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Graphical abstract nsP2 from Chikungunya

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Graphical abstract nsP2 from Chikungunya

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Esquema de cores - color-blind-friendly  (Deisiane)

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Esquema de cores - color-blind-friendly  (Deisiane)

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My default colour scheme for qualitative data is the bright scheme in Fig. 1. Colour coordinates ( R,G,B) are given in the RGB colour system (red R, green G and blue B), decimal at the top and hexadecimal below. An alternative when fewer colours are enough is the high-contrast scheme in Fig. 2, which also works when converted to greyscale. A second alternative is the vibrant scheme in Fig. 3, designed for data visualization framework TensorBoard. A third alternative is the muted scheme in Fig. 4, which has more colours, but lacks a clear red or medium blue.

Figure 1: Bright qualitative colour scheme that is colour-blind safe. The main scheme for lines and their labels.

The bright, high-contrast, vibrant and muted schemes work well for plot lines and map regions, but the colours are too strong to use for backgrounds to mark (black) text, typically in a table. For that purpose, the pale scheme is designed ( Fig. 5, top). The colours are inherently not very distinct from each other, but they are clear in a white area. The dark scheme ( Fig. 5, bottom) is meant for text itself on a white background, for example to mark a large block of text. The idea is to use one dark colour for support, not all combined and not for just one word.

Figure 5: Pale and dark qualitative colour schemes where the colours are not very distinct in either normal or colour-blind vision; they are not meant for lines or maps, but for marking text. Use the pale colours for the background of black text, for example to highlight cells in a table. One of the dark colours can be chosen for text itself on a white background, for example when a large block of text has to be marked. In both cases, the text remains easily readable (see Fig. 9).

There are situations where a scheme is needed between the bright and pale schemes, for example ( Fig. 9) for backgrounds in a table where more colours are needed than available in the pale scheme and where the coloured areas are small. For this purpose, the light scheme of Fig. 6 is designed.

Figure 6: Light qualitative colour scheme that is reasonably distinct in both normal and colour-blind vision. It was designed to fill labelled cells with more and lighter colours than contained in the bright scheme of Fig. 1, using more distinct colours than that in the pale scheme of Fig. 5 (top), but keeping black labels clearly readable (see Fig. 9). However, it can also be used for general qualitative maps.

Colour names have been added to the scheme definitions as mnemonics for the maker of a figure, not necessarily for use in text: a reader should not have to guess what olive looks like. Colours are identified uniquely by their names within the collective of the bright, pale, dark and light schemes, whereas the high-contrast, vibrant and muted schemes reuse some names for different colours.

The colours within a qualitative scheme are given in order of changing hue (or luminance in the case of the high-contrast scheme), but the colours can be picked at random. Often, a data type suggests an appropriate choice or similar data types can be grouped by giving them similar colours. If the colours have to be picked in a fixed sequence, a good order for each scheme is as follows.

Examples of the use of the qualitative schemes are given in Figs. 7 and 8 for lines of the Tokyo metro and in Fig. 9 for cell backgrounds and text blocks.
Figure 7: Metro lines in Tokyo coloured using the bright, high-contrast, vibrant and muted scheme.

Figure 8: Metro lines in Tokyo coloured using the light scheme, showing that the light scheme is not meant for lines on a white background (see Fig. 9).

Figure 9: Examples of filling labelled cells. The pale colour scheme can be used for most cases: large patterns with few colours. The highlighting works while the text remains easily readable. The light colour scheme is better when more colours are needed or the colours need to be more distinct, for example when the areas with one colour are small. Note that if the colours were darker, the small print would become difficult to read, while this scheme is much lighter than the schemes for lines (see Fig. 8). This caption is set in dark green, which is distinct from black but still easily readable.

The application to maps is shown in Fig. 10. It is a stylized variation of the diagnostic map used by the ColorBrewer website. In one area, all colours are shown in a random pattern. In other areas, basically one colour is shown, but with one small area of each other colour included. This indicates how well the colours within a scheme are identifiable when all of them are used.

Figure 10: From top to bottom, diagnostic maps for the bright, high-contrast, vibrant, muted and light qualitative schemes, given in Figs. 1, 2, 3, 4 and 6, respectively. For each scheme, the section at the left contains all colours, while each of the other sections contains one colour with one diamond of each other colour. This tests how well the colours are identifiable.

