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le disporama d'intro avec les méthodes d'évaluation de la biodiversité  (Lairis)

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le disporama d'intro avec les méthodes d'évaluation de la biodiversité  (Lairis)

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Explorer et sensibiliser pour protéger l'Océan | Fondation Tara Océan

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La Fondation Tara Océan explore l'Océan pour mieux le comprendre et partage ses connaissances scientifiques pour une prise de conscience citoyenne Depuis 2003, elle développe une science de l'Océan de haut niveau, avec des laboratoires de recherche d'excellence, pour explorer, comprendre et anticiper les bouleversements liés aux risques climatiques et environnementaux ainsi que les impacts des diverses pollutions.

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tout savoir sur cette étude scientifique hors normes

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Karsenti E, Acinas SG, Bork P, Bowler C, De Vargas C, Raes J, et al.

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Étudier la biodiversité du plancton marin | Tara Oceans

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Un nouveau monde La pêche miraculeuse de plancton jusqu'à 1000 m de profondeur à plus de 200 endroits de notre planète Océan a révélé l'inconnu : nous avons multiplié par plus de 100 les types de virus ADN marins connus, découvert plus de 100 000 espèces de microalgues unicellulaires et révélé près de 150 millions de gènes.

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le plan d'eau de Mormoiron analysé en 2023 par l'option STL et la fondation TARA OCEANS

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le plan d'eau de Mormoiron analysé en 2023 par l'option STL et la fondation TARA OCEANS

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un projet de secondes piloté par Mme Gilles.

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La métagénomique Qu’est-ce que c’est ? Qu’est-ce que c’est? - étude du contenu génétique d’échantillons issus d’environnements complexes et prélevés dans la nature - technique de séquençage et d’analyse d’ADN - séquençage des génomes de multiples espèces dans un milieu donné : Les

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expédition TARA: inventorier la biodiversité

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expédition TARA: inventorier la biodiversité

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exploiter des données obtenues au cours d'explorations scientifiques pour estimer la biodiversité

que la biodiversité se mesure par des techniques d'échantillonnage (spécimens ou ADN)

A partir des documents proposés, expliquer comment les expéditions Tara pratiquant les méthodes d'échantillonnages ainsi que le séquençage d'ADNe permettent d'évaluer la biodiversité d'un milieu marin.

Entre 2009 et 2013, la goélette Tara a permis aux scientifiques d'étudier la biodiversité peu connue du plancton océanique ( accès à la carte) . Ces microorganismes sont indispensables à l'équilibre des écosystèmes marins. Par exemple le plancton végétal (phytoplancton), grâce à la photosynthèse est à la base des chaînes alimentaires et jouent un rôle majeur dans la régulation du climat en absorbant de grandes quantités de CO ₂.

Pendant 4 ans, le navire a sillonné l'ensemble des mers et des océans du globe explorant 154 stations de prélèvements et récoltant 27 000 échantillons traités par 23 laboratoires partenaires. Ainsi, les centaines de scientifiques sont impliqués dans le traitement des données, permettant de faire des découvertes majeures dans la compréhension du plancton.

Actuellement la goélette est encore en activité et mène d'autres expéditions scientifiques (étude du corail, des plastiques océaniques...).

A l'aide de l'interview de Julie Poulain , rédiger un petit texte sur la façon dont ont été collectés les échantillons destinés à la génomique lors de TARA OCEANS.

Les filets permettent d'attraper les organismes plus gros que la taille de la maille (de 5 à 190 µm). Ils sont immergés à différentes profondeurs depuis la surface jusqu'à 1000 m et doivent être soigneusement nettoyés après chaque utilisation.

La pompe péristaltique pompe l'eau entre 10 et 120 m de profondeur, celle-ci est ensuite filtrée dans des tamis et des filtres de plus en plus petits pour séparer les organismes par ordre de taille. Photo N. PANSIOT/TARA EXPÉDITIONS

La rosette CTD ( Conductivity, Temperature, Depth) est un ensemble de 10 bouteilles qui s'ouvrent à des profondeurs différentes pour collecter l'eau jusqu'à 2000 m. Des capteurs associés permettent de mesurer la conductivité, la température, la pression, la salinité, l'oxygène dissous...

Comment attrape-t-on le plancton ?

