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El sistema urogenital se origina fundamentalmente del mesodermo intermedio a partir de la cuarta semana, aunque el urinario inicia su desarrollo un poco antes que el genital.
El sistema urinario está formado por los riñones, los uréteres, la vejiga y  la uretra, y cumple funciones esenciales para la vida.
En el embrión humano se originan de forma sucesiva durante su desarrollo tres tipos de sistema excretor: pronefros, mesonefros y metanefros

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El pronefros o riñón rudimentario aparece alrededor del día 22 a nivel cervical. Está constituido por 7-10 cordones celulares macizos, sin significado funcional, e involuciona y desaparece entre los días 24 y 25.
El mesonefros o riñón transitorio se forma también durante la cuarta semana y comienza su involución en la octava. Se origina a partir del mesodermo intermedio inducido por los túbulos pronéfricos más caudales. Treinta unidades secretorias mesonéfricas se forman en sentido cefalocaudal, compuestas por un glomérulo (ovillo de capilares) y un túbulo; los túbulos constituyen en uno de sus extremos el esbozo de la cápsula glomerular, formándose así el corpúsculo renal, y en el otro extremo se conectan a un conducto excretor de situación longitudinal, el conducto mesonéfrico, que recorre el mesonefros. El conducto rnesonéfrico desemboca caudalmente a nivel del seno urogenital.
El metanefros o riñón definitivo se desarrolla alrededor del día 32 a partir del blastema metanefrogénico y el brote ureteral. El brote ureteral dará origen a las vías urinarias {uréter; pelvis renal, cálices mayores y menores y túbulos colectores) y el blastema metanéfrico originará las nefronas. Los brotes ureterales se manifiestan en la quinta semana como evaginaciones de la parte caudal de los conductos mesonéfricos; en sus extremos distales se forma una estructura ensancha.da, la futura pelvis renal. Posteriormente se establecen importantes procesos inductivos recíprocos entre el blastema metanefrogénico y el brote ureteral que permitirán la ramificación del brote y la formación de las nefronas.

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Durante la etapa fetal, los riñones ascenderán hasta contactar con las glándulas suprarrenales; durante su ascenso también tendrán un giro medial de aproximadamente 90º que deja al hilio renal en dirección a la línea media.
Desde la quinta semana comienzan a desarrollarse la vejiga y la uretra a partir del seno urogenital y del mesodermo que lo rodea.
Las gónadas se forman a partir del mesodermo intermedio (que origina la cresta urogenital), el epitelio celómico (derivado del mesodermo esplácnico) y las células germinales primordiales (que surgen en el epiblasto).
La morfogénesis del sistema genital atraviesa por tres etapas bien definidas: 1) la diferenciación cromosómica (determinación genética del sexo), 2) la diferenciación gonadal y 3) la diferenciación fenotípica (diferenciación del sistema de conductos y genitales externos).
La diferenciación cromosómica ocurre durante la fertilización, en la que el sexo del embrión queda determinado dependiendo de si el espermatozoide que logra la fertilización tiene cromosoma X o Y.
La diferenciación gonadal se divide en dos períodos: indiferenciado y diferenciado, con el desarrollo específico de un ovario o un testículo.

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En el período indiferenciado no es posible identificar morfológlcamente el ovario o el testículo, mientras que en el diferenciado la gónada ya presenta diferencias que permiten su distinción de acuerdo con su sexo genético. En el sexo masculino, la hormona antimülleriana y la testosterona son responsables de la diferenciación del resto del sistema genital.
Los conductos genitales y los genitales externos también pasan por una etapa indiferenciada y otra diferenciada. La diferenciación a conductos y genitales externos masculinos dependerá de la testosterona que esté produciendo el testículo del embrión, mientras que la diferenciación a conductos y genitales externos femeninos no dependerá de factores hormonales, ya que al no haber testosterona se formarán conductos y genitales femeninos.
En los embriones del sexo masculino, el tubérculo genital dará origen al pene, mientras que en los del sexo femenino este mismo tubérculo formará el clítoris. Los pliegues cloacales en los embriones masculinos serán los encargados de cerrar la uretra peneana; en contraste, en los femeninos formarán los labios pudendos menores. Por su parte, las eminencias genitales formarán las bolsas escrotales en el embrión del sexo masculino, haciendo lo propio con los labios pudendos mayores en los embriones del sexo femetúno.
La glándula suprarrenal surge a partir del mesodermo y de células de las crestas neurales. Inicia su desarrollo en la sexta semana y lo termina hasta aproximadamente los 3 años de edad.

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Hermafroditismo
Síndrome de insensibilidad a los andrógenos
Hipospadias y epispadias
Síndrome de Klinefelter
Síndrome de Turner
Síndrome de Herlyn-Werner-Wünderfich
Hidrocolpos e hidrometrocolpos
Agenesia uterovaginal (síndrome de Rokitansky)
Hiperplasia suprarrenal congénita