# data[].attributes.body
Bij 'Toekomst' Ga je later verwijzen naar het experiment waarin je met dit DNA werkt.

# data[].attributes.body
Deze periode ga je voor de voorbereiding veel doen. wanneer je niet samenwerkt kan het teveel zijn om alleen te doen in een reëele tijd.

Gebruik deze padlets om samen voor te bereiden. Als je met een groepje in een padlet werkt kan iedereen er tegelijkertijd aanvullingen in zetten.

# data[].attributes.attachment_caption
Voorbeeld van hoe je een planning kan noteren

# data[].attributes.body
Bij een professionele werkhouding hoort ook overzicht behouden over de labdag. Uiteindelijk op de praktijktoets word gekeken of je weet wat je moet doen, of dat in je hoofd zit of op papier mag je zelf bepalen. Een planning kan hierbij helpen

Stappen die in je planning kunnen staan zijn bijvoorbeeld:

Materialen verzamelen

Waterbad of hitteblok aanzetten

Incubatietijden: hoe lang moet je 'wachten' tot er dingen klaar zijn? Dit kan bij elkaar al veel tijd kosten

Alle stappen die je gaat uitvoeren

Wat kan er tijdens 'wachtstappen' al gedaan worden?

DNA concentratie controleren: hoeveel tijd denk je dat dit kost?

Hoe laat denk je klaar te zijn met alle experimenten voor deze opdracht?

Is dit het enige experiment voor deze labdag? zo nee, zorg dat alle uit te voeren experimenten in je planning opgenomen zijn

...

# data[].attributes.headline
11 Apparaatinstellingen plasmide DNA isolatie

# data[].attributes.subject
11 Apparaatinstellingen plasmide DNA isolatie

# data[].attributes.body
Noteer hier dingen als:

Hoe je te gebruiken apparaten instelt

Incubatiestappen: hoe lang, bij welke temperatuur

Centrifugestappen: welke RPM, hoe lang, werk je verder met het supernatant of het pellet?

Hoe je het verkregen DNA bewaart

etc.

# data[].attributes.body
Noteer hier welke monsters je gaat maken voor dit experiment

Welk monster heb je bij het isoleren van DNA? Wat voor DNA ga je isoleren?
Geef het monster ook een 2-letterige afkorting zodat je het epje makkelijk kan labelen voor bewaren in de vriezer

# data[].attributes.body
Bijna bij elk experiment zijn controles nodig om te weten of de data van het analysemonster betrouwbaar is. Beschrijf hier welke controles je wilt maken.

Bij DNA isolatie is de uitkomst wel of geen (zuiver) DNA. Als het niet gelukt is moet het geheel gewoon opnieuw gedaan worden. Bij dit experiment hebben controles eigenlijk geen nut

Bij controleren van de concentratie DNA met nanodrop is een controle wel belangrijk, je moet een blanco hebben (geen DNA aanwezig). Kijk in het voorschrift waarin het DNA wordt opgelost en beschrijf hier hoe je de blanco maakt

Blanco nanodrop (5 ul eindvolume is genog):
...

# data[].attributes.headline
10 Pipetteerschema plasmide DNA isolatie

# data[].attributes.subject
10 Pipetteerschema plasmide DNA isolatie

# data[].attributes.body
Vul hier het pipetteerschema voor DNA uit doritos in

Er hoeven geen oplossingen gemaakt te worden. Bestudeer het protocol van de GeneJET miniprep kit (pagina 3) en noteer bij welke oplossingen iets toegevoegd moet worden.
...
...
...

# data[].attributes.body
Zoek in de veiligheidsregels op welke maatregelen van toepassing zijn op dit experiment.
Vul de veiligheidsmap aan met informatie over chemicalien die er nog niet in staan.
Doe de paginas met informatie over alle stoffen voor dit experiment vooraan in de map.

Correct gebruik van de veiligheidsmap wordt beoordeeld bij professionele werkhouding en tijdens de praktijktoets.

# data[].attributes.body
Detectie van 35S promotor deel 1: DNA isolatie

Veel mais (ongeveer 90%) is transgeen: het is genetisch gemodificeerd (GGO). Dit kan bijvoorbeeld gedaan zijn om maisopbrengst per plant te verhogen of om planten resistent te maken tegen plantenziektes.