Qu'est ce qu'une station de prélèvement ?

2./ Les diatomées et copépodes sont des organismes phyto- et zoo-planctoniques très répandus. Ils mesurent en moyenne respectivement 100 µm et 1 mm. Dans quelle catégorie de taille les ranges-tu selon le tableau fourni ?

7./ Explique l'avantage du tripode par rapport à un filet à planc ton classique.

Étape 2 : traiter et analyser les données

Pendant plus de 3 ans, l'expédition Tara Oceans a récolté 35000 échantillons d'organismes planctoniques. La plupart d'entre eux ont été analysé grâce aux techniques méta-génomiques. Plus d'1 milliard de séquences d'ADN ont ainsi été collectées ! Nous vous proposons de travailler avec quelques séquences choisies qui rendront concrètes l'utilisation de l'ADN par les scientifiques. Vous pourrez introduire les séquences dans les comparateurs de base de données et en déduire le type de plancton. Le plancton ramené dans les filets est observé et identifié. Le nombre d'individus d'une population peut alors être estimé. Au milieu des organismes reconnus, de nouvelles espèces sont sans cesse découvertes.

Les ADN présents dans un environnement (eau de mer par exemple) proviennent de nombreuses espèces. Leur séquençage, qui consiste à déterminer l'ordre des nucléotides (A, T, G, C) de l'ADN permet d'identifier les espèces et d'estimer leur abondance.

La biodiversité est donc estimée par deux paramètres :

Tous les organismes vivants laissent dans leur milieu des cellules (cellules de la peau, des gamètes, ...). L'ADN environnemental (ADNe) est un mélange d'ADN intracellulaire provenant de cellules vivantes et d'ADN extracellulaire issu de cellules dégradées. Dans le milieu aquatique, l'ADNe se dégrade en quelques jours : il témoigne de la présence actuelle ou très récente d'une espèce dans le milieu échantillonné. Cette technique permet de détecter la présence d'espèces rares ou difficiles à observer.

Identifier des espèces planctonique à partir de l'ADNe récolté en utilisant le comparateur de données BLAST (Données_ADN_Tara_Stations_20_41_66_109)

Blast est un logiciel qui permet de comparer une séquence d'ADN déterminée à une banque mondiale de données et d'identifier une éventuelle espèce associée. Ainsi on peut c omparer une séquence d'intérêt (inconnue) à une banque de données constituée de milliards de séquences référencées et dont l'espèce d'origine est connue. On peut également déterminer l'identité de cette séquence (" de quelle séquence ma séquence est la plus proche ") : à quelle espèce elle appartient, et quelle est la fonction de cette séquence.

Fiche_Technique_Blast

Cliquer sur " Nucleotide Blast ".

Rentrer la séquence à comparer (ex avec espèce 1) : "gtcgcacctaccgattgaatggtccggtgaggactcgggattgtggtttggctccttcattggggcctgactgcgagaacttgtccgaaccttatcatttagaggaaggtgaagtcgtaacaaggtttcc".

Dans l'onglet " Choose Search Set ", vérifier que " Standard databases (nr etc.): " soit bien sélectionné.

Dans l'onglet " Program Selection sélectionner le programme : "Somewhat similar sequences (blastn) ". ",

Dans l'onglet " Algorithm parameters indiquer 5 " (dessous le bouton Blast), ans " Max matches in a query range d " pour afficher seulement les 5 meilleures correspondances à la séquence inconnue.

Lancer le Blast

Les résultats sont les noms des séquences trouvées dans la base de données qui ressemblent à votre séquence inconnue. Les résultats sont classés par du plus grand au plus petit pourcentage d'identité entre vos séquences inconnues et les séquences ressemblantes. Si on a 100% d'identité, on peut confirmer l'identité de la séquence inconnue. En dessous de 85%, on ne peut rien dire. Un résultat affichant " Uncultured " indique que la séquence alignée n'est pas identifiée.
Lien vers les photos des espèces de plancton trouvés

Retour vers la page sur le recensement de la biodiversité d'un écosystème Pour aller plus loin Lien vers photos mission Tara
La goélette Tara vient de boucler son périple de six mois sur les plus grands fleuves d'Europe. Cette aventure scientifique va permettre de mieux comprendre l'origine de la pollution plastique qui frappe les océans. Chaque année, 8 millions de tonnes de déchets plastiques sont déversées dans les mers.

