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Los primeros ensayos de terapia génica en seres humanos se iniciaron en 1990 en pacientes con Inmunodeficiencia Combinada Severa(SCID por sus siglas en inglés). En el 2000, el primer "éxito" de la terapia génica resultó en pacientes SCID con un sistema inmune funcional. Estos ensayos fueron detenidos cuando se descubrió que dos de cada diez pacientes en un ensayo habían desarrollado leucemia 2 derivada de la inserción del retrovirus vector cerca de un oncogén. En 2007, cuatro de los diez pacientes habían desarrollado leucemia. El trabajo se está centrando ahora en corregir el gen sin activar un oncogén.

Los tratamientos para SCID han sido la única terapia génica exitosa; desde 1999, la terapia génica ha restaurado el sistema inmunológico de por lo menos 17 niños con dos formas de la enfermedad (ADA-SCID y X-SCID).

La ingeniería genética en humanos se está utilizando ya en pequeña escala para que las mujeres infértiles con defectos genéticos en sus mitocondrias puedan tener hijos.3 Se utilizan óvulos humanos saludables de una segunda madre. El niño concebido de esta manera tiene la información genética de dos madres y un padre.3 Las modificaciones hechas son cambios en la línea germinal por lo que probablemente se transmitirán de generación en generación, y por tanto, son un cambio permanente en el genoma humano.3

Otras formas más avanzadas de ingeniería genética humana siguen siendo teóricas. La investigación de ADN recombinante se realiza generalmente para estudiar la expresión génica y varias enfermedades humanas. Algunas demostraciones drásticas de modificación genética se han hecho con ratones y otros animales, sin embargo, las pruebas en seres humanos generalmente se consideran fuera de los límites éticos. En algunos casos los cambios son causados generalmente por la extracción de material genético de un organismo y su traslado a otras especies.