The design of the qualitative schemes involved four types of calculations:

for the distance between colours the CIEDE2000 colour difference ΔE ₀₀ is used;

red-blind and green-blind vision is simulated by the method described later;

colours with the same product of saturation S and value V in the HSV colour system (same vividness) match well together;

colours are called print-friendly if they are within the CMYK gamut provided by colour profile ISO Coated v2 300 % (discussed below).

To reduce the number of calculations without much loss of choice, only websmart colours were considered, meaning the hexadecimal RGB coordinates are only 00, 11, ..., FF.
All colours on this site are defined in sRGB colour space, the default used by most software and displays. Printers work in a different colour space that also varies from model to model. When they conform to international standard ISO 12647-2 and the exact printing conditions are not known beforehand, it is recommended to assume the CMYK colour space provided by colour profile ISO Coated v2 300 %. All scheme colours are taken from the overlap between this and the sRGB colour spaces. Individual printers may deviate, probably not so much that colours become unrecognizable, but enough to push some colours closer together. However, it is not possible to take individual printers into account.

The Netherlands Standardization Institute NEN has issued a code of practice which includes a recommended scheme with eight colours, three greys and white. The colours are bright, but differences between them in colour-blind vision are often much smaller than the smallest difference in the bright, vibrant or muted schemes, two colours are not print-friendly and they cannot be quoted without infringing copyright.

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My default colour scheme for qualitative data is the bright scheme in Fig. 1. Colour coordinates ( R,G,B) are given in the RGB colour system (red R, green G and blue B), decimal at the top and hexadecimal below. An alternative when fewer colours are enough is the high-contrast scheme in Fig.

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simulador de visão em paleta de cores (Deisiane)

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simulador de visão em paleta de cores (Deisiane)

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This interactive visual tool lets you see how accessible your color palettes are to viewers who are colorblind.

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Contribute to DeisianeFernanda/BGCBacillaceae development by creating an account on GitHub.

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Tentativa de imagem com a tabela extremophiles (Deisiane)

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Tentativa de imagem com a tabela extremophiles (Deisiane)

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Perspectives and challenges on the efficacy of natural compounds

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Holistico e as mãozinhas também não ajudam

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Holistico e as mãozinhas também não ajudam

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Vejam como a escolha de cores prejudica um gráfico excelente

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Graphical Abstract versão 6 - Bárbara (1)

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Inclusion of a flowchart in methodology

Started writing the review

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Perspectives and challenges on the efficacy of natural compounds

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First version of finished draft.

Some figures still need some small tweaks.

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Table 2 - Methodology - under construction

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Table 2 - Methodology - under construction

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Graphical Abstract versão 6 - Bárbara (1)

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Table S_ - extremófilos (melhorada) - Deisiane

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Table S_ - extremófilos (melhorada) - Deisiane

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Resolução dos clados (piloto) - Deisiane

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Resolução dos clados (piloto) - Deisiane

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Draft (Abstract + intro + methodology) - Deisiane

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Draft (Abstract + intro + methodology) - Deisiane

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Final section of results and discussion was added, but there's still some room for content.

Conclusion was added to the manuscript.

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Abstract + intro + methodology ready to read - Deisiane

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Abstract + intro + methodology ready to read - Deisiane

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Abstract melhorado e corrigido o que foi sugerido

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(Deisiane) phylogeny draft (first version)

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(Deisiane) phylogeny draft (first version)

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Draft was reviewed for spelling and grammar errors. Besides that, vocabulary was improved to more adequate words and to be less repetitive. The fluidity of the text was also improved by the usage of connectives.

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Graphical Abstract - 4th version - Bárbara

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Graphical Abstract - 4th version - Bárbara

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title

abstract (need ideas)

table 1 with new columns

Paragraphs

Add references

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Graphical Abstract - 3rd version- Bárbara

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Graphical Abstract - 3rd version- Bárbara

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Introduction 2nd version - (Table 1 finished)

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Introduction 2nd version - (Table 1 finished)

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Manuscrito com melhoramentos (introduction + materials and methods) (Deisiane)

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Manuscrito com melhoramentos (introduction + materials and methods) (Deisiane)

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Tentativa de Graphical abstract (CERTO) - Deisiane

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Tentativa de Graphical abstract (CERTO) - Deisiane

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Tentativa de graphical abstract (Deisiane)

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Tentativa de graphical abstract (Deisiane)

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Atomic resolution of short-range sliding dynamics of thymine DNA glycosylase along DNA minor-groove for lesion recognition

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Abstract. Thymine DNA glycosylase (TDG), as a repair enzyme, plays essential roles in maintaining the genome integrity by correcting several mismatched/dam

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Draft with figures 1 to 4 written until section 3.3.

