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En 1808 los franceses, gobernados en ese entonces por Napoleón Bonaparte, invadieron España, destronaron al rey Fernando VII y coronaron en su lugar a José Bonaparte como José I.

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La primera manifestación de independencia se dio el 5 de noviembre de 1811 estalló en la provincia de San Salvador (la cual cubría la mayor parte de lo que ahora es El Salvador) una conspiración encabezada por los curas José Matias Delgado y Nicolás Aguilar, dos hermanos de este último y los señores Juan Manuel Rodríguez y Manuel José Arce. Su plan consistía en apoderarse de unas armas que existían en la casamata de San Salvador y de doscientos mil pesos depositados en las arcas reales, con lo que creyeron era suficiente para lanzar el grito de la libertad.

Dicho plan fracaso sin embargo más movimientos independentistas comenzaron a darse a partir de ese año en muchas de las provincias del virreinato de Guatemala.

Muchos fueron los factores que culminaron en la independencia de la antigua Capitanía General de Guatemala, pero los predominantes fueron: la influencia de ideas revolucionarias de la Ilustración europea, la independencia de los Estados Unidos de América y el descuido de Centroamérica por parte de España debido a los cambios socio-políticos en la misma península ibérica.

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Las Cortes de Cádiz crean un cuerpo legislativo (leyes) de carácter liberal sobre el que establecer un nuevo orden social que acabara con la sociedad estamental que había caracterizado a España hasta entonces. El producto de esta labor fue la Constitución de 1812. Todos estos movimientos socio-políticos en la península fueron bien recibidos por los criollos y resistidos por la oligarquía centroamericana.

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Conjuración de Belén

Desde el 28 de octubre de 1813, y después de la elección del rector de la Real y Pontificia Universidad de San Carlos Borromeo, se habían celebrado en la celda prioral del Convento de Belén varias juntas organizadas por fray Juan Nepomuceno de la Concepción. Los que allí se reunían juraban mantener en secreto lo tratado, sin embargo, es probable que leyeran una proclama de José María Morelos y discutieran la posibilidad de destituir al Capitán General Bustamante y Guerra. En noviembre hubo otra reunión en casa de Cayetano y Mariano Bedoya, hermanos menores de doña Dolores Bedoya de Molina, y cuñados de Pedro Molina Mazariegos.

El 21 de diciembre de 1813, Bustamante y Guerra, se enteró de que en el Convento de Belén se reunían sediciosos para intentar una sublevación, dictó un auto para que el capitán Antonio Villar y su ayudante, Francisco Cáscara, apresaran a los religiosos de ese monasterio. En la acometida resultarían presos el doctor y presbítero Tomás Ruiz Romero, y su hermano José; los hermanos Bedoya, Cayetano y Manuel; el teniente Joaquín Yúdice; el sargento primero León Díaz; Andrés Dardón; y los frailes Manuel de San José y Juan Nepomuceno de la Concepción.9​ Esta resolución fue comunicada por el alcalde del ayuntamiento el día 24.

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En mayo de 1814, Fernando VII regresó a España como rey, e inmediatamente restableció el absolutismo, derogando la Constitución de Cádiz. Los efectos de las medidas reales se hicieron sentir en Centroamérica, donde el Capitán General de Guatemala, José de Bustamante y Guerra, desató una persecución en contra de los independentistas y los defensores de las ideas liberales, que se prolongaría hasta la destitución de Bustamante en 1817.

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En 1818 el implacable Bustamante dejó el poder y le sustituyó Carlos Urrutia, un hombre de carácter débil y en cuyo gobierno los independentistas ganaron terreno.

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En 1820 el rey de España Fernando VII se vio forzado a restablecer la constitución de 1812, con lo que nuevamente se implementó en Centroamérica la libertad de prensa. En ese mismo año el doctor Pedro Molina Mazariegos comenzó a publicar El Editor Constitucional, periódico en cual criticó al gobierno de la colonia, defendió los derechos de los criollos centroamericanos y se promovió la independencia.

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El 9 de marzo de 1821 , presionado por los liberales independentistas, el Capitán General dejó el puesto para que fuese ocupado por el sub-inspector del ejército Gabino Gaínza. Gaínza . Esta situación obligó a la diputación provincial a solicitar a Gainza una reunión para discutir el difícil tema de la independencia.

Gainza decidió atender este llamado y fue así como convocó a una reunión entre las mismas autoridades coloniales y una junta de notables compuesta por líderes religiosos y criollos ilustrados, terminando así el 15 de septiembre de 1821 con el dominio español en la antigua capitanía general de Guatemala, que comprendía el actual territorio del estado de Chiapas y las repúblicas de Guatemala, Honduras, El Salvador, Nicaragua y Costa Rica.