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Después de una pelea con Spock, el renuncia a su puesto como capitán, su primera orden es perseguir a Nero y tratar de detenerlo a toda costa. Spock, a pesar de todo, vuelve para ayudar a la tripulación.
Después de una ardua batalla, logran rescatar al capitán Pike, sabotear la nave, matar a Nero y robar la tecnología de los agujeros negros.

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En el planeta, Kirk se encuentra con una bestia y trata de escapar, es salvando por una figura conocida, Spock, pero no es el Spock que el conoce, es una versión mucho mas vieja que viene del futuro alternativo, Spock le cuenta que en su futuro, Kirk es el capitán y es su amigo pero en un accidente el planeta de Nero es destruido y este ultimo viajo por un agujero de gusano hacia el pasado para vengarse y destruir Vulcano. El viejo Spock le dice que para ganar tendrá que aliarse con el Spock joven. Con la ayuda de un ingeniero conocido como Scotty, Kirk se despide de Spock y llega junto a su nuevo compañero a la Enterprise.

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Un oficial de la nave, Pavel Chekov, advierte sobre una tormenta eléctrica en la atmosfera del planeta, también, Kirk habla con la teniente Uhara y ella le dice que la nave que intercepto el mensaje era Romulana, Kirk asocia estas dos cosas con los eventos que fueron causantes de la muerte de su padre antes de que el naciera y deduce de que la llamada de auxilio era un trampa, Spock le da la razón y se comunican con la otra nave, allí conocen a Nero, quien reconoce a Spock y esta tratando de destruir el planeta.
En una misión fallida por detener la máquina que destruiría el planeta, el capitán Spock se teletransporta a Vulcano y logra salvar a su padre, su madre muere.
Ahora Spock es el capitán de la USS Enterprise y abandonan a Kirk en un planeta helado y vacío.
Aliados: Chekov, Sulu, Uhura, Spock, McCoy y el capitán Pike
Enemigos: Nero y los romulanos.

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La tripulación del viaje anterior permanece, a ellos se les suma Spock como segundo al mando, se preparan para continuar su viaje y vivir nuevas aventuras.

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Kirk ya no es el mismo de antes, a pesar de que sigue siendo igual en cuanto a personalidad, ahora sigue con el legado de su padre, siendo capitán.

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El nuevo hogar de Kirk es la USS Enterprise, junto a sus compañeros

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Kirk ahora es el capitán de la Enterprise

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James Kirk realiza la prueba Kobayashi, una simulación diseñada para que ningún estudiante la apruebe, Kirk la logra pasar y su creador, Spock, lo acusa de hacer trampa y lo convoca a un juicio con los directivos de la academia. En medio del juicio reciben un pedido de ayuda proveniente de Vulcano y los cadetes se dirigen a la nave USS Enterprise, obligan a Kirk a quedarse en la tierra pero McCoy, sabiendo que el sueño de su amigo era ser piloto, le inyecta unos virus para que pueda pasar junto con el como si fuera un paciente, así, llegan junto con el resto de la tripulación a la Enterprise y zarpan hacia Vulcano.

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Este ultimo (Leonard McCoy) es quien toma el rol de mentor de Kirk ya que lo ayuda en todo lo que el necesite proporcionándole sus saberes de medico, y algún que otro consejo sobre lo que debería o no hacer.

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Kirk declina la oferta pero después de pensarlo decide terminar sus estudios para volverse oficial y continuar con el legado de su padre. En la academia conoce a Leonard McCoy quien estudia para volverse médico.

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Kirk comienza una pelea en un bar con unos estudiantes pero es interrumpido por el el capitán de la flota estelar: Christopher Pike. Este le recuerda a Kirk los grandes logros de su padre como capitán y lo invita a terminar sus estudios.

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James Tiberius Kirk es el hijo del fallecido piloto George Kirk, vive en la tierra y a diferencia de su padre, prefiere alejarse del espacio y vivir a su manera, no respeta a la autoridad y abandonó sus estudios.