To do:

Adjust font size from all figures to be more harmonic and uniform

Write Section 3.4 and conclusion.

Make Figure 5 from Section 3.4.

The plan is to finish everything until next thursday!

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introdução quase melhorada e metodologia final

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Graphical Abstract - 2nd version - Bárbara

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Graphical Abstract - 2nd version - Bárbara

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Graphical Abstract versão 2 - Bárbara (1)

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Draft with new figures

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objectives and refencial theoretical done

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Materials and Methods  (until now) - Bárbara

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Materials and Methods  (until now) - Bárbara

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Graphical Abstract - Bárbara (1st version)

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Metodologia - Projeto de dissertação Mestrado - Bárbara

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Metodologia - Projeto de dissertação Mestrado - Bárbara

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1. Obtenção dos compostos com potencial bioativos

O nosso grupo de pesquisas faz parte do INCT – Probiam Pharmaceuticals Amazônia (Instituto Nacional de Ciência e Tecnologia - Prospecção de biocompostos amazônicos com potencial ação contra agentes infecciosos emergentes e/ou resistentes para obtenção de produtos farmacêuticos), em parceria com outras universidades. Os compostos serão enviados pela Universidade Federal do Pará (UFPA), onde estão sediados o Laboratório de Biotecnologia e Bioprocessos e o Laboratório de Engenharia de Processos de Conversão de Biomassa e Resíduos: Sustentabilidade, Biorrefinaria, Bioenergia e Bioprodutos, que estão trabalhando para produzir, caracterizar e padronizar insumos com a finalidade de desenvolvimento de pesquisas focadas em formulações farmacêuticas a partir de biocompostos provenientes da Amazônia.

2. Cultivo in vitro de T. vaginalis

Será utilizado o isolado padrão da American Type Culture Collection (ATCC) 30236, e também isolados clínicos frescos de T. vaginalis, que são provenientes do Laboratório de Análises Clínicas e Toxicológicas da Faculdade de Farmácia da UFRGS (autorização CEP/UFRGS número: 18923). Os isolados clínicos estão criopreservados a -80 e -196°C no banco de isolados de T. vaginalis do nosso grupo, e serão descongelados somente no momento do experimento, se mantendo viáveis para uso no máximo por 15 dias. Os trofozoítos serão cultivados no meio trypticase-extrato de levedo-maltose (TYM) (DIAMOND, 1957), pH 6,0, suplementado com 10% de soro bovino adulto (SBA) estéril inativado e penicilina/estreptomicina, e mantidos em condições microaerófilas a 37°C. As culturas em fase de crescimento logarítmica que apresentarem trofozoítos viáveis (motilidade e morfologia normais) serão utilizadas para realização dos experimentos.

3. Screening de atividade anti- T. vaginalis dos insumos provenientes da Amazônia

A atividade anti- T. vaginalis dos insumos será testada frente a ATCC 30236, em triplicata. Será utilizado o DMSO como veículo para solubilizar os compostos na concentração final de 0,6%. Serão ajustadas as triplicatas de cultura de T. vaginalis, previamente realizadas no dia anterior ao experimento, para a densidade de 2,0 x 105 trofozoítos/mL, no dia do experimento. O ensaio será realizado em placas de micro titulação de 96 poços com 50 uL de cada composto solubilizado com DMSO, e 150 uL de cultura padronizada contendo T. vaginalis. Após 24h de incubação a 37ºC em incubadora de 5% de CO2, a viabilidade dos trofozoítos será analisada por contagem em hemocitômetro, utilizando o corante de exclusão Azul de Tripano (0,4%). Serão feitos 2 controles: controle positivo de T. vaginalis, utilizando meio de cultura TYM no lugar da solução com composto, e controle de veículo, utilizando uma solução com DMSO a 0,6% e meio de cultura TYM.

