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Il Papa risiedeva a Roma e di solito era un esponente dell'aristocrazia romana. Anche lui come gli ecclesiastici era di solito un uomo indegno e privo di integrità morale.

Spesso anche gli imperatori avevano cercato di porre rimedio alla corruzione della Chiesa intervenendo apertamente sulla nomina del papa come aveva già fatto Ottone I con il documento "privilegio di Ottone".

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·         Nel 1049 fu eletto dall'imperatore Enrico III come Papa Leone IX un monaco cluniacense, tuttavia la Chiesa attraverso alcuni prelati ( Pier Damiani) ribadì che un imperatore non poteva intromettersi nell'elezione del Papa di Roma che doveva essere scelto esclusivamente dai vescovi.

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·         Nel 1059 papa Niccolò II stabilì con il decreto che il pontefice doveva essere eletto dall'assemblea dei cardinali, tutti i laici dovevano stare fuori dalla nomina.

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Nel 1073 fu eletto papa Gregorio VII che, nel 1075 per rafforzare l'autorità della Chiesa, preparò un decreto "Dictatus papae" in cui veniva dichiarato che solo il pontefice di Roma ha il potere universale e a lui è possibile deporre l’imperatore.

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·         Ottone I, imperatore di Germania aveva emanato nel 962 il documento privilegio d'ottone, che stabiliva che nessun Papa poteva essere letto senza il consenso imperiale. Questo provvedimento faceva fronte al fatto che la Chiesa era gestita dall'aristocrazia romana quindi il più delle volte erano stati nominati papi uomini indegni. Ricordiamo anche che Ottone I era ricorso alla nomina di vescovi per gestire il suo territorio.

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·         Quando nel 1075   fu  emanato il documento “dictatus Papae”, l'imperatore dell'epoca Enrico IV reagì riunendo tutti i vescovi tedeschi a Worms per far dichiarare decaduto il Papa
( 1076).

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Nel 1076 il Papa Gregorio VII scomunicò l’ imperatore e i  vescovi ribelli. All'epoca la scomunica era un atto gravissimo, infatti chi era scomunicato perdeva qualunque prestigio agli occhi della popolazione, infatti o l'imperatore o i vescovi perdevano di fatto il potere, in quanto i sudditi non dovevano obbedire.

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Nel 1077 Enrico IV si affrettò in Italia per chiedere scusa al Papa che in quel momento si trovava a Canossa presso la marchesa Matilde.

Inizialmente il Papa si rifiutò di accogliere l'imperatore e lo costrinse a stare per tre giorni e tre notti davanti alla porta del castello e a piedi scalzi.
Solo in seguito lo perdonò.