le et medRxiv le .

Les premières publications scientifiques validées par les pairs datent du . Plusieurs grandes revues et grands éditeurs scientifiques, devant l'urgence de la situation, ont décidé de rendre disponibles hors abonnement certaines publications scientifiques sur le nouveau coronavirus et la pneumonie associée. C'est notamment le cas de Elsevier, , The New England Journal of Medicine , , ou encore Wiley.

Le 2 avril 2020, la Commission européenne a ouvert un portail de données dédié, appuyé sur l'infrastructure ELIXIR , afin de faciliter la collecte et le partage des données de recherche disponibles : séquences, données d'expression, protéines, structures, littérature, autres. Cette ressource sert au passage de pilote pour la mise en place du dispositif European Open Science Cloud (EOSC).

Une plateforme internationale en open-data, GISAID, est destinée à recueillir les données sur le séquençage du génome du virus, et qui a par ailleurs étendu sa collecte à des données épidémiologiques. Ces données sont exploitées par un projet lui aussi en accès libre, NextStrain. Au , GISAID recense plus de 63 000 séquences du génome. Il semblerait toutefois qu'en raison d'enjeux financiers ou de pouvoir, le partage des données se tarisse après le pic de la pandémie. Selon Mediapart (à la date de juillet 2020), la France n'aurait publié que " 394 génomes dans cette base, soit à peine 1 % du nombre total de génomes partagés au niveau international ".

Illustration d'un virion de SARS-CoV-2, créée par Alissa Eckert et Dan Higgins, du Département de la Santé et des Services sociaux des États-Unis en 2020.

Casque de moto en forme de SARS-CoV-2, porté par un policier en mars 2020 (Inde).

La modélisation de la particule ( virion) de SARS-CoV-2 par les illustrateurs médicaux Alissa Eckert et Dan Higgins, des centres pour le contrôle et la prévention des maladies, les principales agences fédérales des États-Unis en matière de protection de la santé publique, s'est imposée aux médias du monde entier comme l'image iconique du virus ; quand bien même des illustrations plus précises sont apparues ultérieurement. En pleine pandémie, elle fait la Une de la presse et des émissions télévisuelles ; les gens se l'approprient à travers des déguisements, des peluches ou des piñatas cathartiques. Elle en devient le symbole.

Diffusée sous licence libre au tout début de l'épidémie à partir de , il s'agit de la première modélisation du virus créée afin d'alerter la population américaine.

Basée sur une photographie en noir & blanc issue du Centre chinois pour le contrôle et la prévention des maladies de Pékin, son rendu est colorisé et stylisé, et n'est pas strictement fidèle à la réalité scientifique. En effet, la lumière polarisée, la texture granuleuse, la rondeur parfaite de la cellule ainsi que les couleurs chaudes sont des mises en scène. Ainsi, le rouge des protéines S évoque inconsciemment le danger et le sang ; les grains jaunes des protéines E et orange des protéines M sont gommés pour mettre en valeur les protéines S qui figurent l'identité du virus. Selon l'historienne de l'art Fleur Hopkins-Loféron, cette illustration est l'héritière de l'image du virus du SIDA : une boule rougeoyante inquiétante ornée de piquants agressifs.

En 2020, cette modélisation reçoit le prix Beazley décerné par le Design Museum de Londres.

Notes et références

1. (en) " Information * News * 2020 ", voir § Naming the 2019 Coronavirus, ICTV, (consulté le ).

2. ↑ (en) Yujia Alina Chan, " The Emergence of the Spike Furin Cleavage Site in SARS-CoV-2 ", Molecular Biology and Evolution ,‎ (lire en ligne)

3. (en) Megan Scudellari, " How the coronavirus infects cells - and why Delta is so dangerous ", Nature , vol. 595, no 7869,‎ , p. 640-644

4. (en) Alexander E. Gorbalenya, Susan C. Baker, Ralph S. Baric, Raoul J. de Groot, Christian Drosten, Anastasia A. Gulyaeva, Bart L. Haagmans, Chris Lauber, Andrey M. Leontovich, Benjamin W. Neuman, Dmitry Penzar, Stanley Perlman, Leo L.M. Poon, Dmitry Samborskiy, Igor A. Sidorov, Isabel Sola et John Ziebuhr, " Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus - The species and its viruses, a statement of the Coronavirus Study Group ", bioRxiv ,‎ .

5. ↑ (en) David S Hui, Esam I Azhar, Tariq A Madani, Francine Ntoumi, Richard Kock, Osman Dar, Giuseppe Ippolito, Timothy D Mchugh, Ziad A Memish, Christian Drosten, Alimuddin Zumla et Eskild Petersen, " .The continuing 2019-nCoV epidemic threat of novel coronaviruses to global health - The latest 2019 novel coronavirus outbreak in Wuhan, China ", International Journal of Infectious Diseases , vol. 91,‎ , p. 264-266 (PMID 31953166, DOI 10.1016/j.ijid.2020.01.009, lire en ligne, consulté le ) .

