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Panamá tiene uno de los más variados ecosistemas por encontrarse en el trópico, los principales son: de selva, de desierto, de montañas y acuáticos (agua dulce y mar.)

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Las macro-algas presentaron un patrón similar de cobertura con un promedio de 50%, alto si se le compara con arrecifes descritos para la Ensenada Grande de Almirante (4%), al sur del archipiélago. Se ha registrado un aumento del 35% en el número de especies de corales para Bocas del Toro; el total de especies conocidas para la región es de 54, lo cual representa el 88% del total de la diversidad para Panamá.

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El Darién es la selva de Panamá y Colombia que abarca 17.014 km2 y es el tercer bosque más grande de Centroamérica. La Brecha del Darién es una franja de 160 km de bosque y humedales en el departamento colombiano del Chocó, en Sudamérica, y en la provincia panameña del Darién, en Centroamérica.

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La Albina de Sarigua donde se encuentra localizado El Parque Nacional Sarigua está ubicada en el distrito de Parita en la provincia Herrera en Panamá. Tiene una superficie de 8 000 hectáreas y también es el único desierto de la República de Panamá.

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En Panamá encontramos este frágil ecosistema como parches localizados en las cimas de los Cerros Fábrega (3340 msnm), Itamut (3279 msnm) y Echandi (3162 msnm) dentro del Parque Internacional La Amistad (PILA) (Samudio 2001, ANAM 2004, Mapa 1). Para Panamá las primeras indicaciones sobre la posibilidad de encontrar páramos en sus montañas las brinda Tosi (1971).

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Los manglares de Panamá en 1980 eran de 400,000 has, hoy esta superficie ha bajado a solamente 174.435 ha), los cuales representan aproximadamente el 5,2% del área de cobertura boscosa nacional y el 2,3% de la superficie total del país.

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Según el último mapa de cobertura boscosa y uso de suelo 2021 presentado por el Ministerio de Ambiente, en Panamá existe un total de 5, 945,470 hectáreas de bosques y otras tierras boscosas.

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Según datos del Ministerio de Ambiente, entre las especies amenazadas y que son rescatadas con más frecuencia están: el ocelote/manigordo (Leopardus pardalis), Jaguarundi (Puma yagouaroundi), venado colablanca (Odocoileus virginianus), mono aullador (Alouatta palliata), mono araña negra (Ateles fusciceps), babillo

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Esto pueden ser Bosque Húmedo Tropical, el Bosque Seco Tropical, el Bosque Seco Premontano, el Bosque Húmedo Premontano y el Bosque Muy Húmedo Premontano.

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El Parque Nacional Volcán Barú, el Parque Nacional Portobelo y el Parque Nacional Altos de Campana, parque nacional del Darien.