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A história do filme se passa na notória Casa de Detenção de São Paulo conhecida popularmente como Carandiru, uma antiga e gigantesca prisão localizada na Zona Norte da cidade de São Paulo, que foi o maior e mais violento presídio da América Latina.
Carandiru conta as histórias de diferentes detentos do local através da visão do doutor Drauzio Varella, que vai à prisão para tratar os presos medicamente em prevenção contra a AIDS. Semelhante a muitos filmes policiais brasileiros, o Dr. Varella narra Carandiru, no entanto, não é a história dele que é contada; Varella atua como um mero ouvinte das histórias dos detentos, priorizadas pelo enredo do filme.
São mostradas as condições desumanas da prisão, como as celas minúsculas várias vezes ocupadas por mais de dez prisioneiros, bem como a falta de controle que os carcereiros têm. A ordem na prisão é inteiramente controlada pelos próprios presos, o que os leva a enfrentar problemas como assassinatos, uso excessivo de drogas e doenças dentro da prisão.
Várias histórias são retratadas, variando de toxicodependência até assassinatos, lutas familiares e romance. Algumas das histórias mais focadas ​​no filme são de Lady Di (um travesti) e seu "casamento" com um homem chamado Sem Chance, a dinâmica da família de Deusdete e Zico, os vícios de crack de Ezequiel e Zico e os "casos" de um detento apelidado de Majestade.
Os prisioneiros são humanizados para o espectador ao contarem suas histórias, o que torna a revolta e o massacre do Carandiru ainda mais dolorosos para o público assistir. Assim, quando o filme termina com as cenas reais da demolição da penitenciária ocorrida em 2002, Babenco emprega catarse.

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No Pavilhão 9 ficavam os réus primários e foi lá que ocorreu o começo da rebelião. Começou como uma briga entre prisioneiros de facções rivais e acabou se espalhando pelo Pavilhão. Trezentos policiais adentraram o local com intuito de controlar a situação, resultando em 111 mortos. De acordo com os detentos e familiares, o número é muito maior.

Massacre do Carandiru
Sobreviventes, familiares e representantes dos direitos humanos alegam que o número de mortos chega a 300. A situação teria sido controlada, os presos decidiram por fim à rebelião, entregaram as armas e voltaram às suas celas. Porém, a polícia começou a atirar sem chance de defesa por parte das vítimas.

A perícia afirmou que não houve confronto, pois os presos não reagiram. Os presos teriam sido obrigados a carregar os corpos e limpar o local.

Em 2013, 23 PMs foram condenados à 156 anos de prisão cada, outros 25 condenados à 624 anos de prisão cada. Em 2016 as condenações foram anuladas. Em 2021, com júri popular, os policiais foram condenados.

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Apesar da estrutura física do Carandiru ter sido implodida anos depois, dando lugar ao Parque da Juventude, organizações de direitos humanos apontam que o sistema carcerário ainda não solucionou os principais problemas que causaram o episódio, como a superlotação dos presídios e a impunidade dos autores do crime.

“A construção de um parque para a juventude no lugar de uma unidade de aprisionamento da juventude não significou qualquer mudança na política criminal do Estado”, aponta a rede 2 de outubro, formada em 2011 por um conjunto de  organizações, movimentos sociais e movimentos culturais.

Essa é também a percepção da organização internacional de direitos humanos Conectas. "O Massacre do Carandiru não pertence ao passado. Muitas de suas causas continuam vigentes no sistema carcerário atual", afirmou a ONG em nota à imprensa

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Além da morte dos 111 detentos, o massacre do Carandiru teve inúmeras consequências, a começar pela demissão do secretário de Segurança Pública de São Paulo, Pedro Franco. No lugar dele, foi nomeado Michel Temer. A repercussão desse caso não foi apenas nacional, mas também afetou a imagem do Brasil internacionalmente.

O Brasil foi denunciado na Comissão Interamericana de Direitos Humanos, e a resposta do governo brasileiro foi a de dar garantias de que o massacre seria apurado e os responsáveis seriam culpabilizados pelos crimes cometidos. Entretanto, poucas ações efetivas foram tomadas pela Justiça, e os responsáveis pelo massacre não foram punidos pelo crime após três décadas.

O massacre também alterou a formação dos policiais militares e mudou o sistema prisional de São Paulo, aumentando a quantidade de presídios exponencialmente como forma de reduzir a lotação das penitenciárias existentes. Alguns analistas apontam que o massacre no Carandiru teria gerado uma reação do crime em São Paulo, causando uma espécie de profissionalização criminal que teria levado ao surgimento do Primeiro Comando da Capital, o PCC.

A repercussão do caso também contribuiu para que o Carandiru fosse desativado dez anos depois. Parte dos prédios que formavam a penitenciária foi demolida a partir de 2002.

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A República Federativa do Brasil violou suas obrigações decorrentes dos artigos 4 (direito à vida) e 5 (direito à integridade pessoal),

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Data de lançamento: 11 de abril de 2003 (Brasil)

Diretor: Héctor Babenco

Autor: Drauzio Varella

Música composta por: André Abujamra

Adaptação de: Estação Carandiru

Roteiro: Héctor Babenco, Fernando Bonassi, Victor Navas