Para os próximos experimentos, serão utilizados os compostos que reduziram a viabilidade dos trofozoítos em 100% no screening inicial, descrito neste item.

4. Determinação de MIC e IC50

Os experimentos serão realizados in vitro, através de diluição seriada. Os trofozoítos serão incubados com os compostos em placas de micro titulação de 96 poços, pelo tempo de 24h a 37ºC, em incubadora com 5% de CO2. Será realizada a quantificação da viabilidade dos trofozoítos por meio de através contagens em hemocitômetro, utilizando o corante de exclusão Azul de Tripano (0,4%). A viabilidade será avaliada como a porcentagem de trofozoítos viáveis em comparação ao controle negativo (que contém 100% de trofozoítos viáveis). O valor de MIC será obtido após incubação em meio TYM livre de compostos e avaliação do crescimento dos trofozoítos até 120h. O valor de IC50 será definido através do software GraphPad Prism6, através do modelo de regressão não linear.

5. Análise da cinética de crescimento de T. vaginalis

Para a análise da cinética de crescimento do parasito, frente aos compostos bioativos, será utilizado o isolado ATCC 30236 cultivado em meio TYM contendo o composto ativo na concentração correspondente de CIM, determinada previamente. O número de trofozoítos será contado em hemocitômetro com o corante Azul de Tripano (0,4%) nos tempos 2, 4, 6, 8, 12, 24, 48, 72, 96 e 120 horas, considerando motilidade e morfologia normais, e será expresso como número de trofozoítos/mL.

6. Análise de toxicidade dos compostos bioativos em eritrócitos humanos

Para a determinação da toxicidade dos compostos em eritrócitos, será utilizado o protocolo descrito em Hübner et al., 2016. Os eritrócitos serão obtidos a partir de sangue heparinizado provenientes de doadores humanos saudáveis (CEP n°___). Uma suspensão a 1,0% de eritrócitos será preparada e será incubada com os compostos no valor de IC50 durante o tempo de 1h e 24h. Será coletado o sobrenadante e medida a absorbância em espectrofotômetro no comprimento de onda de 540 nm. Os resultados serão expressos em porcentagem de hemólise de cada amostra testada e serão comparados a 100% de hemólise causada pelo controle positivo (Triton X-100 1%).

6.1 Obtenção das amostras de sangue

Amostras de sangue humano fresco serão coletadas de participantes saudáveis, com idade entre 18 e 60 anos, utilizando heparina como anticoagulante. A participação será voluntária, sujeita à concordância e assinatura do Termo de Consentimento Livre e Esclarecido (TCLE), que deverá ser assinado antes da coleta. As coletas de sangue ocorrerão no Laboratório de Análises Clínicas e Toxicológicas da Faculdade de Farmácia da UFRGS. Serão realizadas, no máximo, duas coletas de 10 mL por participante.

7. Análise de citotoxicidade dos compostos bioativos em células do epitélio vaginal e determinação do índice de seletividade

O protocolo de análise de citotoxicidade será realizado conforme descrito em Oliveira et al., 2023. Um dia antes do experimento, as células epiteliais vaginais humanas de melanona (HMVII) (CEP nº___) serão semeadas em placa de microtitulação de 96 poços e mantidas a 37ºC em incubadora de CO2 durante a noite, até a formação da monocamada. Após esse período, o meio RPMI-1640 com suplementação de 20% de soro bovino fetal será substituído pelos insumos em concentrações diferentes mais meio suplementado. O controle positivo será Triton X100 0,02% e o veículo será o DMSO 0,6%. As placas serão colocadas em incubadora de CO2 a 37 °C por 48h. A viabilidade celular será avaliada pelo ensaio MTT, conforme descrito em Sieuwerts et al., 1995. O valor que reduz a viabilidade celular em 50% comparada ao controle, CC50, (Concentração Citotóxica) será determinado através do software GraphPad Prism6 pelo modelo de regressão não linear e o Índice de Seletividade (IS) será obtido pela razão CC50/IC50.