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Étude d’un exemple : l’expédition Tara

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A la fin de la séance je sais : exploiter des données obtenues au cours d'explorations scientifiques pour estimer la biodiversité que la biodiversité se mesure par des techniques d'échantillonnage (spécimens ou ADN) A partir des documents proposés, expliquer comment les expéditions Tara pratiquant les méthodes d'échantillonnages ainsi que le séquençage d'ADNe permettent d'évaluer la...

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TP 1: échantillonnage de la biodiversité et métagénomique avec TARA 

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TP 1: échantillonnage de la biodiversité et métagénomique avec TARA 

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TP1 consignes

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TP1 fichier de données

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un TP  pour évaluer des populations de champignons et une huile essentielle antifongique. (Lairis)

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un TP  pour évaluer des populations de champignons et une huile essentielle antifongique. (Lairis)

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TP ES evaluation pop quadrats Pelargonium asperum b

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Un logiciel pour effectuer des mesures sur des images.

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la préservation de la biodiversité : notre assurance vie à tous !

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la préservation de la biodiversité : notre assurance vie à tous !

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Insolite : un tunnel pour sauver les crapauds dans le Vaucluse !

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Barrages à bulles contre la pollution acoustique marine

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protéger le monde sous marin de la pollution sonore anthropique

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protéger le monde sous marin de la pollution sonore anthropique

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Barrages à bulles contre la pollution des déchets plastiques

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vous ne pourrez faire que le défi n°1

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TES - Chap. 7 - Evolution de la lignée humaine

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une application pour identifier des séquences génomiques

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une application pour identifier des séquences génomiques

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BLAST: Basic Local Alignment Search Tool

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The Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) finds regions of local similarity between sequences. The program compares nucleotide or protein sequences to sequence databases and calculates the statistical significance of matches. BLAST can be used to infer functional and evolutionary relationships between sequences as well as help identify members of gene families.

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TP 2 : des données de métagénomique pour évaluer la biodiversité (prés de Marseille)

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TP 2 : des données de métagénomique pour évaluer la biodiversité (prés de Marseille)

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Lycopodia hypogea: une éponge carnivore

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TP2: des séquences génomiques des proies de Lycopodina hypogéa

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TP2: des séquences génomiques des proies de Lycopodina hypogéa

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C'est pas sorcier - Les sorciers passent l'éponge... marine!

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Une éponge carnivore, Asbestopluma hypogea, a été découverte dans une grotte sous-marine du littoral provençal, à une profondeur de 15 à 25 mètres. Jean Vacelet, chercheur CNRS de la station marine d’Endoume, explique comment cette éponge normalement abyssale s’est installée dans ce milieu, l’eau de la grotte dans laquelle elle vit étant constamment froide. Cette éponge est observée in situ, mais également en aquarium où elle est élevée afin d’étudier sa physiologie et en particulier son comportement alimentaire. L’éponge capture ses proies (de petits crustacés) à l’aide de crochets et les ingère lentement. Ce comportement est unique, chaque cellule se nourrissant individuellement, en l’absence de cavité digestive. Cette grotte offre aux chercheurs un terrain d’observation exceptionnel, puisque malgré sa faible profondeur elle renferme plusieurs espèces trouvées habituellement dans les fonds abyssaux.

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Joyez SVT - Séquences Vidéos Thématiques

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QCM 3.2.2 prophylaxie et pratiques agricoles (eleve)

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questionnaire : prophylaxie dans le domaine  médical

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questionnaire : prophylaxie dans le domaine  médical

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le concept une seule santé (dipao intro) b

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le castor : un animal à forte valeur éthique

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le castor : un animal à forte valeur éthique

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le castor d'europe et son environnement (sujet eleve)

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le castor, un allié contre les catastrophes climatiques 

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le castor, un allié contre les catastrophes climatiques 

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Le saviez-vous ? Les castors sont d'incroyables ingénieurs en environnement

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le castor provoque des inondations dans les Ardennes

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le castor provoque des inondations dans les Ardennes

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À cause de leurs barrages, des castors provoquent des inondations à quelques mètres d'habitations

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les types de microorganismes, leur multiplication, la prévention

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3.1 biodiversité evolution (diapo cours complet)

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la correction des exos du manuel Magnard

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la correction des exos du manuel Magnard

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T ES correction exos p176 à 181 (la biodiversité et son évolution)

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MOOC Les origines de l'Homme  - Sujet 2.3 : Qui est le premier Homme ?

