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O relatório era para ter sido feito seguindo as normas do IF com introdução, referencial teórico, metodologia e resultados.

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Figura 1: Análise do site RCSB PDB

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Figura 2: Análise do site Swiss-model

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Observando os dois site mostrados durante o curso é possível perceber que os resultados aparecem com valores bastante parecidos, no entanto o RCSB PDB tem alguns recursos a mais. Sendo que os dois tem bastante qualidade, e fáceis de manusear, podendo explorar diversas funções interessantes, como é possível ver nas imagens acima e mais detalhadas as proteínas abaixo.

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Figura 3: Representação por spacefill

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Figura 4: Representação por spacefill

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Figura 5: Representação por ball and stick

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Figura 6: Representação por ball and stick

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1. Os modelos (SWISS-MODEL) e as estruturas obtidas por métodos experimentais (RCSB PDB) são parecidos (tem a mesma conformação, estruturas secundárias)? 

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1. Os modelos (SWISS-MODEL) e as estruturas obtidas por métodos experimentais (RCSB PDB) são parecidos (tem a mesma conformação, estruturas secundárias)? 

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Como é possível perceber nas imagens acima, nos dois sites, a questão de resultados, mostram como elas são bastante semelhantes, de acordo com a suas sequências; variando suas estruturas e composições conforme o modelo sequenciado.

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2. O modelo e a estrutura resolvida estão no mesmo estado oligomérico (monômero, dímero, trímero, etc...)?

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2. O modelo e a estrutura resolvida estão no mesmo estado oligomérico (monômero, dímero, trímero, etc...)?

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Se comparar um site com o outro, utilizando da mesma sequência, sim, como por exemplo na sequência do Canal de ânions voltagem dependente, as estruturas são em um dímero (homo-dímero). Porém se analisar todas, elas podem variar, tendo estruturas diferentes, citando os dois exemplos do Beta-galactose, que o do Homo sapiens é dímero e o Eschericha coli que é polímero.

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3. Existem outras moléculas ligadas a essa estrutura? Se sim, quais? (ligand = ligante, carbohydrate = carboidrato, íons...) 

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3. Existem outras moléculas ligadas a essa estrutura? Se sim, quais? (ligand = ligante, carbohydrate = carboidrato, íons...) 

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O canal de ânions voltagem dependente (Danio rerio), tem sim, sendo o ligante Lauryl Dimethylamine-n-oxide (C ₁₄ H ₃₁ NO) - SYELZBGXAIXKHU-UHFFFAOYSA-N.

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4. Qual a conformação geral da estrutura secundária (alfa-hélice, folhas beta, ambos, ou outra? Explique com suas palavras se preferir). 

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4. Qual a conformação geral da estrutura secundária (alfa-hélice, folhas beta, ambos, ou outra? Explique com suas palavras se preferir). 

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Analisando a estrutura do canal de ânion, a conformação é folhas beta, por ser formada por uma espécie de cadeia, que vai um para direita outro para esquerda, ou como em um zig-zag, sendo um estrutura planar que se dobra, com regiões vizinhas associadas por ligações de hidrogênio, sendo de estrutura flexível.

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5. Por qual motivo você acha que as estruturas da beta-galactosidase de humanos e de E. coli são tão diferentes estruturalmente se tem a mesma função? 

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5. Por qual motivo você acha que as estruturas da beta-galactosidase de humanos e de E. coli são tão diferentes estruturalmente se tem a mesma função? 

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Acredito que sejam diferentes, por conta do uso e também por ser um indivíduo diferente, com um sistema totalmente diferente.

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6. Qual a estrutura chamou mais sua atenção? O que o deixou curioso em relação às proteínas?

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6. Qual a estrutura chamou mais sua atenção? O que o deixou curioso em relação às proteínas?

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A que mais me chamou a atenção como citei anteriormente, foi a Estrutura cristalina do canal 2 do ânion dependente de voltagem do peixe-zebra, pela formação da estrutura, com dois tubos juntos, que é bem diferente dos outros exemplos que foram mostrados.