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Expuso la "teoría germinal de las enfermedades infecciosas", según la cual toda enfermedad infecciosa tiene su causa en un germen con capacidad para propagarse entre las personas. Esta sencilla idea representa el inicio de la medicina científica, al demostrar que la enfermedad es el efecto visible de una causa que puede ser buscada y eliminada mediante un tratamiento específico.

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Observó que tras un tiempo ninguno de los caldos presentaba la presencia de algún microorganismo y cortó el tubo de uno de los matraces. El matraz abierto tardó poco en descomponerse, mientras que el cerrado permaneció en su estado inicial.

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“Caballeros, yo pudiera señalar a ese líquido [estéril] y decirles: He tomado mi gota de agua de la inmensidad de la creación, y la he tomado llena de los elementos convenientes para el desarrollo de seres inferiores. Y espero, observo, inquiero de ella, suplicándole que comience de nuevo para mí el hermoso espectáculo de la primera creación. Pero está muda... muda desde el mismo comienzo de estos experimentos hace varios años; está muda porque la he mantenido alejada de la única cosa que el hombre no puede producir —de los gérmenes que se alimentan en el aire— de la vida, porque la vida es un germen y un germen es vida. Nunca se recobrará la doctrina de la generación espontánea del golpe mortal de este sencillo experimento.”

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Louis Pasteur (Dôle, Francia el 27 de diciembre de 1822 - Marnes-la-Coquette, Francia el 28 de septiembre de 1895) fue un químico francés cuyos descubrimientos tuvieron enorme importancia en diversos campos de las ciencias naturales, sobre todo en la química y microbiología. A él se debe la técnica conocida como pasteurización. A través de experimentos refutó definitivamente la teoría de la generación espontánea y desarrolló la teoría germinal de las enfermedades infecciosas. Por sus trabajos es considerado el pionero de la microbiología moderna, iniciando la llamada «Edad de Oro de la Microbiología».

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En el experimento, Louis Pasteur añadió un caldo de cultivo a un matraz de cuello largo. A continuación, calentó el cuello, imprimiendo a ese un formato de tubo curvado (cuello de cisne). Después del modelado, continuó con el caldo hirviendo, sometiéndolo a una temperatura hasta el estado estéril (ausencia del microorganismo), pero permitiendo que el caldo tuviera contacto con el aire. Después de hervir, dejando el recipiente de cristal en reposo por mucho tiempo, percibió que el líquido permanecía estéril. Esto fue posible por causa de dos factores: El primero fue consecuencia de las trabas físicas, causadas por la sinuosidad de los cuellos de botella. El segundo, ocasionado por la adhesión de partículas de impurezas y microorganismos de las gotas de aguas formadas en la superficie interna del cuello durante la condensación del vapor emitido por la calefacción y la refrigeración cuando está en reposo. Después de unos días para verificar la no-contaminación, Pasteur rompió la parte superior del recipiente de cristal (cuello), exponiendo el líquido inerte a los microorganismos suspendidos en el aire, favoreciendo las condiciones para la propagación de gérmenes.