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Blancas Soto, Estefani (15100028)
Hinojosa Enciso, Elthon (17100117)
Ramirez Quispe, Jefferson (18100032)
Rivas Yopan, Mery Angie (16100118=

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Arquitectura de la cromatina de interfase a profase, formación de isocoros y coalescencia 

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Arquitectura de la cromatina de interfase a profase, formación de isocoros y coalescencia 

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Según lo propuesto anteriormente los isocoros L1, L2 y H1 formarían parte de los dominios, y, H1 y H2 formaría parte del límite. Podemos ver que la presencia de proteínas arquitectónicas son importantes durante el proceso de plegamiento de la cromatina, en la formación de bucles y a su vez sirven como indicados de los límites entre las regiones ricas en genes y las pobres en genes (límites - dominio). Si se observa el proceso desde la profase temprana podemos ver que las proteínas arquitectónicas se retienen en la transición de la interfase, a medida que la fibra se pliega vemos cómo se forman regiones de bucle simple y de bucle múltiple que representaría bandas isócoras R y G respectivamente. Durante el proceso de coalescencia de las bandas (a medida que progresa el ciclo celular) vemos como 3 bandas diferentes pasan a fusionarse y toman la denominación de la banda más representativa siguiendo la regla de la mayoría.

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Arquitectura de la cromatina de interfase a profase, formación de isocoros y coalescencia 

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Arquitectura de la cromatina de interfase a profase, formación de isocoros y coalescencia 

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Coalescencia de bandas desde profase temprana a metafase 

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Coalescencia de bandas desde profase temprana a metafase 

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Fusión de varias bandas, desde isocoros en profase temprana, macroisocoros en prometafase y megaiscoros en metafase. Las nuevas bandas formadas en cada fase luego del proceso de coalescencia siguen una regla, "regla de la mayoría" en la que como vemos de ejemplo: de B a C, para la formación de la banda Gq21 en metafase, previamente en prometafase habían 3 bandas, dos G y una R, que por regla de mayoría luego de la coalescencia forma una banda G.

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Cromatina se divide en 5 grupos:
Azul, verde y negro, regiones heterocromáticas o de cromatina reprimida, de replicación tardía.
Rojo y amarillo, regiones de cromatina activa y de replicación temprana.

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Se encontraron varios estados de cromatina que se clasifican en 5 grupos:
Estado reprimido y Estado asociado a repetición que reúnen características del desierto del genoma
Estado asociado al promotor, Estado asociado a la transcripción y Estado intergénico activo, reúnen características del núcleo del genoma.

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En el genoma hay regiones denominadas dominios que en ocasiones se asocian a la lámina nuclear como Dominios asociados a lámina (LAD), LAD constitutivos (cLAD) y Dominios asociados a topología (TAD), todos pobres en genes, con marcas represivas y bajo contenido GC.
Las regiones de los límites de los dominios antes nombrados como inter LAD constitutivos (ciLAD) o límite de dominios topológico por lo general se encuentran asociadas a proteínas arquitectónicas como CTCF, son ricas en genes y alto contenido GC

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El genoma está dividido en dos compartimentos
A de cromatina abierta análogo al núcleo del genoma
B de cromatina cerrada análogo al desierto del genoma

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Familias: L1, L2 y H1, H2 y H3
Las familias L son de bajo contenido GC y las familias H de alto contenido GC.
L1, L2 y H1 son regiones de cromatina cerrada, tienen baja densidad de genes y son denominadas desierto del genoma y representan el 86% del genoma.
H2 y H3 son regiones de cromatina abierta, tienen alta densidad de genes y se denomina núcleo del genoma

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Se requiere una visión holística para comprender los cambios que ocurren a lo largo del proceso dinámico de ordenamiento, arquitectura, función y organización del genoma.

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El genoma es un conjunto integrado y hay una nueva frontera en cuanto a los niveles de organización: los isocoros.

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Arquitectura de la cromatina en interfase

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Arquitectura de la cromatina en interfase

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Se han propuestos muchas formas de estudiar los cambios de la arquitectura de la cromatina durante el ciclo celular. Si bien estos enfoques no siempre superponen, todos plantean las misma idea, que en el genoma se pueden distinguir dos regiones, una rica en genes y otra pobre en genes.

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Existe una relación estructura función en cuanto a la organización del genoma y arquitectura cromosómica.

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El ciclo celular está constituido por cambios reversibles.

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Las proteínas arquitectónicas y estructurales no histónicas cumplen un rol fundamental en la organización del genoma interfásico, el cual ha sido de gran dificultad dilucidar considerando que era un evento estocástico su organización. No habría sido posible estos avances gracias al desarrollo de las tecnologías de 3C y derivados.

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La CTCF es una proteína plegadora maestra que se encarga moldear el genoma de modo que el potenciador y el promotor interactúan para dar inicio o inhibir a la expresión.

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La cohesina mantiene a las cromátides juntas hasta que la separasa actúa y corta la cohesina, de este modo las cromátides migran hacia cada polo. Las cohesinas son "reciclables".

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Modelo de estructura cromosómica de metafase a interfase

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Modelo de estructura cromosómica de metafase a interfase

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La vida no puede existir en el caos y es que pequeños cambios en la cromatina interfásica repercuten en la cromatina metafásica y viceversa. Se propone que las proteínas no histónicas cumplen un rol fundamental.

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El genoma se divide en 6 regiones por diferencias de metilación.
B1, B2, B3 y B4 (este último solo en cromosoma 19) heterocromáticas y de replicación tardía.
A1 y A2 ricos en genes, de replicación temprana y alta expresión.

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Se requiere replantear y cuestionar los modelos aceptados de la estructura cromosómica en la metafase.

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En los isocoros tipo H escasean las regiones ricas en AT por lo que la validación del modelo de sitio de unión a estos andamios se vería comprometida.

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Al retirar los ácidos nucleicos, el "andamio" perdía integridad; era más una serie de salchichas que una viga rígida consecutiva.

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Modelo de estructura cromosómica en metafase

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Modelo de estructura cromosómica en metafase

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El modelo más aceptado es el de un andamio proteico (marcado de color rojo y verde) embebido entre cromatina (marcado de color azul).