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Homo sapiens ? ses spécificité , ses origines

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Homo sapiens ? ses spécificité , ses origines

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MOOC Les origines de l'Homme - Sujet 5.1 : Aux origines d'Homo sapiens

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MOOC Les origines de l'Homme - Sujet 5.2 : Nous voilà partis, à pied, peupler la planète

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Hs: nomade puis agriculteur puis citadin

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Hs: nomade puis agriculteur puis citadin

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MOOC Les origines de l'Homme - Sujet 5.3 : Nomades, puis agriculteurs, puis citadins 1/2

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une animation qui positionne les principaux fossiles de la lignée humaine

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lien Homme Chimpanzé et place de l'homme chez les primates

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lien Homme Chimpanzé et place de l'homme chez les primates

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Leprofduweb : Retrouve-nous sur notre site

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SVT - Terminale : Un comparatif génétique entre homme et singe

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fiche de méthode et exercice (lairis)

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la fiche de réponses pour le TP (Lairis)

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fragmentation territoire conséquences et solutions (eleve)

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la fiche de consignes pour geoportail

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le lien pour visualiser la fragmentation des territoires

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la fiche de consignes pour la modélisation "dérive génétique"

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comment et pourquoi préserver la biodiversité des cultures

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comment et pourquoi préserver la biodiversité des cultures

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Pourquoi faut-il préserver la biodiversité des plantes cultivées ? (Marc-André Selosse)

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Samedi 8 Mai 21:45 - Les nouveaux guerriers des champs -

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Dans une région de France, le temps d'une saison agricole, une caméra va déambuler et observer au plus près, jour après jour, l'action de ces nouveaux guerriers des champs que sont les bio-protecteurs. Invertébrés, insectes et acariens d'un côté, champignons, bactéries, virus de l'autre...

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quand l'agriculture favorise la biodiversité 

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quand l'agriculture favorise la biodiversité 