Een veel gebruikte methode om genen in organismes te brengen is door middel van een plasmide. De promotor op een plasmide is het stukje DNA sequentie dat genen 'aan zet'.  Wanneer je een door middel van een plasmide een gen in een plant wil brengen is het nodig dat er een promotersequentie in de plasmide staat om het gen aan te zetten. de 35S promoter wordt veel gebruikt in planten.

Jouw opdracht
Je werkt op een lab en wil maisplanten resistent maken tegen droogte door er met behulp van een plasmide een gen in te zetten. Je hebt van een collega op een ander lab een pBINplusCas935S plasmide gekregen waar de 35S promotor op aanwezig is. Deze plasmide is gemaakt door in een pBINplus plasmide een 35S promotor te zetten. Je wilt controleren of die promotor echt op het plasmide zit voordat je met de plasmide gaat werken, het zou jammer zijn als je per ongeluk het niet-aangepaste plasmide hebt...

Deze week ga je plasmide DNA isoleren uit bacteriën, volgende week wordt een PCR uitgevoerd om aan te tonen of er wel of geen 35S-DNA aanwezig is.

DNA-isolatie kan op verschillende manieren. Je isoleert pBINplusCas935S plasmide DNA uit bacterien, kies hiervoor een geschikte methode.

Tips

Isoleer DNA niet in duplo, dat heeft geen nut

Als je DNA geisoleerd hebt is het handig om te weten wat de concentratie is en hoe zuiver het is, er is een voorschrift over hoe je dat bepaalt met de nanodrop

Je moet de monsters in epjes bewaren tot een latere week. Het is handig om de monsters zeer korte namen te geven (2 letters). Bedenk alvast hoe je de monsters gaat noemen zodat je ze volgende week moeiteloos kan terugvinden

# data[].attributes.body
Je gaat deze week plasmide DNA isoleren om in een volgende experiment met PCR te analyseren of de 35 S promotor aanwezig is of niet.
In week 4 vervolg je dit experiment.

Deze week staan de antwoorden niet meer gegeven, je gaat ze zelf invullen.

# data[].attributes.body
Noteer hier een tabel met de benodigde materialen

Zoek in de voorschriften en de opdracht op welke materialen nodig zijn, maak een tabel waarin je op het lab ook de fabrikant kan noteren. Omdat er in deze kit soms iets aan een oplossing toegevoegd moet worden voordat die gebruikt kan worden is het handig dit in de handleiding op te zoeken en te noteren.

Materiaal, concentratie, bewaarinstructie, fabrikant, iets toevoegen?
...     ...     ...
...     ...     ...
...     ...     ...

# data[].attributes.body
Noteer hier de onderbouwde verwachting van het experiment

Wat je verwacht als uitkomst heeft te maken met het doel.

Wat verwacht je dat er uit komt?

Als het doel is 'hebben van' dan is een logische verwachting dast je iets wel of niet hebt

...

Hoe verwacht je dat het resultaat er uit ziet

Hoe weet je of het geïsoleerde DNA 'zuiver' is?

Wat kan je over de resultaten van die test verwachten?

...

Waarom verwacht je wat je verwacht?

...

Beschrijf hier je verwachting in 1 alinea:
...

# data[].attributes.body
Wat is het doel van het experiment?

Voor het doel staan vaak hints in de opdracht tekst

Deze week ga je nog niet iets analyseren, maar je wilt aan het eind van de labdag iets hebben. Wat wil je hebben?
...

# data[].attributes.body
Noteer hier de benodigde voorschriften

In de opdracht tekst wordt vaak gehint naar de voorschriften. Kijk naar de opdrachttekst en kijk naar de index van de voorschriften. Als je dezelfde woorden tegenkomt zijn dat vast de benodigde voorschriften.

Er zijn voor deze opdracht 2 voorschriften nodig:

...

...

# data[].attributes.body
Wat is het principe? Waarom werken deze technieken?

Principes hoeven niet in je labjournaal, maar zijn wel belangrijke kennis over de techniek. Tijdens de praktijktoets wordt er naar begrip van principes gevraagd.

Er zijn deze week meerdere principes:

Het principe van plasmide DNA isolatie met een silicamembraan

Het principe van de nanodrop

Beschrijf het principe kort en bondig
...