6. ↑ (en) Antonio C. P. Wong, Xin Li, Susanna K. P. Lau et Patrick C. Y. Woo, " Global Epidemiology of Bat Coronaviruses ", Viruses , vol. 11(2), no 174,‎ .

7. ↑ (en) Cynthia S. Goldsmith et Sara E. Miller, " Modern Uses of Electron Microscopy for Detection of Viruses ", Clinical Microbiology Reviews , vol. 22, no 4,‎ , p. 552-563 (ISSN 0893-8512 et 1098-6618, PMID 19822888, PMCID PMC2772359, DOI 10.1128/CMR.00027-09, lire en ligne, consulté le ) .

8. ↑ (en) " New-type coronavirus causes pneumonia in Wuhan: expert ", XinhuaNet ,‎ (lire en ligne, consulté le ).

9. ↑ (en) SARS-CoV, B. S. (2020). Mutation and Recombination [PDF].

10. ↑ (en) Elaine Y P Lee, Ming-Yen Ng et Pek-Lan Khong, " COVID-19 pneumonia: what has CT taught us? ", The Lancet Infectious Diseases , vol. 20,‎ , p. 384-385 (lire en ligne, consulté le ) .

11. ↑ (en) Roujian Lu, Xiang Zhao, Juan Li, Peihua Niu et Bo Yang, " Genomic characterisation and epidemiology of 2019 novel coronavirus: implications for virus origins and receptor binding ", The Lancet , vol. 395, no 10224,‎ , p. 565-574 (lire en ligne, consulté le ) .

12. Félix Roudaut, ↑ " Coronavirus : qu'est-ce que la maladie de Kawasaki qui inquiète le monde médical ? ", sur rtl.fr, (consulté le ) .

13. ↑ (en) Benvenuto D. et al., " The 2019-new Coronavirus epidemic: evidence for virus evolution ", bioRxiv.org ,‎ (lire en ligne) .

14. Hong Zhou, Jingkai Ji, Xing Chen, Yuhai Bi, Juan Li, Qihui Wang, Tao Hu, Hao Song, Runchu Zhao, Yanhua Chen, Mingxue Cui, Yanyan Zhang, Alice C. Hughes, Edward C. Holmes et Weifeng Shi, " Identification of novel bat coronaviruses sheds light on the evolutionary origins of SARS-CoV-2 and related viruses ", Cell,‎ , S0092867421007091

15. ↑ (en) Zhou P, Yang XL, Wang XG, Hu B, Zhang L, Zhang W, Si HR, Zhu Y, Li B, Huang CL, Chen HD, Chen J, Luo Y, Guo H, Jiang RD, Liu MQ, Chen Y, Shen XR, Wang X, Zheng XS, Zhao K, Chen QJ, Deng F, Liu LL, Yan B, Zhan FX, Wang YY, Xiao GF, Shi ZL, " Addendum: A pneumonia outbreak associated with a new coronavirus of probable bat origin ", Nature , vol. 588, no 7836,‎ , E6 (PMID 33199918, DOI 10.1038/s41586-020-2951-z, lire en ligne).

16. Marc Gozlan, ↑ " Des coronavirus de chauves-souris très proches du SARS-CoV-2 identifiés au Laos ", sur Le Monde, (consulté le ) .

17. ↑ DOI 10.21203/rs.3.rs-871965/v1

18. Hervé Morin, " ↑ Coronavirus : le pangolin a-t-il pu servir d'hôte intermédiaire ? ", Le Monde,‎ (lire en ligne) . L'université d'agriculture de Chine du Sud a annoncé qu'un séquençage du virus trouvés chez des pangolins montrait qu'il était homologue à 99 % à celui du SARS-CoV-2. Le pangolin aurait pu servir d'espèce réservoir ou hôte entre la chauve-souris et l'humain, une hypothèse discutée par plusieurs spécialistes.

19. ↑ Makarenkov V. et al. Horizontal gene transfer and recombination analysis of SARS-CoV-2 genes helps discover its close relatives and shed light on its origin, BMC Ecology and Evolution 21, 2021

20. ↑ Expert reaction to statement from South China Agricultural University that research has identified the pangolin as a possible coronavirus host, Science Media Center, 7/02/2020.

21. ↑ (en) Tao Zhang, Qunfu Wu et Zhigang Zhang, " Probable Pangolin Origin of SARS-CoV-2 Associated with the COVID-19 Outbreak ", Current Biology , vol. 30, no 7,‎ , p. 1346-1351.e2 (PMID 32197085, PMCID PMC7156161, DOI 10.1016/j.cub.2020.03.022, lire en ligne, consulté le ) .