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Observatoire agricole de la biodiversité (OAB)
Créé en 2009 à l'initiative du ministère de l'agriculture, l'Observatoire agricole de la biodiversité (OAB) a pour objectif de combler le manque d'indicateurs de suivi de l'état de la biodiversité en milieu agricole et de rendre les agriculteurs plus sensibles à ses enjeux.
Initié dans le cadre de la stratégie nationale pour la biodiversité, il s'agit d'un programme de sciences participatives qui impliquait, en 2018, plus de 400 exploitations agricoles et près de 1 200 parcelles. De nombreux organismes, variés (chambres d'agriculture, lycées agricoles, associations locales) animent des réseaux régionaux. Les agriculteurs participants utilisent différents protocoles (sur les papillons, les invertébrés terrestres, les vers de terre et les pollinisateurs) puis transmettent leurs observations au muséum national d'histoire naturelle, qui assure l'animation nationale en lien avec l'APCA et le ministère de l'agriculture.
Pour en savoir plus : RMT Biodiversité et Agriculture
Le réseau mixte technologique (RMT) " biodiversité et agriculture ", labellisé pour la période 2014-2018, a pour objectif de contribuer au développement et à la promotion de systèmes agricoles respectueux de l'environnement, fondés sur la biodiversité et les régulations naturelles qu'elle favorise, afin de répondre aux grands principes de l'agro-écologie.
En réponse aux politiques actuelles (projet agro-écologique, stratégie nationale pour la biodiversité, etc.), ce RMT doit constituer une plate-forme nationale de référence sur les liens entre la biodiversité et l'agriculture. Grâce à la diversité de ses partenaires, le RMT vise à devenir un lieu d'interactions et de partage entre acteurs évoluant dans des sphères encore cloisonnées.
Pour en savoir plus : PAC et biodiversité
La PAC soutient les pratiques agricoles favorables à la biodiversité, en particulier les mesures de verdissement (par exemple le dispositif des surfaces d'intérêt écologique), la conditionnalité (par exemple la préservation des haies) et le développement rural avec les mesures agro-environnementales et climatiques, le soutien à l'agroforesterie et le financement de mesures de protection des élevages concernés par la présence de grands prédateurs.
Agroforesterie
L'agroforesterie est un mode d'exploitation des terres agricoles associant arbres et cultures ou pâturages. Contrairement à certaines idées reçues, la cohabitation entre arbres et cultures au sol ne nuit pas à la productivité des terres ; au contraire, elle l'améliore en augmentant leur fertilité et la biodiversité environnante. Il s'agit donc de pratiques très productives puisqu'elles utilisent au maximum le potentiel des sols.
Journée nationale agroforesterie
Dans le cadre de la mise en œuvre du projet agro-écologique, le ministère de l'Agriculture, en collaboration avec le réseau mixte technologique (RMT) " AgroforesterieS " (cf. infra), organise des journées nationales. La dernière a eu lieu le 18 décembre 2018 et a porté sur le thème " Agroforesterie et changement climatique ".
Pour en savoir plus : RMT AgroforesterieS
Le RMT " agroforesterieS " concerne le développement des systèmes agroforestiers, modèles associant arbres et systèmes de production agricole. Il permet de consolider et coordonner les synergies entre les acteurs de la recherche, du développement et de la formation. Il synthétise et porte à connaissance les résultats des travaux systémiques et thématiques liés à ces pratiques. L'animation, financée par le Casdar, en est assurée par la chambre d'agriculture du Loir-et-Cher.
Agriculture et paysage
L'agriculture tient une place importante dans la qualité et la diversité des paysages français. Le rôle des agriculteurs dans la création et la gestion des paysages a d'ailleurs été reconnu dans la loi d'orientation agricole de 1999. La loi d'avenir pour l'agriculture, l'alimentation et la forêt du 13 octobre 2014 confirme la prise en compte des paysages dans les politiques agricoles. Un exemple en est le renforcement de la préservation des espaces agricoles.
La qualité des paysages ruraux est toutefois menacée par le phénomène de l'étalement urbain qui déstructure les paysages, par certaines pratiques agricoles qui tendent à les banaliser ou par des phénomènes de déprise agricole qui les ferment.
Les orientations données à l'agriculture pour qu'elle contribue au développement durable des territoires remettent au cœur du projet agricole la question de la restructuration du paysage comme outil pour mettre en place des systèmes de production agricole orientés vers l'agro-écologie en valorisant des ressources naturelles et humaines locales. Le paysage contribue à la qualité du cadre de vie des populations. Il joue en outre un rôle majeur dans l'attractivité touristique de nos régions.

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Les agriculteurs, gardiens de la biodiversité en milieu agricole

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En France, l'importance des surfaces agricoles explique les liens particulièrement étroits qui existent entre l'agriculture et la biodiversité dans ses trois dimensions : la diversité génétique, celle des espèces et celle des écosystèmes. Les agriculteurs possèdent, par leurs pratiques, les clefs du maintien de la biodiversité en milieu agricole, biodiversité qui est un outil au service d'une agriculture économiquement performante et respectueuse de l'environnement.

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une animation informative sur les antibiotiques

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une animation informative sur les antibiotiques

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La meilleure protection c’est la vaccination

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des rappels pour partir sur de bonnes bases

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structure ADN , variabilité et transmission de la diversité

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cliquer sur "voir sur youtube"

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Vaccination et sytème immunitaire | AFP Animé

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pour acceder à l'application de Ph. Cosentino

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Un modèle diploïde pour enseigner la dérive génétique.

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les vidéos pour comprendre les aménagements limitant les impacts de la fragmentation des territoires

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les vidéos pour comprendre les aménagements limitant les impacts de la fragmentation des territoires

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les réservoirs et les corridors biologiques

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les réservoirs et les corridors biologiques

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késako ?

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les trames vertes, bleues, brunes et noires 

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les trames vertes, bleues, brunes et noires 

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kesako ?