8. Ensaio de associação dos compostos bioativos que desempenharam atividade anti- T. vaginalis com metronidazol

Para verificar qual o tipo de associação que os compostos possuem com o metronidazol, se é sinergismo, indiferença, antagonismo ou aditismo, será utilizado o método de Checkerboard para combinação de fármacos, descrito em Lewis et al., 2002. Será utilizado o isolado de T. vaginalis TV-LACM15, que possui CIM = 73 uM, o que é considerado uma resistência moderada ao metronidazol.

9.0 Análise de produção de espécies reativas de oxigênio (EROs) pelos parasitos

Os parasitos serão tratados ou não com os insumos durante o tempo de 30 minutos. Após incubação, o acúmulo de EROs será determinado por citometria de fluxo, utilizando o corante 2’,7’-dichlorofluorescin diacetate (DCFDA) (Sigma) (Seo et al., 2014).

10. Análise do tipo de morte celular causada em T. vaginalis:

10.1 Citometria de fluxo

Para avaliar o tipo de morte, a ocorrência de apoptose será investigada pela detecção da exposição da fosfatidilserina pela marcação com anexina V conjugada ao corante FITC. A citometria será realizada usando o citômetro de fluxo BD FACSVerse, com 20000 aquisições, e os dados serão analisados com o programa BD CellQuesT.

10.2 Microscopia Eletrônica

Será realizada conforme descrito em Giordani et al., 2010. As amostras serão observadas com microscópio eletrônico de varredura Jeol 6060 ou de transmisssão Jeol 1210 no Centro de Microscopia e Microanálise (CMM) da UFRGS.

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1. Trichomonas vaginalis - aspectos do patógeno

1.1. Tricomoníase - transmissão/fisiopatologia da doença

1.1.2 Epidemiologia

1.1.2.1 Problemática - subnotificação

1.1.3 Tratamentos - posologia/ mecanismo de ação/ falhas

1.1.3.1 Resistência

2. (Busca por novas alternativas) Uso de compostos naturais no tratamento de doenças parasitárias

3. Busca de novos alvos terapêuticos/ formas de tratamento

3.1. Produtos naturais com atividades anti Trichomonas vaginalis / fases de estudo/ limitações (O que já temos publicado nos últimos 5 anos (2019 - 2024)?

3.1.1 Produtos provenientes de plantas/ produtos provenientes de fungos / produtos provenientes de organismos marinhos

3.2. Mecanismos de ação (são diferentes de nitroimidazóis? O que se sabe?)

3.2.1 Tipos de morte do parasito encontradas

4. Novas perspectivas para o futuro

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Teste de painel para melhor representar figuras 1, 2 e Fig. S1

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Deixei em anexo algumas coisas já escritas. Mas estou escrevendo a parte metodológica (estava bagunçada).

Listei os tópicos principais e as figuras que estao em andamento (Fig 1 e Fig 2 - genomic features e filogenia)

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Manuscrito Vinicius e tópicos a serem trabalhados:

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Manuscrito Vinicius e tópicos a serem trabalhados:

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O manuscrito já está no formato da revista que eu pretendo submeter. Meu objetivo geral é finalizar este manuscrito até o fim da disciplina.

Alguns pontos específicos que eu gostaria de trabalhar pra atingir esse objetivo são:

1- Finalizar as figuras de uma forma que fiquem mais didáticas para o leitor

2- Trabalhar em uma forma que fique menos engessada para apresentar os resultados escritos

3- Conectar a discussão entre os pontos do trabalho de forma que as sessões conversem melhor entre si

4- Terminar a escrita de duas sessões dos resultados e discussão que faltam.

5- Dicas de como enlaçar o trabalho com uma boa conclusão.

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1. Trichomonas vaginalis - aspectos do patógeno

1.1. Tricomoníase - parasitologia/fisiopatologia da doença

1.1.2 Epidemiologia

1.1.2.1 Problemática - subnotificação

1.1.3 Tratamentos - posologia/ mecanismo de ação

1.1.3.1 Resistência

2. Uso de compostos naturais no tratamento de doenças parasitárias

3. Busca de novos alvos terapêuticos/ formas de tratamento

3.1. Plantas com atividades anti Trichomonas vaginalis / fases de estudo (O que já temos publicado nos últimos 5 anos (2019 - 2024)?

3.1.2 Mecanismos de ação (são diferentes de nitroimidazóis? O que se sabe?)

4. Novas perspectivas para o futuro