22. ↑ DOI 10.1016/j.cell.2021.07.007

23. Coutard B, Valle C, de Lamballerie X, Canard B, Seidah NG, Decroly E, " ↑ The spike glycoprotein of the new coronavirus 2019-nCoV contains a furin-like cleavage site absent in CoV of the same clade ", Antiviral Research, vol. 176,‎ , p. 104742 (PMID 32057769, PMCID 7114094, DOI 10.1016/j.cub.2020.03.022) .

24. Astrid Vabret et Fabien Miszczak, " ↑ Changement de tropisme des coronavirus ", Revue Francophone des Laboratoires, tropisme des virus : de l'animal à l'homme ?, vol. 2010, no 423,‎ , p. 63-68 (ISSN 1773-035X, DOI 10.1016/S1773-035X(10)70561-X, lire en ligne, consulté le )

25. ↑ Mandelbaum RF (19 février 2020). "[Scientists Create Atomic-Level Image of the New Coronavirus's Potential Achilles Heel]". Gizmodo. consulté le 13 mars 2020

26. (en) Francis K. Yoshimoto, " The Proteins of Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus-2 (SARS CoV-2 or n-COV19), the Cause of COVID-19 ", The Protein Journal , vol. 39, no 3,‎ , p. 198-216 (ISSN 1875-8355, PMID 32447571, PMCID 7245191, DOI 10.1007/s10930-020-09901-4, lire en ligne, consulté le ) .

27. ↑ a b c d e f et g

28. ↑ a b c d e et f

29. Jean-Claude Hervé et Naoum Salamé, " Réplication et expression de l'information génétique au cours du cycle infectieux du coronavirus ", Institut français de l'éducation,‎ (lire en ligne, consulté le ) .

30. ↑ " Covid : les mutations qui rendent le variant delta du virus plus contagieux et plus inquiétant ", BBC News Brasil, (consulté le )

31. ↑ (en) " An Overview of Their Replication and Pathogenesis; Section 2 Genomic Organization ", Methods in Molecular Biology , Springer, vol. 1282,‎ , p. 1-23 (ISBN 978-1-4939-2438-7 , PMID 25720466, PMCID 4369385, DOI 10.1007/978-1-4939-2438-7_1).

32. ↑ (en) Coronaviruses, vol. 1282, Springer, coll. " Methods in Molecular Biology ", , 1-23 p. (ISBN 978-1-4939-2438-7 , PMID 25720466, DOI 10.1007/978-1-4939-2438-7_1), " Coronaviruses: an overview of their replication and pathogenesis " .

33. ↑ a b c d e f g et h

34. ↑ " Vaccins contre la COVID19 : doit-on s'inquiéter du risque de maladie aggravée chez les personnes vaccinées ? ", sur VIDAL (consulté le )

35. ↑ (en) Knvul Sheik et Roni Caryn Rabin, " The Coronavirus: What Scientists Have Learned So Far ", The New York Times ,‎ (lire en ligne, consulté le ) .

36. Anaïs Thiébaux, " ↑ Victimes du coronavirus : qui en meurt, à quel âge, avec quelle maladie ? ", Le Journal des femmes,‎ (lire en ligne, consulté le ) .

37. ↑ (en) " Coronavirus statistics: Latest numbers on COVID-19 cases and deaths ", Euronews ,‎ (lire en ligne).

38. Luc Peillon, " ↑ Covid-19 : Quel est le taux de mortalité des malades du Covid-19 en réanimation? ", Libération,‎ (lire en ligne, consulté le ) .

39. ↑ " Covid-19 : la mortalité en réanimation beaucoup plus forte qu'annoncée, selon une étude ", sur L'express, .

40. Ferney, ↑ " Les mystères du Covid long ", lacroix.fr, (consulté le ).

41. Céline Deluzarche, ↑ " Coronavirus : la fausse piste de "l'orage cytokinique" ", sur Futura-sciences.com (consulté le ) .

42. ↑ " Coronavirus chinois : les raisons pour lesquelles il ne faut pas paniquer ", sur LExpress.fr, (consulté le ).

43. ↑ (en) Ewen Callaway, " The coronavirus is mutating - does it matter? ", Nature , vol. 585,‎ , p. 174-177 (DOI 10.1038/d41586-020-02544-6, lire en ligne [PDF]) .

44. ↑ a b c d et e (en) " Genomic epidemiology of novel coronavirus - Global subsampling ", Nextstrain ,‎ (lire en ligne, consulté le ).

45. " SRAS-CoV-2 ", Grand Dictionnaire terminologique, Office québécois de la langue française (consulté le ).

46. " Appellation de la maladie à coronavirus 2019 (COVID-19) et du virus qui la cause ", sur who.int, Organisation mondiale de la santé, (consulté le ).

