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Una vez producido el mRNA vírico, se pueden sintetizar las proteínas víricas. En todos los virus, estas proteínas se pueden agrupar en dos grandes categorías:

-proteínas sintetizadas inmediatamente después de la infección, llamadas proteínas tempranas.

-proteínas sintetizadas más tarde, llamadas proteínas tardías.

Las proteínas tempranas son normalmente, enzimas que actúan catalíticamente y se sintetizan en cantidades relativamente pequeñas. Estas proteínas comprenden, además de las polimerasas de ácidos nucleicos, proteínas que actúan para detener la transcripción y la traducción en el hospedador. En cambio, las proteínas tardías son normalmente componentes estructurales del virión y se producen en cantidades mucho mayores.

La infección vírica altera los mecanismos reguladores del hospedador porque en la célula infectada hay una sobreproducción acusada de ácido nucleico y proteínas del virus. Finalmente, cuando se ha sintetizado la cantidad suficiente de copias del genoma vírico y de componentes estructurales del virión, se ensamblan viriones nuevos que se liberan de la célula.

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Los virus y la transición del mundo de RNA al de DNA

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Los virus y la transición del mundo de RNA al de DNA

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Existe la posibilidad de que los virus son la primera entidad en contener DNA. La hipotesis del mundo de RNA entabla que el RNA fue el material genético de las primeras celulas y luego fue substituido por DNA porque es una molécula mas estable, como mecanismo de modificación para proteger su genoma de las ribonucleasas de la célula que podrían destruirlo. Se dice que para que esto ocurriera el DNA debió infectar a los ancestros de los tres dominios celulares, estas celulas obtuvieron la maquinaria necesaria para replicar el DNA y al final convertir su genoma de una quimica basada en RNA a DNA. Es posible que la enzima transcriptasa inversa fuera clave en este proceso.

Esta hipótesis muestra que  Archaea y Eukarya están más cercanos filogenéticamente entre ellos que cada uno de ellos con Bacteria.  La bioquímica del DNA fue  consecuencia de infecciones víricas. El conjunto de enzimas del metabolismo del DNA se explica diciendo que Archae y Eukarya fueron infectados por un virus semejante que era diferente del virus que se dice infectó  las Bacteria. Si esta hipótesis es verdadera, sostendría que una de las estrategias de evasión de los virus fue la evolución del DNA y que las celulas optaron por seguir esta estrategia para su propio beneficio.

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1. El tamaño de los genomas víricos varía casi mil veces desde los genomas más pequeños hasta los más grandes.

2. Los virus de ADN existen dentro de un rango de tamaño entre 1.75 Kb y 1.25Mbp.

3. Los genomas de Eucariota son mas grandes que los de procariota y los viricos.

Genoma eucariota> Genoma procariota> Genoma virico

4. El virologo David Baltimore, ganador del premio nobel de fisiologia,  desarrolló un esquema de clasificación de los virus.

-En este sistema de clasificación los virus están agrupados en grupos dependiendo de su tipo de genoma (ADN, ARN, monocatenario o bicatenario etc.) y en su método de replicación.

-Clase I y II: Virus dsDNA (+-)
-Clase II: Virus ssDNA (+)
-Clase III: Virus dsDNA (+-)
-Clase IV: Virus ssDNA (+)
-Clase V: Virus ssDNA (+-)
-Clase VI: Virus Retrovirus ss RNA (+)

5. Cuando ya se produce el mRNA virico se puede iniciar la sintesis de proteinas.

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Hace alrededor de 4 mil millones de años surgieron las primeras células en la Tierra, a partir de las cuales se desarrollaron todos los virus conocidos pues estos necesitan de células hospedadoras para replicarse.

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Sin embargo, han surgido otras hipótesis sobre el origen de los virus, como que los virus son la señal de inicio del mundo de ARN, el cual fue un periodo de evolución en el cual se dice que el ARN era la única molécula portadora de información genética. Por otro lado, otra hipótesis fue que los virus fueron células primero que prescindieron de tantos genes, que se hicieron dependientes de un hospedador.

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La diversidad de los genomas viricos es tan grande que no ha sido posible construir un arbol filogenetico universal de los virus como lo ha sido posible con las celulas. Solo en casos especificos ha sido posible trazar una filogenia correctamente y en estos casos se han construido a partir de secuencias de genes concretos o proteinas divididas.

El mimivirus es el virus mas grande conocido y es de los pocos que se conoce su filogenia. Tienen una capsida con multiples capas, cubierto de espículas de mayor tamaño que algunas células procariotas. Este virus infecta protozoo Acanthamoeba y pertenece a un grupo de virus gigantes con genomas grandes.

Este grupo de genomas grandes comprende familias viricas donde se encuentra los poxvirus, irdovirus y ciertos virus de plantas y se caracterizan por tener conjuntos de proteínas homologas que interfieren en el metabolismo del ADN.

El árbol filogenico de estos ha sido construido a partir de las secuencias de ADN de esas proteínas es por esto que se clasifican en un gran grupo y se puede llegar a la conclusión de que si se puede trazar filogenias de virus peor hay que buscar propiedades en común de la mayoría.

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La función que tienen los virus de facilitar la transferencia de genes entre ellos, es especialmente relevante en células procariotas, ya que se hace una transferencia horizontal de genes como uno de los factores principales de su rápida evolución.
Es posible que los primeros virus fueran latentes con (no matan a su célula hospedadora) pero que luego desarrollaran capacidades líticas para acceder más fácil a otros hospedadores.