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A flora que forma o habitat das 650 espécies de aves, 1100 borboletas, 80 mamíferos, 263 peixes e uma infinidade de répteis também não deixa a desejar.
Em altitudes maiores, o clima árido e seco torna a paisagem parecida com a da caatinga, apresentando espécies típicas como o mandacaru, plantas aquáticas, piúvas (da família dos ipês com flores róseas e amarelas), palmeiras, orquídeas, figueiras e aroeiras. Já em altitudes menores figuram os campos destinados à agropecuária onde predominam as gramíneas.
É uma área que sofre grande incidência de cheias e secas. Durante a seca os campos se tornam amarelados e constantemente a temperatura desce a níveis abaixo de 0 °C, e registra geadas. A camada de lodo nutritivo que fica no solo após as cheias permite o desenvolvimento de uma rica flora. Em áreas em que as inundações dominam, mas ficam secas durante o inverno, aparecem vegetações como a palmeira carandá e o paratudal.

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A vegetação aquática é bem característica com a presença de batume, plantas flutuantes como o aguapé e a salvínia. Essas plantas são carregadas pelas águas dos rios e juntas formam verdadeiras ilhas verdes, que na região recebem o nome de camalotes. Há ainda no Pantanal áreas com mata densa e sombria. A palmeira acuri forma uma floresta de galerias com outras árvores, como o pau-de-novato, a embaúba, o jenipapo e as figueiras, além da presença de árvores como o angico, ipê e aroeira.
A área sofre ameaça da grande produção pecuária, muito favorecida pela abundância de água levemente salgada (ideal para criação de gado) e pelo espaço quase sempre plano com uma altitude média de 100 m apenas. Além da criação bovina, a mineração e a indústria siderúrgica em Corumbá têm levantado controvérsias em assuntos ambientais.

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Rosa-do-deserto - Adenium obesum
Seu caule é engrossado na base, uma adaptação para guardar água e nutrientes em locais áridos. Alcança de 1 a 3 metros de altura se deixada crescer livremente. Apresenta folhas dispostas em espiral e agrupadas nas pontas dos ramos. Elas são inteiras, coriáceas, simples, de forma elíptica a espatulada, verdes e com nervura central de cor creme. Raríssimas variedades apresentam variegações, com folhas creme, salpicadas de verde.

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Ypê - Handroanthus avellanedae
Características: O ipê roxo é uma espécie com 20-35 m de altura e tronco com 60-80 cm de diâmetro. As folhas são compostas palmadas, 5-folioladas e os folíolos, quase glabros, possuem de 5-13 cm de comprimento por 3-4 cm de largura. As flores são reunidas em inflorescências terminais, com coloração roxa e, raramente, branca. Os frutos são vagens que contêm sementes aladas, próprias para a dispersão pelo vento.

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Abacateiro -  Persea - gratissima
Características: Árvore frutífera, perene, frequentemente encontrada nos quintais das casas e em propriedades rurais. Pode atingir até 20 metros de altura, tem copa densa e desenho tradicional. As folhas, de tom verde-musgo, de ovais a lanceoladas, medem de dez a 30 centímetros de comprimento. As flores, por sua vez, são hermafroditas (possuem os dois sexos) e a polinização ocorre principalmente por insetos e abelhas. Já os frutos variam de tamanho, formato e cor.

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Açoita cavalo - Luehea divaricata
Características: Árvore pioneira de baixo a médio porte, 8 a 10 metros de altura, bastante rústica. Folhas trinervadas, duras e ásperas, de onde deriva seu nome. Flores vistosas, com tons de amarelo a rosa. Fruto que se abre expondo inúmeras sementes aladas, de fácil germinação.