47. ↑ (en) " Novel Coronavirus (2019-nCoV) Situation Report - 22 " [PDF], sur who.int, Organisation mondiale de la santé, (consulté le ) : " Following WHO best practices for naming of new human infectious diseases, which were developed in consultation and collaboration with the World Organisation for Animal Health (OIE) and the Food and Agriculture Organization of the United Nations (FAO), WHO has named the disease COVID-19, short for "coronavirus disease 2019." ", p. 1.

48. ↑ " COVID-19 ", Grand Dictionnaire terminologique, Office québécois de la langue française (consulté le ).

49. ↑ " Le covid 19 ou La covid 19 | Académie française ", sur academie-francaise.fr (consulté le ).

50. ↑ (en) Shibo Jiang, Zhengli Shi , Yuelong Shu et Jingdong Song, " A distinct name is needed for the new coronavirus ", The Lancet ,‎ , S0140673620304190 .

51. Sébastien Rouet, ↑ " Covid-19, Ebola, peste noire... nos sociétés face aux maladies, avec l'historien Frédéric Vagneron ", sur geo.fr, (consulté le ) .

52. Hervé Morin, Pascale Santi, David Larousserie, Sandrine Cabut et Nathaniel Herzberg, " ↑ Comment le Covid-19 chamboule la recherche scientifique ", Le Monde.fr,‎ (lire en ligne , consulté le ) .

53. ↑ (en-GB + fr) Conseil français de l'Intégrité Scientifique, " L'intégrité scientifique, la science ouverte et la crise sanitaire ", sur ENRIO, (consulté le )

54. Le " ↑ COVID-19 Data Portal "

55. ↑ (en) Georges Lobo, " European COVID-19 Data Platform ", sur joinup.ec.europa.eu, (consulté le ) .

56. ↑ (en) Claire Jarvis, " How genomic epidemiology is tracking the spread of COVID-19 locally and globally ", sur acs.org, .

57. Lise Barnéoud, ↑ " Données épidémiologiques: la pénurie cachée ", sur mediapart.fr, .

58. (fr) " Portrait de l'ennemi public n°1 ", émission Le dessous des images du 28 novembre 2022, présentée par Sonia Devillers, Arte, 12 minutes (visionner en ligne)

(en) Yixuan Wang, Yuyi Wang, Yan Chen et Qingsong Qin, " Unique epidemiological and clinical features of the emerging 2019 novel coronavirus pneumonia (COVID-19) implicate special control measures ", Journal of Medical Virology ,‎ (lire en ligne) .

(en) Parham Habibzadeh et Emily K. Stoneman, " The Novel Coronavirus: A Bird's Eye View ", The International Journal of Occupational and Environmental Medicine , vol. 11, no 2,‎ , p. 65-71 (ISSN 2008-6520 et 2008-6814, PMID 32020915, PMCID PMC7205509, DOI 10.15171/ijoem.2020.1921, lire en ligne, consulté le )

Ressources relatives à la santé :

Ressources relatives au vivant :

CDC chinois (Chinese Center for Disease Control and Prevention)

Institut de Biologie des Agents pathogènes (Institute of Pathogen Biology)

Carte de l'épidémie actualisée en temps réel par le Center for Systems Science and Engineering de la Johns Hopkins University de Baltimore

(en-US) Gardner L., " Mapping the Wuhan Coronavirus (2019-nCoV) ", sur systems.jhu.edu, (consulté le )

Questions fréquentes sur les nouveaux coronavirus et Rapports quotidiens de situation sur le nouveau Coronavirus (2019-nCoV) [en anglais] par l'Organisation Mondiale de la Santé

Fiche-maladie régulièrement actualisée par l'Institut Pasteur

le site du " Coronavirus 2019-nCoV : le point sur la situation en France et dans le monde ", sur Dictionnaire Vidal (consulté le ).

"Analyses bioinformatiques du coronavirus 2019-nCoV : pourquoi et comment ?", article rédigé par deux bioinformaticiens sur bioinfo-fr.net, 05 février 2020

"Conseil scientifique COVID-19", Avis du Conseil scientifique COVID-19 (.fr)

"Infection au nouveau Coronavirus (SARS-CoV-2), COVID-19, France et Monde", Chiffres officiels français, des derniers jours.

Zsuzsanna Varga, Andreas J. Flammer, Peter Steiger, Martina Haberecker, Rea Andermatt, Annelies Zinkernagel et al., " Electron microscopy of SARS-CoV-2: a challenging task - Authors' reply ", (consulté le ) .

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Coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère Le SARS-CoV-2 ( acronyme anglais de severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 ), soit coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère, est le virus responsable de la Covid-19. Son acronyme est parfois partiellement francisé en SRAS-CoV-2 ,.

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Compléter les légendes!