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En 1910 Alfaro enfrentó exitosamente el peligro de una guerra con Perú por los territorios orientales. En 1911, impulsó a Emilio Estrada como sucesor, asumió el poder y Alfaro dejó el país, el 28 de enero de 1912 Alfaro y otros jefes liberales fueron llevados a Quito y atrozmente asesinados, arrastrados por las calles e incinerados en El Ejido.

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(1906 - 1911) Alfaro intentó un programa político que incluía la institucionalización definitiva del estado laico, conclusión del ferrocarril y la puesta de marcha de medidas para proteger la industria.

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Alfaro impulso la sucesión presidencial de Leonidas Plaza (1901 - 1905), el nuevo gobierno radicalizó las transformaciones estatales anticlericales, pero detuvo las reformas y hasta las expectativas de reformas en el área social, se emitieron las leyes más radicales, como las de matrimonio civil, divorcio y cultos. En 1905 dejó el poder a Lizardo García y a finales de ese año hubo una revuelta militar en Riobamba que derrocó al Gobierno.

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Alfaro vino de su exilio al país y en una rápida campaña militar venció a los conservadores y comenzó su gobierno (1895 - 1901), Alfaro puso en marcha su plan de reforma del Estado.

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A inicios de junio de 1895 había una movilización nacional y hubo varios levantamientos, el principal fue en Guayaquil el 5 de Junio donde se nombró Jefe Supremo a Eloy Alfaro.