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Les trames écologiques : des bénéfices multiples pour les humains

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Des connexions naturelles vitales pour les territoires

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Des structures prés  de chez nous pour la gestion de l'environnement 

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Des structures prés  de chez nous pour la gestion de l'environnement 

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(Mme Lairis)

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des structures locales de gestion du territoire

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pour réviser

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SVT - 2nde 1ère Terminale - Les mécanismes de l'évolution

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à travers les défenses des éléphants

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Les éléphants sans défenses, un conte pour comprendre l'évolution

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QCM formatif pour préparer le cours en révisant les acquis 

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QCM formatif pour préparer le cours en révisant les acquis 

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ADN, gènes ,allèles, evolution

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Diaporama animé sur l'équilibre de Hardy Weinberg

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Diaporama animé sur l'équilibre de Hardy Weinberg

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J'ai utilisé quelques clip-arts issus du site http://cliparts.co
Je me suis aussi fortement inspiré d'une production en anglais d"Amoeba Sisters" sur la troisième diapo.

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équilibre de Hardy Weinberg

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Ens. scientifique de terminale générale.

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Ce livret [color=#1551b5]GeoGebra[/color] fournit une collection de ressources numériques pour l'enseignement scientifique de la classe de Terminale ...

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la classification du vivant en introduction

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la classification du vivant en introduction

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des notions de base et un QCM corrigé

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comment etablir des liens de parenté (diapo intro)

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Vidéo méthode Capture marquage recapture

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Vidéo méthode Capture marquage recapture

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CMR - Capture, Marquage, Recapture ! (Enseignement Scientifique en Terminale)

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pour acceder à l'application "capture/marquage/recapture"

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Ens. scientifique de terminale générale.

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Ce livret [color=#1551b5]GeoGebra[/color] fournit une collection de ressources numériques pour l'enseignement scientifique de la classe de Terminale ...

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pour préciser un concept complexe

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Comparaison de l'anatomie humaine et du chimpanzé

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Cliquer sur les différentes zones des squelettes pour faire apparaître leurs caractéristiques.

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intro au chapitre

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pourquoi un radius si fin chez l'homme?

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vers l'oeil des vertébrés

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superbes images et commentaire s en anglais, mais on peut mettre des soustitres

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Watch: How Animals and People See the World Differently | National Geographic

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sympa mais sans explication scientifique

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un trajet étonnant hérité de nos ancêtres poissons

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Au détour d'un nerf - Castor Mother #04 - String Theory

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l'estimation d'une proportion d'individus dans une population

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l'estimation d'une proportion d'individus dans une population

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l'intervalle de confiance

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intervalle de confiance : Cours - comment estimer une proportion à partir d'une fréquence

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vidéo d'intro "ES-tle- magnard" p165

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les posts "blancs" sont la base exigible

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les posts "blancs" sont la base exigible

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donc à consulter obligatoirement !

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les posts diaporama de cours sont liés à chaque prof

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les posts diaporama de cours sont liés à chaque prof

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ils sont donc liés aux séances réalisées en classe....mais consultables par tous !

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donc à regarder ou pas ...

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l'arbre du vivant sur le site de l'université de Lyon

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l'arbre du vivant sur le site de l'université de Lyon

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pour rechercher un organisme dans la classification générale

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Lifemap is an interactive tool to explore the WHOLE NCBI TAXONOMY. The concept used in Lifemap is similar to the one used in cartography with tools like Google Maps© or Open Street Maps: exploring is done by zooming and panning.

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la place de l'homme au sein du vivant (DM intro)

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RTS Découverte - Pourquoi les hommes ont-ils des tétons? - Play RTS

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Play RTS vous permet de visionner ou d'écouter de nombreuses émissions tv ou radio, quand et aussi souvent que vous le souhaitez.

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le suivi de la biodiversité en zone natura 2000

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le suivi de la biodiversité en zone natura 2000

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chez nous !

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un tutoriel pour le logiciel phylogène (version "j'ai confiance en moi !")

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un tutoriel pour le logiciel phylogène (version "j'ai confiance en moi !")

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établir des arbres phylogènétiques

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un tutoriel pour le logiciel phylogène (version "je ne suis pas sûr(e)")

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un tutoriel pour le logiciel phylogène (version "je ne suis pas sûr(e)")

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établir des arbres phylogènètiques

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comparaison de molécules

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Ministère de l'Education Nationale et de la Jeunesse

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Afin de vous accompagner tout au long de vos années de première et terminale générale et technologique, une banque nationale de sujets est mise à votre disposition.

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et pourquoi pas ....